| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 349,124 | C→T | 25.3% | A474A (GCC→GCT) | gcl → | glyoxylate carboligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 349,124 | 0 | C | T | 25.3% | 175.9 / 60.5 | 95 | A474A (GCC→GCT) | gcl | glyoxylate carboligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/33); new base T (15/9); total (53/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.66e-01 | |||||||||||
CCTGATTGAAGAGTTAGCTGTTGGCGCGCAGTTCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCGAG > minE/349055‑349193 | ccTGATTGAAGAGTTAGCTGTTGGCGCGCAGTTCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGcc > 1:635527/1‑70 (MQ=255) cTGATTGAAGAGTTAGCTGTTGGCGCGCAGTTCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCt < 1:1053545/70‑1 (MQ=255) aTTGAAGAGTTAGCTGTTGGCGCGCAGTTCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCTTATCt > 1:1397706/1‑71 (MQ=255) aTTGAAGAGTTAGCTGTTGGCGCGCAGTTCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATc < 1:1584051/70‑1 (MQ=255) aTTGAAGAGTTAGCTGTTGGCGCGCAGTTCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGGCAACAACGCCTAt < 1:1936060/69‑1 (MQ=255) aTTGAAGAGTTAGCTGTTGGCGCGCAGTTCAAAATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCTTATCt > 1:240598/1‑71 (MQ=255) tGAAGAGTTAGCTGTTGGCGCGCAGTTCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGTTCAACAACGCCTATCTgg > 1:1743026/1‑71 (MQ=255) gAAGAGTTAGCTGTTGGCGCGCAGTTCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTggg > 1:4085212/1‑71 (MQ=255) gAAGAGTTAGCTGTTGGCGCGCAGTTCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTgg < 1:1134341/70‑1 (MQ=255) gagTTAGCTGTTGGCGCGCAGTTCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCt < 1:1038484/71‑1 (MQ=255) gagTTAGCTGTTGGCGCGCAGTTCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCt > 1:2388424/1‑71 (MQ=255) gTTAGCTGTTGGCGCGCAGTTCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCTTATCTGGGGCTGa > 1:3112069/1‑71 (MQ=255) gTTAGCTGTTGGCGCGCAGTTCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGa < 1:656261/71‑1 (MQ=255) gTTAGCTGTTGGCGCGCAGTTCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGa < 1:3926419/71‑1 (MQ=255) aGCTGTTGGCGCGCAGTTCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGa > 1:973304/1‑68 (MQ=255) aGCTGTTGGCGCGCAGTTCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGa > 1:3060918/1‑68 (MQ=255) tGGCGCGCAGTTCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTg > 1:2039802/1‑55 (MQ=255) ggCGCGCAGTTCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCTTAt > 1:842299/1‑51 (MQ=255) ggCGCGCAGTTCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCgtcagt > 1:615049/1‑70 (MQ=255) gcgcAGTTCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCTTTTCTGGGGCTGATTCGTCAGTcaca < 1:453237/71‑1 (MQ=255) ttCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCTTATc < 1:2725380/43‑1 (MQ=255) ttCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCTTATc < 1:446252/43‑1 (MQ=255) ttCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCTTATc < 1:635353/43‑1 (MQ=255) ttCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCt < 1:716722/40‑1 (MQ=255) ttCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCt < 1:3552306/40‑1 (MQ=255) ttCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGc < 1:1281504/49‑1 (MQ=255) ttCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACgcgc < 1:2045645/71‑1 (MQ=255) cAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCTTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCtt > 1:3841315/1‑71 (MQ=255) cAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCt < 1:1697917/38‑1 (MQ=255) cAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATc > 1:1806041/1‑41 (MQ=255) cAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTg > 1:1374115/1‑43 (MQ=255) cAACATACCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCTTATCTg > 1:535771/1‑43 (MQ=38) aaaCATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCTTATCTg > 1:3953761/2‑43 (MQ=255) aaCATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCTTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCtt < 1:3163052/70‑1 (MQ=255) aaCATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTgg < 1:1468717/43‑1 (MQ=255) aaCATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCtt < 1:3647689/70‑1 (MQ=255) aCATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTAt > 1:3231383/1‑38 (MQ=255) aCATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCtttt < 1:3058256/71‑1 (MQ=255) aCATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCtttt < 1:844254/71‑1 (MQ=255) cATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTc > 1:1019058/1‑50 (MQ=255) cATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTc > 1:431468/1‑50 (MQ=255) cATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCtttt > 1:3386192/1‑70 (MQ=255) aTTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCTTATc > 1:2231338/1‑37 (MQ=255) aTTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGa < 1:1418655/71‑1 (MQ=255) ttCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCgt < 1:738636/50‑1 (MQ=255) ttCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTcac < 1:1659735/57‑1 (MQ=255) ttCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGa > 1:2595513/1‑70 (MQ=255) ttCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGa > 1:1082139/1‑70 (MQ=255) ccGTACATCCATGTGCTGGTCAACATCGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAAc > 1:3028788/1‑58 (MQ=255) ccGTACATCCATGTGCTGGTCAACATCGCCTATCTGGGGCTGATACGTCAGTCACAAc > 1:3033814/1‑58 (MQ=255) ccGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGa > 1:3679107/1‑43 (MQ=255) ccGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACaa > 1:567419/1‑57 (MQ=255) ccGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACAt > 1:2464229/1‑71 (MQ=255) cGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATg < 1:2239594/71‑1 (MQ=255) tACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTg < 1:2913629/64‑1 (MQ=255) cATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGact < 1:3142136/71‑1 (MQ=255) tCCATGTGCTGGTCAACAACGCTTATCTGGGGCTGa > 1:152451/1‑36 (MQ=255) cATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTcac < 1:2442215/46‑1 (MQ=255) cATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAAc > 1:3889865/1‑49 (MQ=255) cATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAAc > 1:3884911/1‑49 (MQ=255) cATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTg > 1:2889764/1‑71 (MQ=255) cATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTg < 1:1431666/71‑1 (MQ=255) aTGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCgtcagtca < 1:1556483/44‑1 (MQ=255) tgtgCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCgtca > 1:860340/1‑39 (MQ=255) tgtgCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGa < 1:2579302/57‑1 (MQ=255) gtgCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGactac > 1:2713868/1‑66 (MQ=255) ttcTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTg > 1:3369145/3‑71 (MQ=255) tgCTGGTCAACAACGCTTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACa > 1:3800386/1‑57 (MQ=255) tgCTGGTCAACAACGCTTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGact < 1:2598188/63‑1 (MQ=255) tgCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCgtcagt > 1:2114884/1‑39 (MQ=255) tgCTGGGCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTg > 1:533356/1‑71 (MQ=255) cTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACaa > 1:3694642/1‑42 (MQ=255) ggTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCTTCAGTCACAACGCGCTTTTGACa > 1:2527639/1‑53 (MQ=255) ggTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCtt > 1:3935199/1‑47 (MQ=255) gTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCttt > 1:3842383/1‑47 (MQ=255) gTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGac < 1:2065615/57‑1 (MQ=255) tCAACAACGCTTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTcaca < 1:3673148/37‑1 (MQ=255) tCAACAACGCTTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTcaca < 1:2285582/37‑1 (MQ=255) caacaaCGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACaa > 1:2944119/1‑37 (MQ=255) caacaaAGCTTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCg > 1:1813493/1‑71 (MQ=255) aacaacGCTTATCTGTGGCTGATTCGTCAGTCACaa > 1:3203240/1‑36 (MQ=37) aacaacGCTTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCttt > 1:948571/1‑44 (MQ=255) aacaacGCTTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGactac < 1:2139537/57‑1 (MQ=255) aacaacGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGc > 1:1632910/1‑71 (MQ=255) aacaacGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGc < 1:1505177/71‑1 (MQ=255) acaacGCTTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCt > 1:1479075/1‑71 (MQ=255) caacGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCtt < 1:4077171/71‑1 (MQ=255) caacGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCtt < 1:1263056/71‑1 (MQ=255) caacGCCTATCT‑‑GGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCtttt < 1:1745079/41‑1 (MQ=37) aacGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGa > 1:3194422/1‑50 (MQ=255) acGCTTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGAtt > 1:2633399/1‑39 (MQ=37) acGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGactac > 1:1792969/1‑53 (MQ=255) acGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGactac > 1:2035069/1‑53 (MQ=255) acGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTc < 1:4022514/71‑1 (MQ=255) acGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTc < 1:3693753/71‑1 (MQ=255) cGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTc > 1:260339/1‑70 (MQ=255) ccTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag < 1:2427097/71‑1 (MQ=255) cTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATg < 1:1237716/43‑1 (MQ=255) cTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCgag > 1:1792003/1‑70 (MQ=255) | CCTGATTGAAGAGTTAGCTGTTGGCGCGCAGTTCAACATTCCGTACATCCATGTGCTGGTCAACAACGCCTATCTGGGGCTGATTCGTCAGTCACAACGCGCTTTTGACATGGACTACTGCGTGCAACTCGCTTTCGAG > minE/349055‑349193 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |