| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,316,293 | G→A | 22.1% | G58S (GGC→AGC) | hisF → | imidazole glycerol phosphate synthase, catalytic subunit with HisF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,316,293 | 0 | G | A | 22.1% | 185.4 / 48.2 | 86 | G58S (GGC→AGC) | hisF | imidazole glycerol phosphate synthase, catalytic subunit with HisF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/33); new base A (5/14); total (39/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.14e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.89e-01 | |||||||||||
AACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC > minE/1316231‑1316360 | aaCGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGtgtg < 1:2119791/71‑1 (MQ=255)aaCGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGtgtg > 1:3921421/1‑71 (MQ=255)aaCGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGtgtg < 1:1480750/71‑1 (MQ=255) cgctacgctGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTgg > 1:1796609/1‑70 (MQ=255) ctacgctGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATAGCCGTGTGGTAg < 1:973765/71‑1 (MQ=255) ctacgctGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATAGCCGTGTGGTAg < 1:1445252/71‑1 (MQ=255) acgctGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGa > 1:3272040/1‑70 (MQ=255) acgctGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGa > 1:1973838/1‑70 (MQ=255) cgctGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATAGCCGTGTGGTAGATa < 1:3430018/71‑1 (MQ=255) cgctGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATAGCCGTGTGGTAGATa < 1:2444536/71‑1 (MQ=255) tGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATaa > 1:1248400/1‑69 (MQ=255) tGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATaa > 1:2035713/1‑69 (MQ=255) agaagGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCt > 1:416961/1‑71 (MQ=255) agaagGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATAGCCGTGTGGTAGATAAAAGCt < 1:2129863/71‑1 (MQ=255) agGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAg > 1:1133566/1‑66 (MQ=255) agGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTggg > 1:2697683/1‑71 (MQ=255) ggCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGt < 1:2445603/71‑1 (MQ=255) cgcTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATAGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTAt > 1:1159888/1‑71 (MQ=255) cgcTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATAGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTAt > 1:2273869/1‑71 (MQ=255) cTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGt < 1:1917540/67‑1 (MQ=255) cTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGt < 1:1711649/67‑1 (MQ=255) tGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGa > 1:1937044/1‑54 (MQ=255) tGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGa > 1:1497374/1‑54 (MQ=255) tGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGa > 1:3782658/1‑54 (MQ=255) tGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGa > 1:2658957/1‑54 (MQ=255) tGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGa > 1:669390/1‑54 (MQ=255) tGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGa > 1:1600973/1‑54 (MQ=255) tGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGa > 1:3973709/1‑54 (MQ=255) aCGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTggg > 1:737094/1‑63 (MQ=255) aCGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTgg < 1:2600609/62‑1 (MQ=255) gAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATAGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGt < 1:2295377/71‑1 (MQ=255) aaCTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATAGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTg < 1:3584855/71‑1 (MQ=255) tGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATaaa < 1:1655326/50‑1 (MQ=255) tGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATaaa < 1:791112/50‑1 (MQ=255) tGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATAGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTg < 1:2693889/68‑1 (MQ=255) ggTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCg > 1:156085/1‑70 (MQ=255) gtgtTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTgg < 1:3169287/54‑1 (MQ=255) ctgtTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCgg < 1:713525/69‑1 (MQ=255) tgtTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTa < 1:1533390/41‑1 (MQ=255) tgtTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTa < 1:3664350/41‑1 (MQ=255) tgtTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCt < 1:209134/51‑1 (MQ=255) ttCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGa < 1:3234680/68‑1 (MQ=255) ttCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGt > 1:275330/1‑71 (MQ=255) ttCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGt > 1:3871247/1‑71 (MQ=255) ttCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGt > 1:3050857/1‑71 (MQ=255) ttCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGt > 1:880426/1‑71 (MQ=255) ttCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATAGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAg < 1:1200412/70‑1 (MQ=255) cTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTAtc > 1:3274203/1‑54 (MQ=255) cTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTAtc > 1:782292/1‑54 (MQ=255) cTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTAtc > 1:794425/1‑54 (MQ=255) cTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTg < 1:3412922/70‑1 (MQ=255) cTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTg > 1:1889774/1‑70 (MQ=255) cTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGa > 1:1934731/1‑71 (MQ=255) cTACGATATCACCGCTTCCAGCGATAGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTg > 1:3318468/1‑61 (MQ=255) atACGATATCACCGCTTCCAGCGATAGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTg > 1:615306/2‑61 (MQ=255) tACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTg < 1:2686979/69‑1 (MQ=255) tACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGAt > 1:40978/1‑71 (MQ=255) cGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATc > 1:1828315/1‑70 (MQ=255) cGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCg < 1:95171/71‑1 (MQ=255) cGATATCACCGCTTCCAGCGATAGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATc > 1:2870683/1‑70 (MQ=255) gATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGa < 1:1427283/71‑1 (MQ=255) gATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGa < 1:940989/71‑1 (MQ=255) tCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACAtt < 1:2419693/71‑1 (MQ=255) aCCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACa > 1:1904812/1‑67 (MQ=255) aCCGCTTCCAGCGATAGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTcc < 1:3282884/71‑1 (MQ=255) ccGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCg < 1:878623/71‑1 (MQ=255) ccGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCg < 1:403873/71‑1 (MQ=255) cGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGa > 1:2537704/1‑59 (MQ=255) gCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGtt > 1:872916/1‑71 (MQ=255) gCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGt < 1:601101/70‑1 (MQ=255) cTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGAc < 1:4071032/62‑1 (MQ=255) cTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGttt < 1:907265/71‑1 (MQ=255) cTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGttt > 1:3973112/1‑71 (MQ=255) cTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGttt > 1:2268894/1‑71 (MQ=255) cTTCCAGCGATAGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGa < 1:326881/57‑1 (MQ=255) cTTCCAGCGATAGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGa < 1:3583752/57‑1 (MQ=255) ccAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGtttt < 1:3470722/69‑1 (MQ=255) cAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTtgtg < 1:569996/71‑1 (MQ=255) cAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTtgtg < 1:494627/71‑1 (MQ=255) cAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTtgt < 1:2009151/70‑1 (MQ=255) cAGCGATAGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTtgt < 1:538485/70‑1 (MQ=255) gCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTAtctc < 1:578764/36‑1 (MQ=255) gCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGCTAtctc < 1:2827794/36‑1 (MQ=255) gATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCgg < 1:1313173/43‑1 (MQ=255) gATAGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGc < 1:4106183/71‑1 (MQ=255) aTGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATc < 1:637721/50‑1 (MQ=255) | AACGCTACGCTGAAGAAGGCGCTGACGAACTGGTGTTCTACGATATCACCGCTTCCAGCGATGGCCGTGTGGTAGATAAAAGCTGGGTATCTCGCGTGGCGGAAGTGATCGACATTCCGTTTTGTGTGGC > minE/1316231‑1316360 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |