BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,493,005	A→T	V130V (GTA→GTT)	cybB →	cytochrome b561

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,493,005	0	A	T	99.9%	1605.8 / NA	677	V130V (GTA→GTT)	cybB	cytochrome b561
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (0/675); minor base G (0/1); total (0/677)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01

Only 100 of 677 total aligned reads displayed.

TTGGTTTGACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTAGATAGCTTAAAGTCGT > W3110S.gb/1492959‑1493021

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   gtttgACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt  <  1:811575/60‑1 (MQ=255)
          gATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt  <  1:348289/53‑1 (MQ=255)
             gCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTTGATAGCTTAAAGTCGt  <  1:36168/50‑1 (MQ=255)

TTGGTTTGACGATGCCTTACGCTTCAGAGGCCAATTTCGAACGGGTAGATAGCTTAAAGTCGT > W3110S.gb/1492959‑1493021

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`