| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 776,118 | C→T | L182L (CTG→TTG) | tolQ → | membrane spanning protein in TolA‑TolQ‑TolR complex |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 776,118 | 0 | C | T | 99.6% | 554.0 / ‑5.9 | 274 | L182L (CTG→TTG) | tolQ | membrane spanning protein in TolA‑TolQ‑TolR complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (0/273); minor base A (0/1); total (0/274) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
GCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCA > W3110S.gb/776076‑776138 | gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCggag < 1:322144/61‑3 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:488830/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:573797/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:572677/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:544385/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:543617/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:539512/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:522770/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:514322/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:50496/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:500530/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:494641/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:579353/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:479110/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:475002/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:46601/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:461968/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:456552/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:437654/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:433446/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:430547/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:101807/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:420506/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:416873/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:671400/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:8676/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:82444/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:79953/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:77181/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:715973/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:709781/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:709090/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:698864/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:694289/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:675113/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:673846/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:429441/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:663966/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:656048/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:65340/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:646672/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:641502/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:621352/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:613573/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:60145/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:596060/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:587747/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:584470/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:187017/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:414193/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:270207/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:264443/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:258886/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:250533/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:242893/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:239252/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:228790/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:22232/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:21265/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:209385/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:206189/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:27592/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:175746/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:1725/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:169015/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:166827/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:156485/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:152214/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:147516/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:136438/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:126482/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:125433/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:11443/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:106494/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:326627/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:368999/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:363847/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:358614/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:352754/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:349006/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:337581/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:33305/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:331665/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:314608/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:30040/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:370268/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:393098/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:289714/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:406399/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:286829/61‑2 (MQ=37) gcCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTATGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:71413/61‑2 (MQ=37) cccGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:40990/60‑2 (MQ=255) cccGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:459127/60‑2 (MQ=255) cccGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:526962/60‑2 (MQ=255) cccGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:296670/60‑2 (MQ=255) cccGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:292294/60‑2 (MQ=255) cccGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:560584/60‑2 (MQ=255) ccGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:374673/59‑2 (MQ=37) aaGCGTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:556161/47‑2 (MQ=21) gTTGATTGCGACGGCAATTGGTTTGTTCGCCGCAATTCCGGcg < 1:44538/43‑2 (MQ=16) | GCGCCCGGTATCGCAGAAGCGTTGATTGCGACTGCAATTGGTCTGTTTGCCGCTATCCCGGCA > W3110S.gb/776076‑776138 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |