| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,946,407 | G→A | 29.2% | intergenic (‑121/+121) | fecI ← / ← dnaC | RNA polymerase, sigma 19 factor/DNA biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,946,407 | 0 | G | A | 29.2% | 140.2 / 67.1 | 89 | intergenic (‑121/+121) | fecI/dnaC | RNA polymerase, sigma 19 factor/DNA biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/39); new base A (17/9); total (41/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GGTTATCATTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCATGATGTGG > minE/2946337‑2946477 | ggTTATCATTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGtgttg > 1:2419948/1‑71 (MQ=255) gTTATCATTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGtgttg > 1:2727309/1‑70 (MQ=255) ttATCATTACAATTGGAAGTAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTa < 1:3525242/71‑1 (MQ=255) ttATCATTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGtgttgt < 1:3378249/70‑1 (MQ=255) ttATCATTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTtata < 1:3352128/71‑1 (MQ=255) ttATCATTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTa < 1:2334963/71‑1 (MQ=255) tATCATTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGtgttgt > 1:310664/1‑69 (MQ=255) tATCATTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGtgttg > 1:1714834/1‑68 (MQ=255) aTCATTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAag > 1:1225214/1‑71 (MQ=255) aTCATTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAag > 1:1858860/1‑71 (MQ=255) aTTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAagg > 1:1268414/1‑69 (MQ=255) aTTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAaggt < 1:2722719/70‑1 (MQ=255) tACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAaggta > 1:3963852/1‑69 (MQ=255) cAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAggtaggta > 1:1535898/1‑71 (MQ=255) aaTTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTaa < 1:3388129/62‑1 (MQ=255) aaTTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTaa < 1:2346043/62‑1 (MQ=255) aaTTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAggtaggta > 1:7360/1‑70 (MQ=255) ttGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATaa < 1:113358/71‑1 (MQ=255) ttGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATaa < 1:648921/71‑1 (MQ=255) ttGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATaa < 1:1877284/71‑1 (MQ=255) ttGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATaa < 1:3234517/71‑1 (MQ=255) ttGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATaa < 1:1282762/71‑1 (MQ=255) ttGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGtata > 1:2629653/1‑70 (MQ=255) ggAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATaaaa > 1:1640186/1‑71 (MQ=255) gAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATaaaa < 1:3056310/70‑1 (MQ=255) gAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATaaaa < 1:1354413/70‑1 (MQ=255) aaaTAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATg > 1:1588593/1‑71 (MQ=255) aaTAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATgg < 1:40889/71‑1 (MQ=255) aaTAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATgg < 1:2281186/71‑1 (MQ=255) aaTAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATgg < 1:3703295/71‑1 (MQ=255) aTAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATgg > 1:2041650/1‑70 (MQ=255) aTAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATg > 1:3707990/1‑69 (MQ=255) aTAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATg > 1:646912/1‑69 (MQ=255) aTAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATggg < 1:654623/71‑1 (MQ=255) tAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGa > 1:2250926/1‑71 (MQ=255) tAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGa > 1:2994551/1‑71 (MQ=255) aaaTTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATaaaa > 1:2138122/1‑64 (MQ=255) aaaTTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATg > 1:847602/1‑71 (MQ=255) aTTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGa < 1:1763597/71‑1 (MQ=255) ttGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGtgttg < 1:3000447/45‑1 (MQ=255) ttGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAagg < 1:1570367/50‑1 (MQ=255) tttCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGa < 1:459145/63‑1 (MQ=255) tttCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATaaa < 1:1584283/57‑1 (MQ=255) tCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCctct > 1:3688140/1‑71 (MQ=255) tCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATaa > 1:3582722/1‑43 (MQ=255) tCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATaaaa > 1:1595079/1‑56 (MQ=255) ccAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATaaa < 1:1124635/54‑1 (MQ=255) ccAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCctct < 1:1026119/70‑1 (MQ=255) ccAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCctct < 1:1316162/70‑1 (MQ=255) ccAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCctct < 1:2211206/70‑1 (MQ=255) cAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGc < 1:3968531/71‑1 (MQ=255) aaTAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGa < 1:371638/58‑1 (MQ=255) aTAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATg < 1:1622579/54‑1 (MQ=255) aTAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATg < 1:3187317/54‑1 (MQ=255) tAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTc > 1:3243604/1‑71 (MQ=255) gACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTg > 1:3567085/1‑71 (MQ=255) gACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTg > 1:712973/1‑71 (MQ=255) aTTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCa < 1:2104945/71‑1 (MQ=255) aTTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCa > 1:3125113/1‑71 (MQ=255) tttttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATggg < 1:3795633/49‑1 (MQ=255) tttttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCtt < 1:900028/64‑1 (MQ=255) tttttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATaaa < 1:3859424/44‑1 (MQ=255) tttttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATaa < 1:3124583/43‑1 (MQ=255) ttttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATaaaa > 1:1077922/1‑44 (MQ=255) ttttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCAtg > 1:4056069/1‑71 (MQ=255) tttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCAtgt > 1:1885685/1‑71 (MQ=255) tttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCAtgt > 1:1252246/1‑71 (MQ=255) tttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATaaaa > 1:2286450/1‑43 (MQ=255) tttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAAt > 1:1610497/1‑44 (MQ=255) tttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAAt > 1:3707404/1‑44 (MQ=255) tttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCAtgt > 1:2182755/1‑71 (MQ=255) tttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCAtgt > 1:3849174/1‑71 (MQ=255) tttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCAtgt > 1:1380971/1‑71 (MQ=255) tttAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCAtgt > 1:1385714/1‑71 (MQ=255) cATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATaa < 1:664102/36‑1 (MQ=255) tgttgtTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAg < 1:3605126/46‑1 (MQ=255) tgttgtTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAg < 1:2839568/46‑1 (MQ=255) tgttgtTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGcc < 1:3693109/48‑1 (MQ=255) tgttgtTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGt > 1:2903179/1‑70 (MQ=255) tgttgtTTTTCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTc < 1:1344807/71‑1 (MQ=255) gttgttTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATgg < 1:2763407/38‑1 (MQ=255) ttgttTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGt > 1:2483970/1‑68 (MQ=255) ttgttTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAg < 1:3417721/71‑1 (MQ=255) ttgttTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAg < 1:160972/71‑1 (MQ=255) ttgttTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTATGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAg < 1:3263206/71‑1 (MQ=255) tttttCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAAt < 1:3385854/71‑1 (MQ=255) tttttCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCt < 1:2565524/52‑1 (MQ=255) tttttCTAAGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAAt < 1:1030553/71‑1 (MQ=255) tAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCa > 1:876088/1‑71 (MQ=255) aGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCatg < 1:1785410/71‑1 (MQ=255) aGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCatg < 1:1737638/71‑1 (MQ=255) aGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCat < 1:1863936/70‑1 (MQ=255) aGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTg > 1:3323234/1‑39 (MQ=255) aGTGTTATAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGc > 1:2975298/1‑40 (MQ=255) tgttatAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCatgat < 1:1969365/71‑1 (MQ=255) gttgtAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCctct > 1:3198004/1‑35 (MQ=255) gttgtAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCatgatg > 1:2454284/1‑71 (MQ=255) tgtAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGa < 1:3381874/56‑1 (MQ=255) gtAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAAt < 1:969669/57‑1 (MQ=255) gtAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCATGATGTgg > 1:1415948/1‑71 (MQ=255) | GGTTATCATTACAATTGGAAATAAAATTGTTTCCAATAGACATTTTTAACATGTTGTTTTTCTAAGTGTTGTAAGGTAGGTATAAAATGGGATGGAGCCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCATGATGTGG > minE/2946337‑2946477 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |