Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,460,351 T→C intergenic (‑60/‑116) fbp ← / → mpl fructose‑1,6‑bisphosphatase I/UDP‑N‑acetylmuramate:L‑alanyl‑gamma‑D‑glutamyl‑ meso‑diaminopimelate ligase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,460,3510TC99.8% 1313.9 / NA 565intergenic (‑60/‑116)fbp/mplfructose‑1,6‑bisphosphatase I/UDP‑N‑acetylmuramate:L‑alanyl‑gamma‑D‑glutamyl‑ meso‑diaminopimelate ligase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  major base C (0/564);  minor base G (0/1);  total (0/565)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 565 total aligned reads displayed.

AATAATCTCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGC  >  W3110S.gb/4460344‑4460405
       |                                                      
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATga  <  1:413458/62‑2 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:646106/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:737217/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:732813/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:725436/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:715213/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:69988/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:694524/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:688466/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:682592/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:672029/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:665016/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:65812/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:751642/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:633289/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:628120/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:622700/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:617033/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:613632/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:603343/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:595314/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:586668/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:57794/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:572660/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:566564/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:8893/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:988605/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:976736/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:965225/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:954742/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:941760/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:929564/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:919377/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:91332/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:911135/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:907257/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:900755/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:897678/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:558496/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:882438/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:870203/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:857870/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:848011/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:828834/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:824197/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:817653/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:804642/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:797330/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:788542/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:776951/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:164228/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:296963/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:280184/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:268337/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:25975/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:240047/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:228802/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:218819/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:21395/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:202843/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:188194/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:183333/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:171779/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:545879/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:159922/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:154018/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:146685/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:134661/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:120719/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:106112/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:1040181/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:1032189/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:102319/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:1009249/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:1003099/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:435637/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:1000484/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:538441/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:530049/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:518342/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:504189/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:495870/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:486727/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:480496/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:469120/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:460696/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:452661/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:439322/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:42329/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:402591/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:394754/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:379315/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:372491/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:353051/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:343612/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:327788/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:315571/62‑1 (MQ=255)
aataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:308920/62‑1 (MQ=255)
aataatCCAAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:76876/62‑1 (MQ=255)
 ataatCCCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGc  <  1:3599/61‑1 (MQ=255)
       |                                                      
AATAATCTCAATGTTGCGCTCAGGTGAATCGCGCCAGCAAATTACGGATTATCCTGAAATGC  >  W3110S.gb/4460344‑4460405

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑