| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 469,790 | C→T | 50.0% | L108L (CTG→TTG) | sucC → | succinyl‑CoA synthetase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 469,790 | 0 | C | T | 50.0% | ‑2.5 / 110.6 | 74 | L108L (CTG→TTG) | sucC | succinyl‑CoA synthetase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/22); new base T (13/24); total (28/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.84e-01 | |||||||||||
TCAAACAGATGCCAATGGCCAACCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCGTGTGGTCTTTATGGCCTCCACCGAAGGC > minE/469720‑469855 | tCAAACAGATGCCAATGGCCAACCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGc < 1:966768/71‑1 (MQ=255) aaaCAGATGCCAATGGCCAACCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGCTg > 1:1050570/1‑71 (MQ=255) aaCAGATGCCAATGGCCAACCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGTTGt < 1:700606/71‑1 (MQ=255) aaCAGATGCCAATGGCCAACCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAACAGCTGt < 1:943/71‑1 (MQ=255) aCAGATGCCAATGGCCAACCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGTTGTa > 1:1197082/1‑71 (MQ=255) aCAGATGCCAATGGCCAACCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGCTGt > 1:2526905/1‑70 (MQ=255) aGATGCCAATGGCCAACCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGCTGTAtc < 1:711804/71‑1 (MQ=255) gATGCCAATGGCCAACCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGTTGTAtct < 1:3319884/71‑1 (MQ=255) aTGCCAATGGCCAACCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGTTGTAtctc < 1:55126/71‑1 (MQ=255) cAATGGCCAACCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGTTGTATCTCGGTg > 1:3660119/1‑71 (MQ=255) aaTGGCCAACCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGTTGTATCTCg > 1:2537906/1‑67 (MQ=255) aaTGGCCAACCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGTTGTATCTCGGTGc < 1:3710572/71‑1 (MQ=255) tGGCCAACCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCAATATCGCTAAAGAGTTGTATCTCGGTg < 1:3994301/68‑1 (MQ=255) gCCAACCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCgtt > 1:690894/1‑71 (MQ=255) aaCCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGTTGTATCTCGGTGCCgttgtt < 1:4125506/71‑1 (MQ=255) aaCCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGTTGTATCTCGGTGCCgttgtt < 1:1816715/71‑1 (MQ=255) aaCCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGCTGTa > 1:688239/1‑55 (MQ=255) aaCCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGCTGTa > 1:3593059/1‑55 (MQ=255) aaCCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGCTGTa > 1:693215/1‑55 (MQ=255) aaCCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCgttgtt < 1:626605/71‑1 (MQ=255) aaCCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCgttgtt > 1:1543704/1‑71 (MQ=255) cGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGTTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGAc < 1:329323/71‑1 (MQ=255) gTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGTTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCg < 1:223289/71‑1 (MQ=255) gTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCg > 1:2611109/1‑71 (MQ=255) ttAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGTTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGt < 1:1274925/71‑1 (MQ=255) ttAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGTTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGt < 1:715754/71‑1 (MQ=255) ttAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCgttgtt < 1:2687144/65‑1 (MQ=255) ttAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGt < 1:1939600/71‑1 (MQ=255) aCCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGTTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGt < 1:857399/68‑1 (MQ=255) ccAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGTTg < 1:1331566/43‑1 (MQ=255) cAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGTTg < 1:2091387/42‑1 (MQ=255) gATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGTTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTccc > 1:1348983/1‑71 (MQ=255) cTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCcgtc < 1:2121167/70‑1 (MQ=255) tGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCgttgt > 1:1693570/1‑52 (MQ=255) tGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGt < 1:869892/59‑1 (MQ=255) gTTGAAGCAGCGCCCGATATCGCTAAAGAGTTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCcgtcgt > 1:229287/1‑69 (MQ=255) gTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGTTGTATCTCGGTGCCgttgt > 1:3605573/1‑50 (MQ=255) gTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGTTGTATCTCGGTGCCgttgt > 1:586352/1‑50 (MQ=255) gTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGTTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCgtg < 1:2711448/70‑1 (MQ=255) ttGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGTTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCGtgtg < 1:1970562/71‑1 (MQ=255) ggagcagcGACCGATATCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGttgttg > 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atatCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCg < 1:2612090/40‑1 (MQ=255) ctCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGt < 1:2599955/38‑1 (MQ=255) atCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCGtgtg > 1:560715/1‑54 (MQ=255) atCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCGTGTGGTCTTTATGGCCTcccc > 1:2718585/1‑69 (MQ=255) tCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCcgtcg < 1:2100775/49‑1 (MQ=255) tCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCcgtcg < 1:2518824/49‑1 (MQ=255) tCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCGTGTGGTCtt < 1:1099480/58‑1 (MQ=255) tCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCGTGTGGTCtt < 1:1613768/58‑1 (MQ=255) tCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCGTGTGGTCtt < 1:1956866/58‑1 (MQ=255) tCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCGTGTGGTCTTTa < 1:587211/60‑1 (MQ=255) gCTAAAGAGTTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTa > 1:2984613/1‑37 (MQ=255) gCTAAAGAGTTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCGTGTGGTCTTTATg < 1:2983230/60‑1 (MQ=255) gCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCGTGTGGTCtt < 1:822299/56‑1 (MQ=255) gCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCGTGTGGTCtt < 1:1625269/56‑1 (MQ=255) gCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCGTGTGGTCTTTATGGCCTCCa < 1:2236043/67‑1 (MQ=255) gCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCGTGTGGTCTTTATGGCCTCCa < 1:4001454/67‑1 (MQ=255) gCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCGTGTGGTCTTTATGGCCTCCa < 1:1194377/67‑1 (MQ=255) gCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCGTGTGGTCTTTATGGCCTCCACCg < 1:4039014/70‑1 (MQ=255) tAAAGAGTTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCgtgt < 1:1841447/48‑1 (MQ=255) aaaGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCGTGTGGTCTTTATGGCCTCCACCGAAgg > 1:44478/1‑71 (MQ=255) aaGAGTTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCGTGTGGTCTTTATGGCCTCCACCGAAggc > 1:3945474/1‑71 (MQ=255) gagTTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACGGTAGTTcc > 1:3377987/1‑36 (MQ=37) agCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCGTGTgg > 1:2200786/1‑45 (MQ=255) cTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCGTGTGGTCtt < 1:3476897/47‑1 (MQ=255) cTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCGTGTGGTCtt < 1:481254/47‑1 (MQ=255) cTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTACCGTCGtgtg > 1:2736680/1‑42 (MQ=255) | TCAAACAGATGCCAATGGCCAACCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCGTGTGGTCTTTATGGCCTCCACCGAAGGC > minE/469720‑469855 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |