| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 757,423 | C→T | 59.3% | A283A (GCC→GCT) | lolE → | outer membrane‑specific lipoprotein transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 757,423 | 0 | C | T | 59.3% | 46.8 / 104.3 | 86 | A283A (GCC→GCT) | lolE | outer membrane‑specific lipoprotein transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/17); new base T (32/19); total (50/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.66e-01 | |||||||||||
ATATGTATCGCGATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAG > minE/757353‑757484 | atatGTATCGCGATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGcc > 1:1622696/1‑71 (MQ=255) atGTATCGCGATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTg > 1:870828/1‑71 (MQ=255) tATCGCGATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGt < 1:1197076/69‑1 (MQ=255) tCGCGATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTc > 1:1102613/1‑70 (MQ=255) tCGCGATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTc < 1:2623382/70‑1 (MQ=255) tCGCGATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTc < 1:671055/70‑1 (MQ=255) gcgATATCCAAATGATCCGCTCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCaa > 1:3184286/1‑70 (MQ=255) gcgATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTaaa > 1:3005581/1‑70 (MQ=255) tatCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCg > 1:2951702/1‑71 (MQ=255) tCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGGGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTg < 1:2883258/58‑1 (MQ=255) tCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTc < 1:3652975/62‑1 (MQ=255) tCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGtc > 1:674515/1‑71 (MQ=255) tCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGt < 1:2084696/70‑1 (MQ=255) ccAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGtct > 1:3605656/1‑71 (MQ=255) cAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTc < 1:3286837/60‑1 (MQ=255) cAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGtctc > 1:2230895/1‑71 (MQ=255) aaTGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATc > 1:2974410/1‑64 (MQ=255) aaTGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCa < 1:3470605/71‑1 (MQ=255) tGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCAcc > 1:3485795/1‑71 (MQ=255) tGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCAcc > 1:1151627/1‑71 (MQ=255) gATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTc < 1:2417380/55‑1 (MQ=255) gATCCGAGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCt > 1:539674/1‑71 (MQ=255) aTCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCt > 1:1565235/1‑70 (MQ=255) aTCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCt > 1:2452517/1‑70 (MQ=255) aTCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCt > 1:657668/1‑70 (MQ=255) aTCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCtt < 1:3363011/71‑1 (MQ=255) tCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGt > 1:3559141/1‑61 (MQ=255) cgcgCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATc < 1:3431360/57‑1 (MQ=255) gcgcCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTg < 1:2169912/71‑1 (MQ=255) cgcCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGt > 1:842668/1‑57 (MQ=255) cgcCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGt > 1:1456639/1‑57 (MQ=255) cgcCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGa > 1:2067035/1‑71 (MQ=255) cgcCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTg > 1:757431/1‑70 (MQ=255) cgcCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGa > 1:1027862/1‑71 (MQ=255) ccATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATg > 1:1731519/1‑71 (MQ=255) aTTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGc < 1:3242370/71‑1 (MQ=255) ttATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGtct < 1:1064746/54‑1 (MQ=255) ttATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGtct < 1:2045719/54‑1 (MQ=255) ttATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCg > 1:3007642/1‑71 (MQ=255) tATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCgg > 1:1782739/1‑71 (MQ=255) aTGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCg > 1:3759813/1‑49 (MQ=255) aTGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCg > 1:2437600/1‑49 (MQ=255) aTGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCg > 1:2154250/1‑49 (MQ=255) aTGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAg > 1:3550907/1‑61 (MQ=255) tGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGtc < 1:3756598/50‑1 (MQ=255) tATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGa < 1:2675602/70‑1 (MQ=255) tATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGa < 1:569698/70‑1 (MQ=255) tCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGaaa < 1:3644390/70‑1 (MQ=255) cTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGaa > 1:3127782/1‑68 (MQ=255) gCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGGCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACaa < 1:763899/71‑1 (MQ=255) gCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGtct > 1:4136744/1‑43 (MQ=255) gCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGAc > 1:2269417/1‑69 (MQ=255) gCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGAc > 1:515163/1‑69 (MQ=255) gCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACaa < 1:3798027/71‑1 (MQ=255) gATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACaa > 1:710147/1‑69 (MQ=255) gATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACa > 1:465904/1‑68 (MQ=255) gATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTA‑‑GATGGCGGTGAAAGACAAGAGt > 1:2725324/1‑71 (MQ=255) gATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGaaa > 1:3706954/1‑64 (MQ=255) tACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGc < 1:457985/71‑1 (MQ=255) tACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGc < 1:306184/71‑1 (MQ=255) aCTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGc > 1:277213/1‑70 (MQ=255) cTGGTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGaaa > 1:27579/1‑57 (MQ=255) cTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCg < 1:3355483/70‑1 (MQ=255) cTGGTGATTGGAGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGaaa > 1:1037899/1‑57 (MQ=255) cTGGTGATTGGAGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGaaa > 1:1042827/1‑57 (MQ=255) tGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGt < 1:146449/43‑1 (MQ=255) tGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGt < 1:4060523/43‑1 (MQ=255) tGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACAag < 1:3805638/62‑1 (MQ=255) tGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACAAGAGTg < 1:3972662/66‑1 (MQ=255) tGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACAAGAGTg < 1:2888480/66‑1 (MQ=255) ggTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGa > 1:43742/1‑44 (MQ=255) ggTGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGa > 1:961123/1‑44 (MQ=255) ggTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGata > 1:1019021/1‑71 (MQ=255) ggTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGata > 1:3348607/1‑71 (MQ=255) gTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGt < 1:2378670/41‑1 (MQ=255) gTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGaaa > 1:4046493/1‑54 (MQ=255) tGATTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGat < 1:1982284/68‑1 (MQ=255) aTTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACAag < 1:2299942/57‑1 (MQ=255) aTTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACAag < 1:1815155/57‑1 (MQ=255) aTTGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACAag < 1:3104560/57‑1 (MQ=255) ttGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGt > 1:1280630/1‑37 (MQ=255) tGGCGTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACAagag > 1:748847/1‑57 (MQ=255) tGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAg > 1:3071374/1‑71 (MQ=255) tGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATAGCAg > 1:2327663/1‑71 (MQ=255) gTGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGaaa > 1:978395/1‑45 (MQ=255) tGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACAag < 1:3928017/50‑1 (MQ=255) tGGCTTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACAag < 1:3023796/50‑1 (MQ=255) | ATATGTATCGCGATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAG > minE/757353‑757484 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |