Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1140124	1140601	478	2 [0]	[0] 11	flgK	flagellar hook‑filament junction protein 1

AGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAATGGTTACTCACTGGTTC  >  W3110S.gb/1140602‑1140663 |                                                              aGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAATGGTTACTCACTGGTTc  <  1:223462/62‑1 (MQ=255) aGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAATGGTTACTCACTGGTTc  <  1:418387/62‑1 (MQ=255) aGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAATGGTTACTCACTGGTTc  <  1:42086/62‑1 (MQ=255) aGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAATGGTTACTCACTGGTTc  <  1:435515/62‑1 (MQ=255) aGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAATGGTTACTCACTGGTTc  <  1:439541/62‑1 (MQ=255) aGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAATGGTTACTCACTGGTTc  <  1:553270/62‑1 (MQ=255) aGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAATGGTTACTCACTGGTTc  <  1:558419/62‑1 (MQ=255) aGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAATGGTTACTCACTGGTTc  <  1:601522/62‑1 (MQ=255) aGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAATGGTTACTCACTGGTTc  <  1:687744/62‑1 (MQ=255) aGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAATGGTTACTCACTGGTTc  <  1:799194/62‑1 (MQ=255) aGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAATGGTTACTCACTGGTTc  <  1:919915/62‑1 (MQ=255) |                                                              AGTCAGCGTTCAGGATGGCGGCACTTATAACATCACGATGGCCAATGGTTACTCACTGGTTC  >  W3110S.gb/1140602‑1140663

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑