Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	3,824,380	2 bp→AA	pseudogene (513‑514/687 nt)	rph →	ECK3633:JW3618:b3643; ribonuclease PH

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	3,824,380	0	G	A	100.0%	95.3 / NA	49	pseudogene (513/687 nt)	rph	ECK3633:JW3618:b3643; ribonuclease PH
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (49/0);  total (49/0)
*	W3110S.gb	3,824,381	0	G	A	100.0%	96.2 / NA	49	pseudogene (514/687 nt)	rph	ECK3633:JW3618:b3643; ribonuclease PH
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (49/0);  total (49/0)

CAGTTTCTGTCGGAATTGTGAACGGCGAAGCGGTTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGACTCT  >  W3110S.gb/3824349‑3824410                                ||                              cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGATGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:600244/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCTATCTGGAATACg             >  1:129677/1‑51 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGCACTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:199396/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTTGAATACGTTGAAGActca  >  1:226602/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGa                  >  1:596032/1‑46 (MQ=25) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGAgtca  >  1:93426/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:608337/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:48834/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:498132/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:500755/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:516653/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:520902/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:530698/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:545030/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:578873/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:581197/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:600785/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:436524/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:622710/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:622913/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:636897/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:64220/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:680358/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:691662/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:72718/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:94328/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:267068/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:121120/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:123289/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:146106/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:15250/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:154335/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:163299/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:177387/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:209723/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:252351/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:473492/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:276251/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:27915/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:284066/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:292894/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:331738/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:335633/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:369523/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActca  >  1:106012/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActc   >  1:296741/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActc   >  1:161687/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGActc   >  1:316229/1‑61 (MQ=255) cAGTTTCTGTCGGTATTGTAAACGGTGAAGCAATTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGAct    >  1:618106/1‑60 (MQ=255)                                ||                              CAGTTTCTGTCGGAATTGTGAACGGCGAAGCGGTTTGCGATCTGGAATACGTTGAAGACTCT  >  W3110S.gb/3824349‑3824410

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑