Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,013,894 G→C E27Q (GAA→CAA)  ygfJ → conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,013,8940GC100.0% 236.4 / NA 114E27Q (GAA→CAA) ygfJconserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base C (0/114);  total (0/114)

Only 100 of 114 total aligned reads displayed.

TTATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGGAACAGGGAACAATTCTTGA  >  W3110S.gb/3013852‑3013913
                                          |                   
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCGACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:37337/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACTGGGAACAATTCTTGa  <  1:19347/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:34953/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:45232/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:44129/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:43527/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:43510/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:43058/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:42962/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:42057/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:40333/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:38969/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:35620/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:45692/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:34716/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:34644/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:34073/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:31656/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:31214/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:31111/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:31042/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:30147/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:10995/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:28794/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:28446/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:52776/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:9655/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:8483/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:6941/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:6892/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:6782/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:6265/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:5884/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:54141/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:54011/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:5389/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:53023/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:29927/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:52527/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:52295/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:51114/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:51096/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:50791/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:50443/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:49408/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:4857/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:48281/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:46039/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:16152/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:20080/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:28181/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:19009/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:18612/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:17700/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:17699/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:17569/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:17438/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:17428/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:16758/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:16654/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:19577/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:15573/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:15493/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:15145/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:14296/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:13670/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:13591/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:13511/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:129/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:11338/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:11144/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:21317/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:25988/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:27055/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:259/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:25572/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:23052/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:22729/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:22183/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:2023/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:21998/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:21586/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:21009/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:20903/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:20721/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:20603/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:27169/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:27205/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:20384/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:20348/62‑1 (MQ=255)
ttATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:2813/62‑1 (MQ=255)
 tATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGTAACAATTCTTGa  <  1:30570/61‑1 (MQ=255)
 tATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:51639/61‑1 (MQ=255)
 tATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:25904/61‑1 (MQ=255)
 tATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:15249/61‑1 (MQ=255)
                ggCAATTGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:48006/46‑1 (MQ=255)
                 gCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:20092/45‑1 (MQ=255)
                   aaTGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:50593/43‑1 (MQ=255)
                   aaTGGAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:48168/43‑1 (MQ=255)
                      ggAAAATGATGTTACCCTGGCAACAGGGAACAATTCTTGa  <  1:30643/40‑1 (MQ=255)
                                          |                   
TTATCATCAAGAATGGGGCAATGGAAAATGATGTTACCCTGGGAACAGGGAACAATTCTTGA  >  W3110S.gb/3013852‑3013913

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑