| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 36,434 | G→A | 13.9% | I120I (ATC→ATT) | caiB ← | crotonobetainyl CoA:carnitine CoA transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 36,434 | 0 | G | A | 13.9% | 282.4 / 31.7 | 101 | I120I (ATC→ATT) | caiB | crotonobetainyl CoA:carnitine CoA transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/32); new base A (7/7); total (62/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
ATAGTGTTATAGGCCGGAAGATTGGTGTACTCCTCGGTGCCGTACTGACCAAAACCGGACAGGTGAGCGATAACCAGTTTCGGGTTGTGCTGCCACAGTACTTCATCGGTAATGCCACGACGGGCAAAGGCCGGA > minE/36366‑36500 | aTAGTGTTATAGGCCGGAAGATTGGTGTACTCCTCGGTGCCGTACTGACCAAAACCGGACAGGTGAGCGAt < 1:1546869/71‑1 (MQ=255) aGTGTTATAGGCCGGAAGATTGGTGTACTCCTCGGTGCCGTACTGACCAAAACCGGACAGGTGAGCGATaa > 1:1166080/1‑71 (MQ=255) ttATAGGCCGGAAGATTGGTGTACTCCTCGGTGCCGTACTGACCAAAACCGGACAGGTGAGCGATAACCAg > 1:3829389/1‑71 (MQ=255) ttATAGGCCGGAAGATTGGTGTACTCCTCGGTGCCGTACTGACCAAAACCGGACAGGTGAGCGATAACCAg > 1:684412/1‑71 (MQ=255) ataGGCCGGAAGATTGGTGTACTCCTCGGTGCCGTACTGACCAAAACCGGACAGGTGAGCGATAACCAGtt > 1:3147278/1‑71 (MQ=255) ggCCGGAAGATTGGTGTACTCCTCGGTGCCGTACTGACCAAAACCGGACAGGTGAGCGATAACCAGTTTCg < 1:1869442/71‑1 (MQ=255) ggCCGGAAGATTGGTGTACTCCTCGGTGCCGTACTGACCAAAACCGGACAGGTGAGCGATAACCAGTTTCg < 1:2882401/71‑1 (MQ=255) ccGGAAGATTGGTGTACTCCTCGGTGCCGTACTGACCAAAACCGGACAGGTGAGCGATAACCAGTTTCggg > 1:2094588/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |