| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 350,279 | G→A | 20.2% | intergenic (+6/‑94) | hyi → / → glxR | hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase, NADH‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 350,279 | 0 | G | A | 20.2% | 186.9 / 39.3 | 84 | intergenic (+6/‑94) | hyi/glxR | hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase, NADH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/29); new base A (9/8); total (47/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGG > minE/350214‑350345 | gAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGa > 1:3635854/1‑67 (MQ=255) aaTATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTa > 1:760437/1‑71 (MQ=255) atatAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTAt > 1:543207/1‑71 (MQ=255) ataAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTAtt > 1:2204633/1‑70 (MQ=255) taAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTa > 1:2418258/1‑67 (MQ=255) taAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTAtt > 1:2101893/1‑69 (MQ=255) taAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTAtt > 1:1040438/1‑69 (MQ=255) taAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTAtt > 1:1398518/1‑69 (MQ=255) taAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTAtt > 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1:723537/1‑56 (MQ=255) aCGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTgg < 1:445358/70‑1 (MQ=255) aCGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTgg < 1:3147529/70‑1 (MQ=255) cGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGc < 1:2635203/70‑1 (MQ=255) cGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCa < 1:3422725/71‑1 (MQ=255) cGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGa < 1:2423415/42‑1 (MQ=255) gCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGAc < 1:3481005/42‑1 (MQ=255) gCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAg < 1:1855740/71‑1 (MQ=255) gCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGa < 1:3843021/41‑1 (MQ=255) gatggatCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGAAAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTg < 1:3695507/63‑1 (MQ=255) atggatCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAg < 1:168032/50‑1 (MQ=255) tggatCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCttttt < 1:2215685/46‑1 (MQ=255) tggatCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATc > 1:3424021/1‑71 (MQ=255) gatCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGc > 1:756278/1‑61 (MQ=255) gatCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGAt > 1:2553953/1‑68 (MQ=255) gatCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCg < 1:3563182/70‑1 (MQ=255) atCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCgtg < 1:3989731/71‑1 (MQ=255) atCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCgtg < 1:858332/71‑1 (MQ=255) atCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCgtg < 1:3561177/71‑1 (MQ=255) atCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCgtg < 1:733479/71‑1 (MQ=255) atCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTa > 1:520305/1‑45 (MQ=255) tCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCttttt > 1:1203076/1‑42 (MQ=255) tCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCttttt > 1:4114941/1‑42 (MQ=255) 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(MQ=255) ttAAAACGTGTCGCTATTCAGACAATTCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAt < 1:1751001/71‑1 (MQ=255) ttAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTa > 1:2536200/1‑35 (MQ=255) ttAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAgggg < 1:3750256/55‑1 (MQ=255) ttAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAgggg < 1:1945460/55‑1 (MQ=255) ttAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAggg > 1:2077201/1‑54 (MQ=255) ttAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAt < 1:2318239/71‑1 (MQ=255) ttAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAgg < 1:2464222/53‑1 (MQ=255) tAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt > 1:3686071/1‑71 (MQ=255) aaaaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGcc > 1:797514/1‑37 (MQ=255) aaaaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTaa > 1:2541680/1‑42 (MQ=255) aaaaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTa < 1:2418853/41‑1 (MQ=255) aaaaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCa > 1:939641/1‑49 (MQ=255) aaaaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAtt > 1:1330751/1‑70 (MQ=255) aaaaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAtt > 1:1930030/1‑70 (MQ=255) aaaaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAtt > 1:975011/1‑70 (MQ=255) aaaaCGTGACGCTATTCAGACAATGCATTTTTAGGCCGCTAAGTTGGc > 1:4125193/1‑48 (MQ=255) aaaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGa < 1:3220256/53‑1 (MQ=255) aCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAgg < 1:3690044/71‑1 (MQ=255) aCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAgg < 1:2105335/71‑1 (MQ=255) cGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGt < 1:27129/40‑1 (MQ=255) | GAATATAAACCCCAAACCACCACGGAAGCCGGTTTACGCTGGATGGATCCGTACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGG > minE/350214‑350345 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |