| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,417,804 | C→T | 5.3% | intergenic (+85/‑248) | proL → / → narP | tRNA‑Pro/DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with NarQ or NarX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,417,804 | 0 | C | T | 5.3% | 243.4 / 3.2 | 76 | intergenic (+85/‑248) | proL/narP | tRNA‑Pro/DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with NarQ or NarX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/23); new base T (2/2); total (51/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
ACCAACCCTTACGGTTGGTTTTTTTATATCTGCAATTAATTCGATAAACAGACCGTGACACATCACAGCCTGTTTATTTTCTGTTAACTGTTTAAAGAAATGCACAAGTATTGTGATTGATTTTTTAGTTGTTTTTC > minE/1417736‑1417872 | accaaccCTTACGGTTGGTTTTTTTATATCTGCAATTAATTCGATAAACAGACCGTGACACATCACAGCCt > 1:3546563/1‑71 (MQ=255)accaaccCTTACGGTTGGTTTTTTTATATCTGCAATTAATTCGATAAACAGACCGTGACACATCACAGCCt > 1:1799754/1‑71 (MQ=255) accCTTACGGTTGGTTTTTTTATATCTGCAATTAATTCGATAAACAGACCGTGACACATCACAGCCTGtt > 1:3396603/1‑70 (MQ=255) cccTTACGGTTGGTTTTTTTATATCTGCAATTAATTCGATAAACAGACCGTGACACATCACAGCCTGTTTa < 1:2069672/71‑1 (MQ=255) ccTTACGGTTGGTTTTTTTATATCTGCAATTAATTCGATAAACAGACCGTGACACATCACAGCCTGTTTAt < 1:1948386/71‑1 (MQ=255) ttACGGTTGGTTTTTTTATATCTGCAATTAATTCGATAAACAGACCGTGACACATCACAGCCTGTTTAttt > 1:1231866/1‑71 (MQ=255) aCGGTTGGTTTTTTTATATCTGCAATTAATTCGATAAACAGACCGTGACACATCACAGCCt > 1:2684234/1‑61 (MQ=255) aCGGTTGGTTTTTTTATATCTGCAATTAATTCGATAAACAGACCGTGACACATCACAGCCTGTTTAtttt < 1:2298954/70‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aGCCTGTTTATTTTCTGTTAACTGTTTAAAGAAATGCACAAGTATTGTGATTGATTTTTTAGTTGTTTTTc > 1:3229344/1‑71 (MQ=255) | ACCAACCCTTACGGTTGGTTTTTTTATATCTGCAATTAATTCGATAAACAGACCGTGACACATCACAGCCTGTTTATTTTCTGTTAACTGTTTAAAGAAATGCACAAGTATTGTGATTGATTTTTTAGTTGTTTTTC > minE/1417736‑1417872 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |