New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 6 (0.260) | 33 (1.450) | 27/98 | NT | 84.6% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' |
CAGGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAAC > W3110S.gb/3748729‑3748869 | cAGGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTc < 1:294500/71‑1 (MQ=255) ttACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaataa > 1:751075/1‑71 (MQ=255) atgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataaca > 1:1507206‑M1/63‑71 (MQ=255) aCCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTc > 1:1815203/1‑63 (MQ=255) aCCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaataa > 1:2011254/1‑69 (MQ=255) aCCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataac < 1:539857/70‑1 (MQ=255) aCCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataac < 1:1406575/70‑1 (MQ=255) tgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaa < 1:2181944‑M1/10‑1 (MQ=255) 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gcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAg > 1:1279011‑M1/47‑71 (MQ=255) gcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAg > 1:1164656‑M1/47‑71 (MQ=255) ttatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccc > 1:1310838‑M1/44‑44 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccc < 1:808856‑M1/1‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccc < 1:642319‑M1/1‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaataa < 1:719999‑M1/13‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAt < 1:1581857‑M1/28‑1 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTg > 1:561229‑M1/41‑70 (MQ=255) tgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGa < 1:2149077‑M1/31‑1 (MQ=255) ttAAATCTGGAGCCGACGGTATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgattt > 1:1448185‑M2/1‑46 (MQ=255) ttAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataac < 1:45888/45‑1 (MQ=255) 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tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATaa > 1:885204‑M1/23‑70 (MQ=255) aCGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatg > 1:179357‑M2/1‑31 (MQ=255) cGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtt < 1:373608‑M2/71‑42 (MQ=255) cGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgc > 1:970683‑M2/1‑30 (MQ=255) ataagttgtagtcattaccCTAATAACAATAACCCGTAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAgg > 1:508425‑M1/20‑69 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:2132216‑M2/1‑27 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:834741‑M2/1‑27 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:572935‑M2/1‑27 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgcc < 1:1128840‑M2/39‑13 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:1736775‑M2/1‑26 (MQ=255) 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cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc > 1:440642‑M2/1‑9 (MQ=255) | CAGGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAAC > W3110S.gb/3748729‑3748869 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |