| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,944,962 | T→C | pseudogene (507/729 nt) | yhjQ → | ECK3519:JW5941:b3534; cell division protein; chromosome partitioning ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,944,962 | 0 | T | C | 99.8% | 1452.2 / NA | 623 | pseudogene (507/729 nt) | yhjQ | ECK3519:JW5941:b3534; cell division protein; chromosome partitioning ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (0/621); minor base G (0/1); total (0/623) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 623 total aligned reads displayed.
AGCGCTGCCGGATGGCGCACATATTTTGATTAATGACTTCCGTATTGGCAGTCAGGTTCAGGA > W3110S.gb/3944911‑3944973 | gcgcTGCCGGATGGTGCACATATTTTGATTAATGACTTCCGTATTTGCAGCCAGGTTCAGGa < 1:886603/62‑1 (MQ=255) gcgcTGCCGGATGGTGCACATATTTTGATTAATGACTTCCGTATTGGCGGCCAGGTTCAGGa < 1:688750/62‑1 (MQ=255) gcgcTGCCGGATGGTGCACATATTTTGATTAATGACTTCCGTATTGGCAGCCAGGTTCAGGa < 1:61266/62‑1 (MQ=255) gcgcTGCCGGATGGTGCACATATTTTGATTAATGACTTCCGTATTGGCAGCCAGGTTCAGGa < 1:729687/62‑1 (MQ=255) gcgcTGCCGGATGGTGCACATATTTTGATTAATGACTTCCGTATTGGCAGCCAGGTTCAGGa < 1:720083/62‑1 (MQ=255) gcgcTGCCGGATGGTGCACATATTTTGATTAATGACTTCCGTATTGGCAGCCAGGTTCAGGa < 1:703405/62‑1 (MQ=255) gcgcTGCCGGATGGTGCACATATTTTGATTAATGACTTCCGTATTGGCAGCCAGGTTCAGGa < 1:695083/62‑1 (MQ=255) gcgcTGCCGGATGGTGCACATATTTTGATTAATGACTTCCGTATTGGCAGCCAGGTTCAGGa < 1:673612/62‑1 (MQ=255) gcgcTGCCGGATGGTGCACATATTTTGATTAATGACTTCCGTATTGGCAGCCAGGTTCAGGa < 1:666842/62‑1 (MQ=255) gcgcTGCCGGATGGTGCACATATTTTGATTAATGACTTCCGTATTGGCAGCCAGGTTCAGGa < 1:659514/62‑1 (MQ=255) 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1:32970/47‑1 (MQ=255) caTATTTTGATTAATGACTTCCGTATTGGCAGCCAGGTTCAGGa < 1:15682/44‑1 (MQ=255) | AGCGCTGCCGGATGGCGCACATATTTTGATTAATGACTTCCGTATTGGCAGTCAGGTTCAGGA > W3110S.gb/3944911‑3944973 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |