| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 2412225 | NA (NA) | 54 (1.410) | 35/100 | NT | 96.4% | intergenic (‑55/‑782) | insA/yfbQ | IS1 element protein/predicted aminotransferase |
| ? | W3110S.gb | = 3748807 | 2 (0.050) | coding (176/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity | |||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
GATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCACC > W3110S.gb/3748740‑3748877 | gATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:3186031‑M2/1‑68 (MQ=255)gATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:1995356‑M2/1‑68 (MQ=255)acaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaat > 1:1046545‑M1/60‑70 (MQ=255) ttAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtga > 1:1009154‑M2/1‑66 (MQ=255) aaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatg > 1:3040773‑M2/1‑63 (MQ=255) tcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCgg > 1:2920220‑M1/54‑71 (MQ=255) cTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgc < 1:939653‑M2/71‑12 (MQ=255) cTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgc < 1:1387586‑M2/71‑12 (MQ=255) gggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGa > 1:1020986‑M1/49‑71 (MQ=255) gcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATg > 1:3267277‑M1/47‑68 (MQ=255) gcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATg > 1:1386880‑M1/47‑68 (MQ=255) tGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaactt > 1:2981395‑M2/1‑54 (MQ=255) tGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtaatgctgccaactt > 1:2510258‑M2/1‑54 (MQ=255) aTGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttac < 1:3218597‑M2/71‑20 (MQ=255) aTGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaactta < 1:704979‑M2/70‑19 (MQ=255) tGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAgg < 1:2195538‑M2/53‑3 (MQ=255) ggTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttact < 1:3485626‑M2/70‑21 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:113165‑M1/29‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:3584639‑M1/29‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:799042‑M1/29‑1 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaa > 1:216442‑M1/41‑50 (MQ=255) ctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaa < 1:2234903‑M1/10‑1 (MQ=255) ttAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatt < 1:2687039‑M2/70‑25 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccATAATAACAATAAACCgg > 1:3116832‑M1/37‑54 (MQ=255) acataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAc < 1:2259194‑M1/35‑1 (MQ=255) aaaaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttag < 1:2499553‑M2/71‑28 (MQ=255) aaaaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttag < 1:1219476‑M2/71‑28 (MQ=255) aaaaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatt < 1:773160‑M2/68‑25 (MQ=255) aaaaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtga < 1:1990157‑M2/49‑6 (MQ=255) aaaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttag > 1:3270842‑M2/1‑43 (MQ=255) aaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtg > 1:341442‑M2/1‑42 (MQ=255) aaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtg > 1:1910072‑M2/1‑42 (MQ=255) taaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAgg < 1:287762‑M1/39‑1 (MQ=255) aCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtg < 1:3117799‑M2/70‑30 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTATTAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgta < 1:449542‑M2/71‑32 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgta < 1:1620820‑M2/71‑32 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaactt > 1:2549709‑M2/1‑40 (MQ=255) aaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAgg < 1:112522‑M1/39‑1 (MQ=255) gAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga > 1:1259798‑M2/1‑37 (MQ=255) gAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga > 1:1582458‑M2/1‑37 (MQ=255) gCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatg < 1:1165704‑M2/42‑8 (MQ=255) actatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGa < 1:362127‑M1/45‑1 (MQ=255) ctatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt > 1:1961561‑M1/26‑71 (MQ=255) ctatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt > 1:2346069‑M1/26‑71 (MQ=255) ctatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt > 1:3359129‑M1/26‑71 (MQ=255) ccGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:3351742‑M2/1‑34 (MQ=255) ccGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:2293072‑M2/1‑34 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAg < 1:880026‑M1/49‑1 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAg < 1:2081261‑M1/49‑1 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAg < 1:1701839‑M1/49‑1 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAg < 1:688978‑M1/49‑1 (MQ=255) aCGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgt < 1:1206089‑M2/71‑41 (MQ=255) aCGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgt > 1:1266381‑M2/1‑31 (MQ=255) gggATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgat < 1:3276104‑M2/64‑36 (MQ=255) aataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGa < 1:2556421‑M1/51‑1 (MQ=255) aataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGa < 1:197233‑M1/51‑1 (MQ=255) ataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGAt > 1:3269315‑M1/20‑71 (MQ=255) ataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGAt > 1:2088415‑M1/20‑71 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGAt < 1:655552‑M1/52‑1 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:1388404‑M2/1‑27 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:3078154‑M2/1‑27 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:2706761‑M2/1‑26 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:227933‑M2/1‑26 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGaa < 1:2885009‑M1/24‑1 (MQ=255) aaTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag < 1:2106982‑M2/71‑48 (MQ=255) aTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt < 1:620600‑M2/66‑44 (MQ=255) aTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgattta < 1:3022296‑M2/49‑27 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggt > 1:3059073‑M2/1‑22 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgacaacttagtgatttagtgtatg < 1:2384197‑M2/55‑34 (MQ=255) ttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:3446289‑M2/1‑21 (MQ=255) ttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgacaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggt < 1:1528125‑M2/70‑50 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgc < 1:3011080‑M2/71‑52 (MQ=255) agtcattaccCTAATAACAATAACCCGGATTGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAg > 1:1745631‑M1/11‑59 (MQ=255) gtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAccc > 1:1856803‑M1/10‑71 (MQ=255) atatGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc > 1:2725363‑M2/1‑17 (MQ=255) tttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcca > 1:57701‑M2/1‑16 (MQ=255) tttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc > 1:1868383‑M2/1‑16 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaaa > 1:1704736‑M1/7‑39 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaaa > 1:3599751‑M1/7‑39 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaaa > 1:1966502‑M1/7‑39 (MQ=255) 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ataaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctg > 1:3240383‑M2/1‑6 (MQ=255) taaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgt > 1:2117400‑M2/1‑5 (MQ=255) taaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctacagtggcttctgt > 1:2318713‑M2/1‑5 (MQ=255) aCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccag < 1:1717257‑M2/59‑57 (MQ=255) aCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatgg < 1:2702873‑M2/40‑38 (MQ=255) caataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAAt < 1:2108658/36‑1 (MQ=255) aggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttct > 1:430371‑M2/1‑1 (MQ=255) aggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttct > 1:3615954‑M2/1‑1 (MQ=255) aggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttct > 1:1074601‑M2/1‑1 (MQ=255) | GATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCACC > W3110S.gb/3748740‑3748877 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |