Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,822,063 G→A D121D (GAC→GAT)  recA ← DNA strand exchange and recombination protein with protease and nuclease activity

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,822,0630GA99.7% 858.7 / ‑6.8 345D121D (GAC→GAT) recADNA strand exchange and recombination protein with protease and nuclease activity
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/1);  new base A (0/343);  total (0/345)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01

Only 100 of 345 total aligned reads displayed.

AGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCGATATCGACG  >  W3110S.gb/2822038‑2822099
                         |                                    
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:626520/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGCCg  <  1:204403/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:527856/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:588475/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:577600/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:569726/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:565592/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:560313/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:556754/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:551997/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:545224/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:541291/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:529125/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:597668/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:51421/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:506839/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:497250/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:49294/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:484247/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:477499/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:47219/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:461539/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:447800/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:442793/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:429088/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:10330/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:670250/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:97193/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:94389/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:91285/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:81723/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:79571/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:712532/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:699872/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:694591/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:688211/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:68125/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:675367/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:594650/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:665323/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:660341/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:650303/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:636247/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:634986/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:63074/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:621578/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:615186/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:611976/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:422817/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:178399/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:420213/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:263774/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:259316/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:254947/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:251941/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:246203/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:241192/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:238071/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:219130/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:213382/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:19613/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:190005/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:270246/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:17353/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:167283/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:165629/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:158788/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:156315/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:153743/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:149867/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:142978/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:13642/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:125221/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:120113/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:284642/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:413609/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:408287/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:401965/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:396307/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:388995/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:363770/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:35609/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:34705/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:343675/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:338820/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:333507/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:327578/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:321130/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:306639/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:295138/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:291794/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:275072/62‑1 (MQ=255)
 gATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGTTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:522109/61‑1 (MQ=255)
 gATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:208962/61‑1 (MQ=255)
 gATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:182202/61‑1 (MQ=255)
 gATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:50266/61‑1 (MQ=255)
 gATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:310054/61‑1 (MQ=255)
 gATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:452816/61‑1 (MQ=255)
  aTTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:384658/60‑1 (MQ=255)
     tCCAGTGCCTGCTCGCCTGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:37090/57‑1 (MQ=255)
                         |                                    
AGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCGATATCGACG  >  W3110S.gb/2822038‑2822099

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑