| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 350,336 | C→T | 17.5% | intergenic (+63/‑37) | hyi → / → glxR | hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase, NADH‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 350,336 | 0 | C | T | 17.5% | 276.1 / 46.2 | 114 | intergenic (+63/‑37) | hyi/glxR | hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase, NADH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/54); new base T (9/11); total (49/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
CCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTAGTA > minE/350267‑350406 | ccGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTcc > 1:1042675/1‑70 (MQ=255)ccGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTcc > 1:1936820/1‑70 (MQ=255)ccGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCg < 1:2069253/71‑1 (MQ=255) ttAAAACGTGTCGCTATTCAGACAATTCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAt < 1:1751001/71‑1 (MQ=255) ttAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAt < 1:2318239/71‑1 (MQ=255) tAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAtt > 1:3686071/1‑71 (MQ=255) aaaaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAtt > 1:1930030/1‑70 (MQ=255) aCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAgg < 1:2105335/71‑1 (MQ=255) aCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAgg < 1:3690044/71‑1 (MQ=255) aCGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATCCAGGaaaa > 1:2192344/1‑70 (MQ=255) gCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGc > 1:2955063/1‑70 (MQ=255) tATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGa > 1:2243194/1‑70 (MQ=255) aTTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGaaa > 1:4138727/1‑71 (MQ=255) aTTAAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGaaa > 1:3307193/1‑71 (MQ=255) tCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCa > 1:220172/1‑57 (MQ=255) cAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGaaaa > 1:2858705/1‑62 (MQ=255) cAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAAtt > 1:2280074/1‑70 (MQ=255) cAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGaa > 1:2031811/1‑67 (MQ=255) cAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAAtt > 1:2546102/1‑70 (MQ=255) cAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTAAGGAAAAGCGa > 1:483182/1‑66 (MQ=255) aGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAAtt < 1:2492532/69‑1 (MQ=255) gACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa < 1:356551/71‑1 (MQ=255) gACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa < 1:1375440/71‑1 (MQ=255) gACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa < 1:399804/71‑1 (MQ=255) gACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa < 1:2314528/71‑1 (MQ=255) gACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTa > 1:2238597/1‑70 (MQ=255) aCAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa < 1:3298106/70‑1 (MQ=255) aCAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa > 1:3826249/1‑70 (MQ=255) aCAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa > 1:3040609/1‑70 (MQ=255) aCAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTa > 1:1161676/1‑69 (MQ=255) aaTGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa > 1:2201938/1‑68 (MQ=255) aaTGCTTTTTTAGGACGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAag < 1:2969362/71‑1 (MQ=255) aTGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGaa < 1:1411580/54‑1 (MQ=255) aTGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGaaa < 1:401900/55‑1 (MQ=255) tGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAagag > 1:1028420/1‑71 (MQ=255) tGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAagag > 1:2818666/1‑71 (MQ=255) gCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAGATTTAAAAGAgg > 1:888017/1‑71 (MQ=255) gCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCa > 1:3854768/1‑48 (MQ=255) gCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCa > 1:61639/1‑48 (MQ=255) gCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGCGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAgg > 1:37081/1‑71 (MQ=255) cTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAgg < 1:1179382/70‑1 (MQ=255) cTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGt > 1:2908333/1‑71 (MQ=255) ttttttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGt > 1:1441602/1‑70 (MQ=255) ttttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTa < 1:1071000/70‑1 (MQ=255) ttttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTaa > 1:3818767/1‑71 (MQ=255) ttttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTa < 1:1625917/70‑1 (MQ=255) tAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAAtt < 1:1895809/70‑1 (MQ=255) aGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGaaa < 1:3125064/52‑1 (MQ=255) gCCGCTAAGTTGGCAGGGGATTGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGa < 1:2770885/71‑1 (MQ=255) gCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGa < 1:3969861/71‑1 (MQ=255) gCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGa < 1:1013064/71‑1 (MQ=255) gCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGa < 1:2691964/71‑1 (MQ=255) cGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa > 1:206105/1‑55 (MQ=255) cGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa > 1:1072783/1‑55 (MQ=255) tAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa < 1:3302781/52‑1 (MQ=255) tAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa < 1:2230795/50‑1 (MQ=255) aaGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTgg > 1:3006589/1‑71 (MQ=255) aGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTgg < 1:2845567/70‑1 (MQ=255) ttGGCAGGGGATCGTGTTGTACGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGAt > 1:1210668/1‑71 (MQ=255) ggCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTATTTATGAAACTGGGAtt < 1:2663342/70‑1 (MQ=255) gCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTa < 1:1263851/71‑1 (MQ=255) cAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTAt < 1:2176535/71‑1 (MQ=255) aGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGa < 1:2785114/57‑1 (MQ=255) ggggATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTg < 1:2856304/71‑1 (MQ=255) gggATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa < 1:2692445/39‑1 (MQ=255) gggATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa < 1:2629056/39‑1 (MQ=255) gggATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa < 1:1824228/39‑1 (MQ=255) gggATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAaga < 1:2620863/43‑1 (MQ=255) gggATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAaga < 1:1922834/43‑1 (MQ=255) gggATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGAtt < 1:2737048/65‑1 (MQ=255) gggATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTa < 1:2984455/67‑1 (MQ=255) gATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAgg > 1:230461/1‑43 (MQ=255) gATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCt < 1:964112/71‑1 (MQ=255) aTCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGaa < 1:4064090/53‑1 (MQ=255) aTCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAag < 1:3902325/39‑1 (MQ=255) tCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACt < 1:3039632/55‑1 (MQ=255) gtgtTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAgg < 1:1512326/39‑1 (MQ=255) gtgtTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTa < 1:173798/61‑1 (MQ=255) gttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTa > 1:2788337/1‑44 (MQ=255) ttgtCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAt > 1:1632562/1‑71 (MQ=255) ttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGAtt > 1:2346738/1‑56 (MQ=255) ttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTa < 1:2941564/66‑1 (MQ=255) ttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCa < 1:2496898/70‑1 (MQ=255) ttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAt > 1:3553068/1‑71 (MQ=255) ttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAt > 1:3507019/1‑71 (MQ=255) ttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAt < 1:2570930/71‑1 (MQ=255) ttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAt < 1:3165740/71‑1 (MQ=255) ttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAt > 1:1559836/1‑71 (MQ=255) ttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAt < 1:77103/71‑1 (MQ=255) gtCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAt > 1:864235/1‑69 (MQ=255) gtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTa > 1:2785815/1‑56 (MQ=255) tCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACt < 1:1957320/47‑1 (MQ=255) tCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGTCATtag < 1:1855696/71‑1 (MQ=255) tCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCa < 1:418702/67‑1 (MQ=255) tCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCa > 1:1409706/1‑67 (MQ=255) ccGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATtag > 1:1362553/1‑70 (MQ=255) cGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGa < 1:2487311/49‑1 (MQ=255) cGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATtagta < 1:3108478/71‑1 (MQ=255) cGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATtag > 1:2243199/1‑69 (MQ=255) cGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATtag > 1:2300126/1‑69 (MQ=255) | CCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTAGTA > minE/350267‑350406 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |