| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 2018583 | 0 (0.000) | 32 (0.870) | 22/96 | NT | 100% | coding (579/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
| ? | W3110S.gb | = 2521059 | NA (NA) | intergenic (+170/+30) | insL/yfeA | predicted transposase/predicted diguanylate cyclase | |||||
GCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGC > W3110S.gb/2018514‑2018653 | catcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCAccc < 1:3483075‑M1/14‑1 (MQ=255)catcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCAccc < 1:1708688‑M1/14‑1 (MQ=255) cAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGGGGGGCGATCCCACCa > 1:559070‑M1/1‑69 (MQ=255) ggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCa > 1:1374264‑M1/54‑71 (MQ=255) cGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataag < 1:3626053‑M1/71‑6 (MQ=255) gtgtGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataag > 1:359069‑M1/1‑65 (MQ=255) acgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATcc > 1:1492664‑M1/51‑71 (MQ=255) acgttaaatcatatcaggcgtaaaaccacaacccttaagtaagcgcttatCGGCGATCCCACCCTCCATcc < 1:2552374‑M1/21‑1 (MQ=255) cgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCt < 1:2561353‑M1/22‑1 (MQ=255) gatgatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgcta < 1:2250830‑M1/70‑11 (MQ=255) tgatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaact > 1:2233244‑M1/1‑58 (MQ=255) gatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaact > 1:2880877‑M1/1‑57 (MQ=255) tcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCt < 1:975072‑M1/29‑1 (MQ=255) tatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactt < 1:3208669‑M1/69‑15 (MQ=255) tatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTa > 1:232635‑M1/40‑71 (MQ=255) cTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggt > 1:1169638‑M1/1‑51 (MQ=255) cTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggt > 1:1862146‑M1/1‑51 (MQ=255) cTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggt > 1:645881‑M1/1‑51 (MQ=255) ggCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttg < 1:2767555‑M1/70‑23 (MQ=255) ggCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttg < 1:2582614‑M1/70‑23 (MQ=255) ggCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttg < 1:923039‑M1/70‑23 (MQ=255) ggCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttg < 1:1550252‑M1/70‑23 (MQ=255) aggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGt < 1:1762920‑M1/36‑1 (MQ=255) aggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGt < 1:3645381‑M1/36‑1 (MQ=255) aataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgc < 1:2003732‑M1/42‑1 (MQ=255) aCCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatc > 1:2620252‑M1/1‑42 (MQ=255) ataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATc < 1:2026472‑M1/20‑1 (MQ=255) ataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTa < 1:2643840‑M1/32‑1 (MQ=255) ataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc > 1:2921502‑M1/29‑71 (MQ=255) taccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTcc > 1:2738371‑M1/28‑44 (MQ=255) taccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTcc > 1:2198844‑M1/28‑44 (MQ=255) taccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTcc > 1:926876‑M1/28‑44 (MQ=255) ttAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggt < 1:2331735‑M1/59‑21 (MQ=255) tAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctg > 1:3320818‑M1/1‑38 (MQ=255) cacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATg > 1:1416807‑M1/25‑71 (MQ=255) aaGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctg > 1:2103839‑M1/1‑37 (MQ=255) acaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATg < 1:2463197‑M1/47‑1 (MQ=255) aGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:3643729‑M1/70‑35 (MQ=255) aGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:653171‑M1/70‑35 (MQ=255) aGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaa > 1:1919047‑M1/1‑36 (MQ=255) acccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAg > 1:2665553‑M1/21‑70 (MQ=255) acccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGCCTGTAAAGTCTCCGCCGATGaa < 1:1503519‑M1/49‑1 (MQ=255) tGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaac > 1:3327936‑M1/1‑32 (MQ=255) gCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc < 1:1300687‑M1/70‑40 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaaa > 1:791408‑M1/19‑52 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaaa > 1:2453183‑M1/19‑52 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaaa > 1:761735‑M1/19‑52 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTa > 1:260637‑M1/19‑50 (MQ=255) cttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGaa < 1:3060575‑M1/49‑1 (MQ=255) aagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGa > 1:2435367‑M1/15‑68 (MQ=255) aagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtct < 1:656063‑M1/57‑1 (MQ=255) aagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtct < 1:2018680‑M1/57‑1 (MQ=255) gctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttg > 1:791809‑M1/1‑26 (MQ=255) gttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATg > 1:3072783‑M1/13‑59 (MQ=255) ttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTa > 1:3558327‑M1/12‑43 (MQ=255) ttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATg > 1:735487‑M1/12‑58 (MQ=255) gcgcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggtttaaccatctgaagaatgcgacgcctc < 1:350370‑M1/69‑48 (MQ=255) gcgcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctc < 1:2769790‑M1/69‑48 (MQ=255) gcgcTCGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctc < 1:903696‑M1/69‑48 (MQ=255) cgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGcc > 1:3226808‑M1/8‑71 (MQ=255) cTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgc > 1:1915084‑M1/1‑19 (MQ=255) cTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggtagaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgc > 1:327495‑M1/1‑19 (MQ=255) tGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatgtgaagaatgcgacgcctcggtgcct > 1:1912875‑M1/1‑17 (MQ=255) tatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc < 1:3156236‑M1/43‑1 (MQ=255) gCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctc > 1:2317493‑M1/1‑16 (MQ=255) gCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcct > 1:1440004‑M1/1‑16 (MQ=255) tGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGt < 1:2282350‑M1/36‑1 (MQ=255) tGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGt < 1:1595497‑M1/36‑1 (MQ=255) gCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaa < 1:940637‑M1/71‑61 (MQ=255) aTCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgtt < 1:2354114‑M1/66‑59 (MQ=255) aTCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaa < 1:2377915‑M1/41‑34 (MQ=255) cccACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagccga > 1:3611540‑M1/1‑6 (MQ=255) cccACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacga > 1:1765405‑M1/1‑6 (MQ=255) cccACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacga > 1:493518‑M1/1‑6 (MQ=255) cccACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaa > 1:1721104‑M1/1‑6 (MQ=255) ccaccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaa > 1:2547629‑M1/1‑5 (MQ=255) ccACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCg > 1:3048761/1‑70 (MQ=255) cccTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTgg > 1:3463921/1‑71 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcc < 1:2377561‑M1/71‑70 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaaga > 1:3187432‑M1/1‑2 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaa > 1:2710950‑M1/1‑2 (MQ=255) cataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcct > 1:470163‑M1/1‑1 (MQ=255) cataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcct > 1:3645273‑M1/1‑1 (MQ=255) cataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcct > 1:1175746‑M1/1‑1 (MQ=255) cataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacga > 1:3429890‑M1/1‑1 (MQ=255) cataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:3641690‑M1/35‑35 (MQ=255) cataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:3572270‑M1/35‑35 (MQ=255) cataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:3032984‑M1/35‑35 (MQ=255) cataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:1631212‑M1/35‑35 (MQ=255) | GCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGC > W3110S.gb/2018514‑2018653 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |