| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 509,855 | G→C | 13.8% | intergenic (+80/‑103) | ybhI → / → ybhJ | predicted transporter/predicted hydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 509,855 | 0 | G | C | 13.8% | 166.6 / 15.2 | 65 | intergenic (+80/‑103) | ybhI/ybhJ | predicted transporter/predicted hydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/30); new base C (5/4); total (31/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTGCGC > minE/509799‑509925 | gCATGTACTGCGACTGCGTTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCtt < 1:1531962/70‑1 (MQ=11) cATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTg < 1:3442222/70‑1 (MQ=35) tgtaCTGCGACTGCGTTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCg > 1:3799583/1‑71 (MQ=11) tgctgcGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGc < 1:924492/70‑1 (MQ=35) tgctgcGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGc > 1:590296/1‑70 (MQ=35) ctgcgtctgcgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCtt > 1:2569819/1‑71 (MQ=34) tgcgactgcgtTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCg < 1:2931044/59‑1 (MQ=11) gcgactgcgtTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGt > 1:3854158/1‑63 (MQ=11) cgtctgcgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTcc < 1:2220993/70‑1 (MQ=35) gtctgcgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTg > 1:2208277/1‑71 (MQ=34) tctgcgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGc < 1:2744968/71‑1 (MQ=34) actgcgtTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGc < 1:1384139/70‑1 (MQ=255) gcgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCaa > 1:3056655/1‑70 (MQ=35) cgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCaa > 1:796985/1‑69 (MQ=35) cgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCaa < 1:253782/69‑1 (MQ=35) cgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAAc < 1:513398/70‑1 (MQ=35) cgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACt > 1:1684521/1‑71 (MQ=34) tCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGCTTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCg > 1:4031425/1‑70 (MQ=25) gCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGaa < 1:2833512/70‑1 (MQ=35) gCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAat < 1:641259/71‑1 (MQ=34) cTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAatt < 1:3788106/71‑1 (MQ=34) cACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTc > 1:1989889/1‑55 (MQ=35) cACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTc > 1:1179530/1‑55 (MQ=35) aCCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:3307697/71‑1 (MQ=34) aCCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAatta < 1:3520965/69‑1 (MQ=35) ccAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt > 1:3111242/1‑68 (MQ=35) cAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTa > 1:1465952/1‑69 (MQ=35) cAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTa > 1:788130/1‑69 (MQ=35) cAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTAttt > 1:2610075/1‑68 (MQ=255) aGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTagag < 1:442306/71‑1 (MQ=34) aGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTagag < 1:2177567/71‑1 (MQ=34) aGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTagag < 1:1229527/71‑1 (MQ=34) gTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTagag > 1:2610658/1‑70 (MQ=35) gTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGt < 1:315337/71‑1 (MQ=34) tCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:226678/64‑1 (MQ=35) tCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAatt < 1:409686/61‑1 (MQ=35) tCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGta > 1:2640263/1‑71 (MQ=34) tCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGta < 1:1138265/71‑1 (MQ=21) acttacttATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGaaa > 1:1338724/1‑51 (MQ=255) acttacttATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGtata > 1:3197304/1‑71 (MQ=35) acttacttATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGtata > 1:3822150/1‑71 (MQ=35) acttacttATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGtata < 1:273992/71‑1 (MQ=35) acttacttATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGtat < 1:3340259/70‑1 (MQ=35) acttacttATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGtat < 1:1270397/70‑1 (MQ=35) cttacttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTatat < 1:2635314/71‑1 (MQ=38) ttacttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGt < 1:3176705/66‑1 (MQ=35) tacttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:357320/59‑1 (MQ=35) tacttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATc > 1:796939/1‑70 (MQ=40) acttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAatt > 1:1606673/1‑55 (MQ=35) acttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTa > 1:892531/1‑60 (MQ=35) acttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCa > 1:3126879/1‑71 (MQ=255) acttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATACa > 1:1031418/1‑71 (MQ=255) acttaTGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGc > 1:3543946/1‑37 (MQ=255) cttaTGTAAGCTCCTGGGGATTTACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCa < 1:2731381/70‑1 (MQ=255) cttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGc < 1:2162036/44‑1 (MQ=38) aTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTg > 1:4075907/1‑40 (MQ=40) aTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTACTGCAACTCGAATTATTTAGAGt > 1:1045691/1‑60 (MQ=255) gTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATttat > 1:2828651/1‑70 (MQ=255) tAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTAttt < 1:1767031/52‑1 (MQ=35) tAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTagag < 1:1975155/56‑1 (MQ=35) gCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCt > 1:3880239/1‑71 (MQ=255) cTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTAttt < 1:3008701/45‑1 (MQ=38) cTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATttatta < 1:2979150/64‑1 (MQ=255) cTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGaa > 1:1351597/1‑39 (MQ=255) tGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTAttt < 1:842701/44‑1 (MQ=38) ggggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGa < 1:4140035/36‑1 (MQ=40) ggggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTa > 1:2167360/1‑44 (MQ=38) ggggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGt < 1:3386738/48‑1 (MQ=38) ggggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTgc > 1:628986/1‑71 (MQ=255) ggggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTgc > 1:1992540/1‑71 (MQ=255) ggggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTg > 1:2074083/1‑70 (MQ=255) gggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTgcg > 1:156254/1‑71 (MQ=255) gggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTgcg < 1:3586837/71‑1 (MQ=255) ggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTgcgc < 1:1476983/71‑1 (MQ=255) | GCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTGCGC > minE/509799‑509925 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |