| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| MC JC | W3110S.gb | 1,301,041 | Δ1,336 bp | 100% | insC–insD | insC, insD | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | W3110S.gb | 1301041–1302369 | 1302376 | 8–1336 | 72 [0] | [0] 71 | insC–insD | insC,insD |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 1301040 | 0 (0.000) | 31 (0.620) | 15/86 | NT | 100% | intergenic (+218/‑90) | ychE/insC | predicted inner membrane protein/IS2 element protein |
| ? | W3110S.gb | 1302377 = | 0 (0.000) | intergenic (+19/‑519) | insD/oppA | IS2 element protein/oligopeptide transporter subunit | |||||
CTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/1300964‑1301040‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gatattaTTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > W3110S.gb/1302377‑1302446 CTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATG < 1:3800756/71‑1CTGCTTCTCATCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATG < 1:5471413/71‑1 CTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAATAATAATTGAAATGATA > 1:2474652/1‑71 CTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATA > 1:981242/1‑71 TCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAT > 1:3780417/1‑71 TCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAT > 1:2445008/1‑71 TCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAT > 1:3378320/1‑71 TCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAT > 1:2034753/1‑71 TCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTA > 1:2663974/1‑70 CCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTC < 1:1642963/71‑1 CCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTC < 1:5244301/71‑1 TCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCAC > 1:3976468/1‑71 TTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAT < 1:1591176/54‑1 TCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGT < 1:2453276/70‑1 ACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA < 1:1646646/71‑1 ACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA < 1:3192612/71‑1 ACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGAT > 1:3712803/1‑41 ACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGAT > 1:3705807/1‑41 ACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGAT > 1:344656/1‑41 ACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGAT > 1:4193691/1‑41 ACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGAT > 1:2757656/1‑41 ACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGAT > 1:5571135/1‑41 ACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGAT > 1:1168806/1‑41 ACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGAT > 1:2111127/1‑41 ACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGAT > 1:2284603/1‑41 CATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGA > 1:4632777/1‑36 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGT < 1:1330623/70‑1 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGT < 1:4192373/70‑1 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGT < 1:212279/70‑1 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAA > 1:465754/1‑68 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAA > 1:3551800/1‑68 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAA > 1:3277588/1‑68 ATAATACTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGT < 1:2704991/70‑1 ATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGG > 1:2607041/1‑56 ATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGG > 1:4131012/1‑56 ATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGG > 1:4984533/1‑56 ATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGG > 1:5083597/1‑56 ATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGG > 1:579453/1‑56 ATCCTGGCCTTGCTGAAGAATAATTGAAAAGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGG > 1:4885311/1‑56 CTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAA > 1:4892201/1‑70 CTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCAC < 1:4351792/44‑1 GCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGT < 1:2711508/60‑1 GCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTA > 1:3444860/1‑51 GCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATC < 1:5020869/70‑1 CTGAAGAATTATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAA < 1:538443/71‑1 CTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAA < 1:4149879/71‑1 CTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGT < 1:2837196/45‑1 AAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTG > 1:5065149/1‑71 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATT < 1:4423966/71‑1 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAAT < 1:4012964/70‑1 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTCGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAAT < 1:3490059/70‑1 AATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGT < 1:3082404/71‑1 AATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGT < 1:1925601/71‑1 ATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTA < 1:4706526/40‑1 ATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTA < 1:5498293/40‑1 ATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTA < 1:1257536/40‑1 ATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTA < 1:2610059/40‑1 ATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTA < 1:121135/40‑1 ATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTA < 1:3953987/40‑1 ATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTA < 1:3802418/40‑1 ATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTA < 1:3698898/40‑1 TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTA < 1:936007/39‑1 ATTATTAATTCCACTGGCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTG > 1:4320938/1‑66 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTG > 1:3089571/1‑66 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTG > 1:5435211/1‑66 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTG > 1:380586/1‑66 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAA > 1:108023/1‑40 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAA > 1:2382669/1‑40 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAA > 1:3200691/1‑40 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAA > 1:3241697/1‑40 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAA > 1:3448428/1‑40 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAA > 1:4846805/1‑40 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAA > 1:4801210/1‑40 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAA > 1:4652054/1‑40 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAA > 1:4302627/1‑40 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGCGCTAAA > 1:443381/1‑40 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCgc > 1:4614251/1‑69 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > 1:1034065/1‑71 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > 1:1489391/1‑71 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > 1:4807906/1‑71 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > 1:1474340/1‑71 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > 1:5502985/1‑71 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > 1:2473631/1‑71 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > 1:2581859/1‑71 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > 1:615550/1‑71 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTG > 1:5458138/1‑61 CTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/1300964‑1301040‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gatattaTTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > W3110S.gb/1302377‑1302446 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |