| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,461,559 | Δ1 bp | 7.6% | intergenic (‑467/+214) | yfcV ← / ← sixA | predicted fimbrial‑like adhesin protein/phosphohistidine phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,461,559 | 0 | T | . | 7.6% | 500.3 / 38.4 | 171 | intergenic (‑467/+214) | yfcV/sixA | predicted fimbrial‑like adhesin protein/phosphohistidine phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (75/83); new base . (10/3); total (85/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
TAATCAAGTTTCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAGTGTCAAACAGACATTATTCATTTCAACATGTAACTTTGGGCAAAATCAAGATACGCGCAGA > W3110S.gb/2461491‑2461629 | tAATCAAGTTTCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGa > 1:1335253/1‑71 (MQ=255) aaGTTTCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAAt < 1:2801843/70‑1 (MQ=255) aaGTTTCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAAt < 1:2567751/70‑1 (MQ=255) aaGTTTCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAAt < 1:799370/70‑1 (MQ=255) ttCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAgtg > 1:5307921/1‑71 (MQ=255) ttCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAgtg > 1:3036264/1‑71 (MQ=255) aaTTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAGTGTCa < 1:4722989/71‑1 (MQ=255) ttACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAAt > 1:1424444/1‑61 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |