| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,071,476 | G→A | 20.0% | G110D (GGT→GAT) | mdtK → | multidrug efflux system transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,071,476 | 0 | G | A | 20.0% | 149.2 / 30.8 | 65 | G110D (GGT→GAT) | mdtK | multidrug efflux system transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/25); new base A (7/6); total (34/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 | |||||||||||
AGGTGCGACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACAAAGCCGTGGGTTATC > minE/1071407‑1071538 | aGGTGCGACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGt > 1:723616/1‑71 (MQ=255) tGCGACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGATTAc < 1:1314382/71‑1 (MQ=255) tGCGACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGATTAc < 1:40662/71‑1 (MQ=255) cAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTAt > 1:2471495/1‑71 (MQ=255) ggTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCg > 1:1116660/1‑71 (MQ=255) ggTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCg > 1:469157/1‑71 (MQ=255) ggTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCg < 1:3191972/71‑1 (MQ=255) tttCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCt > 1:1391960/1‑71 (MQ=255) tCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTTGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTc > 1:1921423/1‑70 (MQ=255) tCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTc < 1:2429400/70‑1 (MQ=255) gcAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGaaaa < 1:4042515/71‑1 (MQ=255) gcAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGaa < 1:911213/69‑1 (MQ=255) gcAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGaa < 1:906378/69‑1 (MQ=255) gcAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGaa < 1:4122659/69‑1 (MQ=255) gcAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGaa < 1:1331338/69‑1 (MQ=255) cAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGaaaa > 1:2511190/1‑70 (MQ=255) gTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGc < 1:2960782/56‑1 (MQ=255) gTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGc < 1:2171976/56‑1 (MQ=255) gTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATc > 1:2233365/1‑71 (MQ=255) ttttGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATc < 1:1322588/52‑1 (MQ=255) ttttGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATc < 1:344276/52‑1 (MQ=255) ttttGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATc < 1:2031990/52‑1 (MQ=255) ttGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACa > 1:529058/1‑45 (MQ=255) ttGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACAtt < 1:3174595/47‑1 (MQ=255) ttGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACAtt < 1:410464/47‑1 (MQ=255) ttGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACAtt < 1:1779335/47‑1 (MQ=255) ttGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTa < 1:1478866/48‑1 (MQ=255) ttGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGa < 1:2421461/70‑1 (MQ=255) ttGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGATTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGa < 1:2928652/70‑1 (MQ=255) tGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATc > 1:3462232/1‑71 (MQ=255) tGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATc > 1:3380523/1‑71 (MQ=255) gTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGt > 1:1966205/1‑39 (MQ=255) tttCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGATTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCg > 1:2552046/1‑71 (MQ=255) ccGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGct > 1:500990/1‑71 (MQ=255) ccGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGct > 1:505943/1‑71 (MQ=255) ccGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGct > 1:1722727/1‑71 (MQ=255) cGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGctc > 1:1854293/1‑71 (MQ=255) cGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGATTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGct < 1:2348987/70‑1 (MQ=255) gTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCTGctct < 1:1320667/71‑1 (MQ=255) gTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGctct < 1:1055101/71‑1 (MQ=255) tctcATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTa > 1:3518373/1‑38 (MQ=255) tctcATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTAt > 1:1264946/1‑39 (MQ=255) tctcATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTAt > 1:342221/1‑39 (MQ=255) tctcATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGATTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTgg > 1:3830765/1‑71 (MQ=255) aTTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGATTACATTATCCGCTCCATGGaa < 1:2752332/48‑1 (MQ=255) aTTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGATTACATTATCCGCTCCATGGaa < 1:2225358/48‑1 (MQ=255) tATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGATTACATTATCCGCTCCATGGaaaa > 1:3763626/1‑48 (MQ=255) tATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGATTACATTATCCGCTCCATGGaaaa > 1:161234/1‑48 (MQ=255) aTGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACa < 1:2852482/70‑1 (MQ=255) aTGCTGGTGCTGTGGAATGCAGATTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACa > 1:2210035/1‑70 (MQ=255) aTGCTGGTGCTGTGGAATGCAGATTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACa > 1:3031391/1‑70 (MQ=255) aTGCTGGTGCTGTGGAATGCAGATTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACa > 1:2742435/1‑70 (MQ=255) gCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACAAAg > 1:416494/1‑71 (MQ=255) tGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGaa < 1:3920352/38‑1 (MQ=255) cTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACAAAGCCGTgg < 1:3677655/70‑1 (MQ=255) tgGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGa < 1:363190/41‑1 (MQ=255) tgGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGctct > 1:1588458/1‑50 (MQ=255) tgGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACAAAGCCGTGGGTTa < 1:3247337/71‑1 (MQ=255) gAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACa > 1:2776290/1‑35 (MQ=255) gAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATc > 1:3202436/1‑37 (MQ=255) gAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACAAAGCCGTGGGTTATc > 1:2686229/1‑71 (MQ=255) gAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACAAAGCCGTGGGTTATc > 1:2681328/1‑71 (MQ=255) gAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACAAAGCCGTGGGTTATc > 1:582005/1‑71 (MQ=255) gAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACAAAGCCGTGGGTTATc > 1:3282521/1‑71 (MQ=255) aGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCgg < 1:30477/38‑1 (MQ=255) gTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACAAAGCCGt < 1:1566041/55‑1 (MQ=255) gTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACAAAGCCGt < 1:536021/55‑1 (MQ=255) | AGGTGCGACAAGGTTTCTGGCTGGCAGGTTTTGTTTCCGTTCTCATTATGCTGGTGCTGTGGAATGCAGGTTACATTATCCGCTCCATGGAAAACATCGATCCGGCTCTGGCGGACAAAGCCGTGGGTTATC > minE/1071407‑1071538 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |