| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,755,070 | C→T | 11.7% | A811V (GCT→GTT) | yfiQ → | fused predicted acyl‑CoA synthetase NAD(P)‑binding subunit and ATP‑binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,755,070 | 0 | C | T | 11.7% | 330.0 / 28.3 | 111 | A811V (GCT→GTT) | yfiQ | fused predicted acyl‑CoA synthetase NAD(P)‑binding subunit and ATP‑binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/47); new base T (7/6); total (58/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GATCAAACGGAAGAGATCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACC > minE/1755000‑1755137 | gATCAAACGGAAGAGATCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGc > 1:1019102/1‑71 (MQ=255)gATCAAACGGAAGAGATCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGc > 1:3212434/1‑71 (MQ=255) aTCAAACGGAAGAGATCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCt < 1:1725950/71‑1 (MQ=255) tCAAACGGAAGAGATCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTg < 1:2840158/71‑1 (MQ=255) cAAACGGAAGAGATCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCAGAATttgttg > 1:1193022/1‑70 (MQ=255) aaaCGGAAGAGATCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGt < 1:3500812/70‑1 (MQ=255) aaaCGGAAGAGATCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGt < 1:1329593/70‑1 (MQ=255) aaaCGGAAGAGATCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTa < 1:2198847/71‑1 (MQ=255) aaaCGGAAGAGATCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTa < 1:1281300/71‑1 (MQ=255) aaCGGAAGAGATCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTAc < 1:1811960/71‑1 (MQ=255) aaCGGAAGAGATCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTAc > 1:1903682/1‑71 (MQ=255) aaCGGAAGAGATCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTAc < 1:73995/71‑1 (MQ=255) aCGGAAGAGATCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTAc > 1:827220/1‑70 (MQ=255) ggAAGAGATCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATttgttg < 1:1163541/65‑1 (MQ=255) ggAAGAGATCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATttgttg < 1:1804108/65‑1 (MQ=255) ggAAGAGATCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTgg < 1:705565/71‑1 (MQ=255) ggAAGAGATCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTgg < 1:742251/71‑1 (MQ=255) ggAAGAGATCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTgg < 1:1811848/71‑1 (MQ=255) ggAAGAGATCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTgg < 1:1916248/71‑1 (MQ=255) gagaTCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCg > 1:2750436/1‑71 (MQ=255) gaTCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCt > 1:2606624/1‑71 (MQ=255) gaTCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCt < 1:963902/71‑1 (MQ=255) aTCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTc < 1:1379846/71‑1 (MQ=255) aTCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTc < 1:753069/71‑1 (MQ=255) tCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCg > 1:329313/1‑71 (MQ=255) cTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCgg < 1:180909/70‑1 (MQ=255) cTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGa > 1:2480035/1‑71 (MQ=255) ggCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGTTGTACTGGTTCGCTCGGAtct > 1:3825493/1‑71 (MQ=255) ggCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGTTGTACTGGTTCGCTCGGAtct > 1:1024300/1‑71 (MQ=255) ggCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGTTGTACTGGTTCGCTCGGAt > 1:1883710/1‑69 (MQ=255) ggCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGAtc < 1:882068/70‑1 (MQ=255) ggCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGAtc < 1:2612372/70‑1 (MQ=255) ggCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGAtc < 1:2413137/70‑1 (MQ=255) cGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCa < 1:2772835/71‑1 (MQ=255) cACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAg > 1:433300/1‑71 (MQ=255) aCGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGTTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAg < 1:2092086/70‑1 (MQ=255) aCGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCaaa > 1:1087982/1‑69 (MQ=255) aCGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCaaa > 1:2032039/1‑69 (MQ=255) cgTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTg < 1:3903331/48‑1 (MQ=255) gTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTa < 1:3285929/71‑1 (MQ=255) cGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGt < 1:1461208/66‑1 (MQ=255) cGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGt < 1:2672770/66‑1 (MQ=255) cGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGc > 1:1734013/1‑71 (MQ=255) gATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCt > 1:991388/1‑71 (MQ=255) gATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCt > 1:1388805/1‑71 (MQ=255) gATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCt > 1:2289189/1‑71 (MQ=255) aTTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGTTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCtt < 1:3830626/71‑1 (MQ=255) aTTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGTTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCtt < 1:2073279/71‑1 (MQ=255) tttCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGTTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCtt < 1:1653239/70‑1 (MQ=255) tttCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGTTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa < 1:2355380/71‑1 (MQ=255) tttCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGtt > 1:3656825/1‑44 (MQ=255) tttCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGtt > 1:126817/1‑44 (MQ=255) tttCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAg > 1:2518625/1‑66 (MQ=255) tttCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCt > 1:2382388/1‑69 (MQ=255) tttCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCt > 1:1530566/1‑69 (MQ=255) tttCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCt > 1:4092429/1‑69 (MQ=255) tttCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCt > 1:3141196/1‑69 (MQ=255) tttCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCt > 1:863533/1‑69 (MQ=255) tttCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCt > 1:3287326/1‑69 (MQ=255) tttCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCt > 1:3748799/1‑69 (MQ=255) tttCCGATCATGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCt > 1:2025625/1‑69 (MQ=255) ttCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTg < 1:2537882/35‑1 (MQ=255) ttCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTg < 1:3218596/35‑1 (MQ=255) ttCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTg < 1:2265936/35‑1 (MQ=255) ttCCGAACCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAg > 1:528801/1‑71 (MQ=255) tCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAg < 1:288421/70‑1 (MQ=255) tCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTa < 1:2423722/58‑1 (MQ=255) ccTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGAc > 1:1933935/1‑70 (MQ=255) ccTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACg > 1:1367472/1‑71 (MQ=255) ccTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACg > 1:1288874/1‑71 (MQ=255) ccTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACg > 1:1627284/1‑71 (MQ=255) aTAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCtt < 1:1169740/58‑1 (MQ=255) aTAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCtt < 1:3832922/58‑1 (MQ=255) aTAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACg > 1:790424/1‑67 (MQ=255) aTAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCtt < 1:3461/70‑1 (MQ=255) aTAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCtt > 1:1736366/1‑70 (MQ=255) aTAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCtt < 1:3408671/70‑1 (MQ=255) aTAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCtt > 1:1705902/1‑70 (MQ=255) aTAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCt < 1:1846992/69‑1 (MQ=255) tAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCt > 1:3584122/1‑68 (MQ=255) tAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTa < 1:627918/70‑1 (MQ=255) aaCATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTa > 1:826320/1‑57 (MQ=255) aaCATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAAt > 1:2398811/1‑71 (MQ=255) aaCATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAAt > 1:3687559/1‑71 (MQ=255) aCATCGATGCCGAATTTGTTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATg > 1:3920776/1‑71 (MQ=255) cATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATg > 1:3445198/1‑70 (MQ=255) tCGATGCCGAATTTGTTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGaa < 1:1145113/71‑1 (MQ=255) cGATGCCGAATTTGTTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGaa > 1:2739246/1‑70 (MQ=255) gATGCCGAATTTGTTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGaa > 1:2992988/1‑69 (MQ=255) gATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAg > 1:3042542/1‑52 (MQ=255) gATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGAc > 1:4003059/1‑58 (MQ=255) gATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGaa > 1:1392535/1‑69 (MQ=255) tGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGt < 1:3574397/71‑1 (MQ=255) ccGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGtt < 1:3874116/70‑1 (MQ=255) cGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAg < 1:3883381/35‑1 (MQ=255) aTTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTa > 1:3855911/1‑71 (MQ=255) tttGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGaaa > 1:1258239/1‑61 (MQ=255) tttGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGaaa > 1:3666965/1‑61 (MQ=255) tttGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTAc > 1:1048216/1‑71 (MQ=255) tGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTAcc < 1:241372/70‑1 (MQ=255) | GATCAAACGGAAGAGATCCTCGGCGTCACGCGTGCGATTTCCGATCCTGATAACATCGATGCCGAATTTGCTGTACTGGTTCGCTCGGATCTCAAAGGGTTAGGCTTAGGTCGACGCTTAATGGAAAAGTTGATTACC > minE/1755000‑1755137 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |