| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,008,269 | G→A | intergenic (+54/‑24) | fliT → / → amyA | predicted chaperone/cytoplasmic alpha‑amylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,008,269 | 0 | G | A | 99.9% | 1579.6 / ‑5.1 | 662 | intergenic (+54/‑24) | fliT/amyA | predicted chaperone/cytoplasmic alpha‑amylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (661/0); minor base T (1/0); total (662/0) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 662 total aligned reads displayed.
ATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCGAAGAATGCGTAATCCCACGCT > W3110S.gb/2008249‑2008309 | aTTACGGCTACGCTTCTAATATTCCCCTTGAATGGAGTTGAAGAATGCGTAATCCCACGCt > 1:724142/1‑61 (MQ=255)aTTACGGCTACGCTTCTAATATTCCCCTTGAATGGAGTCgaaga > 1:671485/1‑44 (MQ=255)aTTACGGCTACGCTTCTAATATTCCCCTTGAATGGAGTCGAAGAATGCGt > 1:77228/1‑50 (MQ=255)aTTACGGCTACGCTTCTAATATTCCCCTTGAATGGAGTCGAAGAATGCGt > 1:608018/1‑50 (MQ=255)aTTACGGCTACGCTTCTAATATTCCCCTTGAATGGAGTCGAAGAATGCGTAATCCCACGc > 1:452587/1‑60 (MQ=255)aTTACGGCTACGCTTCTAATATTCCCCTTGAATGGAGTCGAAGAATGCGTAATCCCACGCt > 1:629107/1‑61 (MQ=255)aTTACGGCTACGCTTCTAATATTCCCCTTGAATGGAGTCGAAGAATGCGTAATCCCACGCt > 1:777646/1‑61 (MQ=255)aTTACGGCTACGCTTCTAATATTCCCCTTGAATGGAGTCGAAGAATGCGTAATCCCACGCt > 1:764757/1‑61 (MQ=255)aTTACGGCTACGCTTCTAATATTCCCCTTGAATGGAGTCGAAGAATGCGTAATCCCACGCt > 1:752996/1‑61 (MQ=255)aTTACGGCTACGCTTCTAATATTCCCCTTGAATGGAGTCGAAGAATGCGTAATCCCACGCt > 1:735828/1‑61 (MQ=255)aTTACGGCTACGCTTCTAATATTCCCCTTGAATGGAGTCGAAGAATGCGTAATCCCACGCt > 1:713042/1‑61 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |