| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,461,546:1 | +A | 8.3% | intergenic (‑454/+227) | yfcV ← / ← sixA | predicted fimbrial‑like adhesin protein/phosphohistidine phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,461,546 | 1 | . | A | 8.3% | 613.3 / 57.8 | 156 | intergenic (‑454/+227) | yfcV/sixA | predicted fimbrial‑like adhesin protein/phosphohistidine phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (72/71); new base A (10/3); total (82/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.43e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
TAGCCAGAATTTAATCAAGTTTCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAGTGTCAAACAGACATTATTCATTTCAACATGTAACTTTGGGCAAAAT > W3110S.gb/2461480‑2461614 | taGCCAGAATTTAATCAAGTTTCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑Tg < 1:1021224/69‑1 (MQ=255) aGAATTTAATCAAGTTTCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATtaa > 1:5376154/1‑70 (MQ=255) aGAATTTAATCAAGTTTCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATtaa > 1:292708/1‑70 (MQ=255) aGAATTTAATCAAGTTTCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATtaa > 1:1815943/1‑70 (MQ=255) tAATCAAGTTTCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGa > 1:1335253/1‑71 (MQ=255) aTCAAGTTTCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGAt < 1:4874750/70‑1 (MQ=255) aaGTTTCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAAt < 1:3356251/70‑1 (MQ=255) aaGTTTCAATTACGTCCTGCCTGATTATTCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAAt < 1:2624347/70‑1 (MQ=255) 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1:4808628/1‑71 (MQ=255) attattCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAGTGTCAAACAGACATTATTCAt > 1:765758/1‑71 (MQ=255) ttattCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATaaa > 1:1536445/1‑39 (MQ=255) ttattCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATaaa > 1:872409/1‑39 (MQ=255) ttattCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATaaa > 1:2459505/1‑39 (MQ=255) ttattCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAAt < 1:2857057/46‑1 (MQ=255) ttattCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAAt < 1:325440/46‑1 (MQ=255) ttattCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAAt < 1:4235927/46‑1 (MQ=255) ttattCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAAt < 1:3412005/46‑1 (MQ=255) tattCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAAt < 1:2218769/45‑1 (MQ=255) tattCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAGTGTCaaa < 1:4514093/55‑1 (MQ=255) tattCAACTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAGTGTCaaa < 1:2100360/55‑1 (MQ=255) ttaaaCTCTATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAGTGTCAAACAGACATTATTCATTTc < 1:182247/67‑1 (MQ=255) 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1:4808971/69‑1 (MQ=255) tATTTTCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAGTGTCAAACAGACATTATTCATTTCAACATGt < 1:4023133/69‑1 (MQ=255) ttttCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAg > 1:3935027/1‑36 (MQ=255) ttttCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAg > 1:5492885/1‑36 (MQ=255) ttttCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAg > 1:3289739/1‑36 (MQ=255) ttttCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAg > 1:5051377/1‑36 (MQ=255) ttttCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAGTGTCAAACAGACATTATTCATTTCAACATGTaa < 1:1307124/69‑1 (MQ=255) ttttCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAGTGTCAAACAGACATTATTCATTTCAACATGTaa < 1:1220853/69‑1 (MQ=255) ttCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAGTGTCAAACAGACATTATTCATTTCAACATGTAACttt > 1:2995844/1‑71 (MQ=255) ttCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAGTGTCAAACAGACATTATTCATTTCAACATGTAACttt > 1:790459/1‑71 (MQ=255) ttCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAGTGTCAAACAGACATTATTCATTTCAACATGTAACttt > 1:5470755/1‑71 (MQ=255) ttCTCCATTATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAGTGTCAAAAAGACATTATTCATTTCAACATGTAACtt > 1:4674278/1‑70 (MQ=255) 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(MQ=17) cATTATCATTTATTAATACA‑GATAATGAGTGTCAAACAGACATTATTCATTTc > 1:2664960/1‑53 (MQ=17) cATTATCATTTATTAATACA‑GATAATGAGTGTCAAACAGACATTATTCATTTc > 1:3256095/1‑53 (MQ=17) cATTATCATTTATTAATACA‑GATAATGAGTGTCAAACAGACATTATTCATTTc > 1:859672/1‑53 (MQ=17) cATTATCATTTATTAATACA‑GATAATGAGTGTCAAACAGACATTATTCATTTc > 1:796289/1‑53 (MQ=17) cATTATCATTTATTAATACA‑GATAATGAGTGTCAAACAGACATTATTCATTTc > 1:1996156/1‑53 (MQ=17) ttATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAGTGTCAAACAGACATTATTCATTTCAACATGTAACt < 1:762941/62‑1 (MQ=255) ttATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAGTGTCAAACAGACATTATTCATTTCAACATGTAACt < 1:1427982/62‑1 (MQ=255) ttATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAGTGTCAAACAGACATTATTCATTTCAACATGTAACt < 1:5203750/62‑1 (MQ=255) ttATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAGTGTCAAACAGACATTATTCATTTCAACATGTAACTTTGGGCaa > 1:4899016/1‑70 (MQ=255) ttATC‑TGTATTAATAAATGATAATGAGTGTCAAACAGACATTATTCATTTCAACATGTAACTTTGGGCaa > 1:929270/1‑70 (MQ=255) aTC‑TGTATTAATAAATGATAATGAGTGTCAAACAGACATTATTCATTTCAACATGTAACtt > 1:4267791/1‑61 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |