Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,179,651 C→T S317S (TCG→TCA)  gspF ← general secretory pathway component, cryptic

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,179,6510CT100.0% 264.0 / NA 130S317S (TCG→TCA) gspFgeneral secretory pathway component, cryptic
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/130);  total (0/130)

Only 100 of 130 total aligned reads displayed.

CCATGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGCGAAAGATGAATGCTGTTAC  >  W3110S.gb/4179608‑4179670
                                           |                   
ccaTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTG‑GGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:27721/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCTTCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:147433/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCTTCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:692127/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATGATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:473923/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGTGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:713418/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGCATGCTGTTAc  <  1:3001/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:524660/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:583440/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:580385/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:568579/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:566402/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:558162/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:552173/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:547086/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:544546/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:544296/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:544055/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:532627/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:107284/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:524137/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:519001/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:514742/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:509026/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:504637/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:503258/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:489335/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:473347/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:468562/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:654172/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:91464/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:89442/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:82625/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:77143/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:715333/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:697745/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:664465/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:661765/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:659796/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:659346/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:590792/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:648172/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:645004/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:633648/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:624665/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:613308/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:611765/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:604610/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:603091/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:602268/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:595776/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:21518/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:316455/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:459545/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:300565/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:286640/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:283701/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:281010/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:254885/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:251135/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:249698/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:220089/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:215763/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:313573/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:210485/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:208066/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:201328/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:185165/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:172525/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:159082/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:153149/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:136622/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:130601/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:108210/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:340183/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:458206/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:453367/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:447990/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:446319/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:444109/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:430461/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:424372/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:418729/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:415454/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:414008/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:413561/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:394648/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:379444/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:370372/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:362093/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:354732/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:34870/62‑1 (MQ=255)
 caTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:320711/62‑1 (MQ=255)
  aTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:217237/61‑1 (MQ=255)
  aTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:524223/61‑1 (MQ=255)
  aTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:418223/61‑1 (MQ=255)
  aTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:279471/61‑1 (MQ=255)
  aTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:55588/61‑1 (MQ=255)
  aTGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:148368/61‑1 (MQ=255)
     tAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:473278/58‑1 (MQ=255)
                        aaaTTGCGGTTTGTTCCAGTGAAAGATGAATGCTGTTAc  <  1:701357/39‑1 (MQ=255)
                                           |                   
CCATGTAGAGCATCATCGGCGGGAAAATTGCGGTTTGTTCCAGCGAAAGATGAATGCTGTTAC  >  W3110S.gb/4179608‑4179670

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑