| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 4 (0.070) | 90 (1.540) | 26/100 | NT | 95.7% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
TTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/3748866‑3748799‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCT > W3110S.gb/4056222‑4056289 TTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGG < 1:2528853/70‑1 TTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGT < 1:18565/70‑1 TTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGT < 1:780081/70‑1 TTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGT > 1:904207/1‑70 TCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTA < 1:2087760/70‑1 GGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAAT < 1:2099547/68‑1 GCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAAT < 1:4149013/64‑1 CCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAA > 1:1098812/1‑71 CCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAA > 1:1975013/1‑71 CCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAA > 1:299869/1‑71 CCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAA > 1:2294290/1‑71 TTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT > 1:2334145/1‑70 TTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT > 1:2092863/1‑70 TTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT > 1:3254322/1‑70 TTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT > 1:1350483/1‑70 TTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT > 1:5093697/1‑70 TTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT > 1:3450102/1‑70 TTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT > 1:4732076/1‑70 TTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTACAACT > 1:5001699/1‑70 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGA > 1:4068435/1‑61 TCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATT > 1:2339831/1‑71 TCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATT > 1:2240929/1‑71 TCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATT > 1:2168055/1‑71 TCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATT > 1:19637/1‑71 TCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATT > 1:1276543/1‑71 CCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATT > 1:4880418/1‑70 aTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGA < 1:1670382/70‑1 CTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGA < 1:929576/71‑1 TCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGT > 1:4894649/1‑71 TCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGT > 1:1250970/1‑71 TCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG > 1:1892146/1‑70 TCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG > 1:119766/1‑70 ATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGT > 1:4083511/1‑71 ATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGT > 1:3869906/1‑71 ATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGT > 1:2725429/1‑71 ATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGT > 1:1403368/1‑71 ATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGT > 1:4310078/1‑71 ATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGT > 1:540639/1‑71 ATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATA > 1:1229700/1‑67 ATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAAT > 1:2077362/1‑49 GCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT > 1:4015030/1‑70 GCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT < 1:2811867/70‑1 GCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT > 1:4421044/1‑70 CTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAAT < 1:3427959/44‑1 CTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAAT < 1:3412323/44‑1 CTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAAT < 1:3700404/44‑1 CTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAAT < 1:3704617/44‑1 CTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAAT < 1:2714300/44‑1 TGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT < 1:5152210/67‑1 TGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT < 1:1271079/67‑1 TGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT < 1:3410173/67‑1 GGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGT > 1:4001691/1‑71 GTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATG < 1:3679267/69‑1 GTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGAC < 1:1923977/44‑1 GTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGAC < 1:5598827/44‑1 GTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGAC < 1:829888/44‑1 GTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGAC < 1:5237698/44‑1 GTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGAC < 1:2226119/44‑1 TTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT < 1:2822044/70‑1 CAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGA < 1:189859/70‑1 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAT < 1:5388244/70‑1 TGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGT > 1:1415661/1‑55 GCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATG > 1:987499/1‑71 GCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATG > 1:443530/1‑71 CTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTA > 1:1194938/1‑57 CTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAAC > 1:2994443/1‑40 CATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCC < 1:4140731/70‑1 GTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTT < 1:492885/71‑1 GTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTT < 1:489681/71‑1 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT < 1:2693787/70‑1 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT < 1:1369887/70‑1 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT < 1:4543625/70‑1 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG > 1:117021/1‑36 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG > 1:813348/1‑36 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG > 1:503922/1‑36 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG > 1:2209064/1‑36 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG > 1:3226503/1‑36 TTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT < 1:614112/69‑1 TTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCA < 1:1462457/48‑1 TTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT < 1:1354424/40‑1 TTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT < 1:1693819/40‑1 TTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT < 1:1856454/40‑1 TTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT < 1:1858738/40‑1 TTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT < 1:2189506/40‑1 TTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT < 1:3569805/40‑1 GTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT > 1:3048326/1‑44 GTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT > 1:3306704/1‑44 GTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT > 1:4090442/1‑44 GTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT > 1:4925789/1‑44 GTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT > 1:665692/1‑44 GTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT > 1:4496579/1‑44 GTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT > 1:1742268/1‑44 GTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT > 1:4586451/1‑44 GTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTAATGATAGTGTTTTATGTT > 1:3303567/1‑44 TATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT < 1:4799821/36‑1 ATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGaa > 1:1519711/1‑68 ATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCA < 1:5195592/70‑1 ATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCACATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCA < 1:669757/70‑1 AGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCT < 1:5371414/70‑1 AGGGTAATGACTCAAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCT < 1:4770547/70‑1 TTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/3748866‑3748799‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCT > W3110S.gb/4056222‑4056289 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |