Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 567,777 C→T G80G (GGC→GGT)  emrE → multidrug resistance protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb567,7770CT100.0% 1067.6 / NA 565G80G (GGC→GGT) emrEmultidrug resistance protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (565/0);  total (565/0)

Only 100 of 565 total aligned reads displayed.

TGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGC  >  W3110S.gb/567746‑567807
                               |                              
ttaTTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:201842/3‑62 (MQ=16)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACTACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:188296/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGAc                    >  1:288185/1‑44 (MQ=12)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTg                 >  1:233702/1‑47 (MQ=16)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTAt         >  1:264431/1‑55 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATcata     >  1:159/1‑59 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:95009/1‑61 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:320837/1‑61 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:335027/1‑61 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:221037/1‑61 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:223529/1‑61 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:160983/1‑61 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:15347/1‑61 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:109331/1‑61 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:25038/1‑61 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:291729/1‑61 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:66866/1‑61 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:72576/1‑61 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:78763/1‑61 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAgg   >  1:266630/1‑61 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAg    >  1:230434/1‑60 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:305737/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:315210/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:276525/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:313397/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:259599/1‑62 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:278716/1‑62 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:302108/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:300998/1‑62 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:295772/1‑62 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:76222/1‑62 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:65313/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:62393/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:59435/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:54086/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:51947/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:31619/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:45094/1‑62 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:347914/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:345404/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:342714/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:341063/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:338306/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:329152/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:140308/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:181900/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:178710/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:176137/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:170984/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:167073/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:163582/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:156271/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:151877/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:148459/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:146406/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:144155/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:184955/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:137977/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:134623/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:132/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:128087/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:125226/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:121631/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:11968/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:115916/1‑62 (MQ=255)
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tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:194413/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:190324/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACAGGACCTGCCAGCAATcata     >  1:284688/1‑59 (MQ=255)
tGATTAGTTTGCTTTCCTGGGGATTATTTGGTCAACGACTGGACCTgcc               >  1:20638/1‑49 (MQ=12)
tGATTAGTTTGCTTTCATGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:28071/1‑62 (MQ=255)
tGATTAGGTTGCTTTCCTGGGGATTTTTTGGTCAACGACTGGACCTGCCAGCTATCATAGGc  >  1:324183/1‑62 (MQ=255)
                               |                              
TGATTAGCTTACTGTCATGGGGATTTTTCGGCCAACGGCTGGACCTGCCAGCCATTATAGGC  >  W3110S.gb/567746‑567807

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑