Missing coverage evidence...
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TAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGA  >  W3110S.gb/4039491‑4039551                                                             | tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:515905/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:713656/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:712862/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:711213/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:697426/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:696662/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:696459/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:675209/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:660658/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:65702/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:589675/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:558735/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:551067/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:545456/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:540734/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:533947/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:132212/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:482472/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:438318/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:42991/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:411472/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:380065/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:372186/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:335817/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:328945/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:31727/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:289514/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:253879/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:251597/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:225188/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:213781/1‑61 (MQ=255) tAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGa  >  1:170285/1‑61 (MQ=255)                                                             | TAATTTATTCACAAGCTTGCATTGAACTTGTGGATAAAATCACGGTCTGATAAAACAGTGA  >  W3110S.gb/4039491‑4039551

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑