Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	350,054	T→G	G273G (GGT→GGG)	prpC →	2‑methylcitrate synthase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	350,054	0	T	G	100.0%	116.9 / NA	59	G273G (GGT→GGG)	prpC	2‑methylcitrate synthase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base G (0/59);  total (0/59)

GCAAGCGCGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGTCATCCGGTTTA  >  W3110S.gb/350014‑350065                                         |            gCAAGCGGGTGGAAACCAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:29317/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:47174/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:36388/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:37194/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:37942/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:38188/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:38299/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:39375/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:41226/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:42040/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:42193/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:42453/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:42755/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:43926/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:46616/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:36134/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:48459/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:49124/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:51394/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:51910/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:52854/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:53004/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:53198/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:53546/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:5384/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:5418/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:54247/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:5693/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:8946/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:9241/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:35701/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:12045/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:12104/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:12110/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:12124/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:14516/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:17387/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:19342/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:20435/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:21418/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:2182/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:22519/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:23520/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:24941/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:28246/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:28772/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:29017/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:30034/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:32997/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:33123/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:3335/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:33943/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:34014/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:3420/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:3549/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:3555/52‑1 (MQ=255) gCAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:11106/52‑1 (MQ=255)  cAAGCGGGTGGAAAACAAAGAAGTGGGCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:7251/51‑1 (MQ=255)              aaaCAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGGCATCCGGTTTa  <  1:28166/39‑1 (MQ=255)                                         |            GCAAGCGCGTGGAAAACAAAGAAGTGGTCATTGGTTTTGGTCATCCGGTTTA  >  W3110S.gb/350014‑350065

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑