Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,934,552 T→C intergenic (+233/‑75) dppA → / → dppB dipeptide transporter/dipeptide transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,934,5520TC100.0% 906.9 / NA 505intergenic (+233/‑75)dppA/dppBdipeptide transporter/dipeptide transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/505);  total (0/505)

Only 100 of 505 total aligned reads displayed.

CGGCAGCAATACTTCATTCCCTGTCCGATAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGACA  >  W3110S.gb/3934524‑3934586
                            |                                  
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCGCAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:204680/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGATCAATACAGaca  <  1:314559/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:293745/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:327186/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:323666/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:316290/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:312218/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:309806/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:307110/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:30457/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:302082/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:299030/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:295648/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:329190/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:291965/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:288914/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:285548/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:28337/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:281009/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:275976/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:273104/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:268219/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:264721/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:263460/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:100014/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:57088/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:9796/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:94782/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:89471/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:88184/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:86057/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:81677/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:79065/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:74984/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:68205/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:64857/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:62473/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:57691/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:261457/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:54507/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:51632/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:50238/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:46521/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:40001/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:3810/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:3613/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:346695/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:342062/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:341005/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:330834/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:132459/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:256667/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:168824/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:164455/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:161421/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:157715/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:154415/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:152536/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:147453/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:143959/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:141796/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:139388/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:173729/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:130331/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:129226/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:126923/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:123104/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:120794/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:116852/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:113083/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:110147/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:109253/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:106301/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:102489/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:213253/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:252485/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:24841/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:244694/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:238457/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:232457/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:231415/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:226811/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:223186/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:221730/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:216585/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:176700/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:211507/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:20979/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:206874/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:199642/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:19708/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:195112/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:193172/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:18783/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:18514/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:183318/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:179307/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGAAATACAGaca  <  1:2702/61‑1 (MQ=255)
  gcagcaATACTTCATTCCATGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:103982/61‑1 (MQ=255)
   cagcaATACTTCATTCCCTGTCCCACAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGaca  <  1:336251/60‑1 (MQ=255)
                            |                                  
CGGCAGCAATACTTCATTCCCTGTCCGATAAGGGCGGGAATTGATTTGTGAGCAATACAGACA  >  W3110S.gb/3934524‑3934586

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑