Missing coverage evidence...
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CGCATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAG  >  W3110S.gb/4521971‑4522018                                                | cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCTGCGTGAGCAg  <  1:229776/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:616443/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:455761/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:464768/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:466652/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:508383/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:528009/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:560066/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:56223/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:571629/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:575794/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:585307/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:427056/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:616687/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:629042/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:650504/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:670007/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:678663/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:701505/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:703397/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:716302/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:84311/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:272147/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:12745/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:147172/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:156292/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:192074/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:201136/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:216383/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:251150/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:251296/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:268673/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:101971/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:293065/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:304793/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:323109/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:344773/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:378134/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:378146/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:39422/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:401908/48‑1 (MQ=255) cgcATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAg  <  1:404278/48‑1 (MQ=255)                                                | CGCATCAAAACGCACATCCGCCGCGCTTTGGGTATTCAGCGTGAGCAG  >  W3110S.gb/4521971‑4522018

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑