| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 793,951 | G→A | 18.0% | A112V (GCG→GTG) | cvrA ← | predicted cation/proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 793,951 | 0 | G | A | 18.0% | 116.6 / 18.2 | 50 | A112V (GCG→GTG) | cvrA | predicted cation/proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/15); new base A (6/3); total (32/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
ATCGGTAGAGCCGACGATAGCGCCGATTAATAAGCCTTCAATCAAATCAAGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGTCGCCAGCGACAGTGCCGGTCCTAA > minE/793887‑794021 | aTCGGTAGAGCCGACGATAGCGCCGATTAATAAGCCTTCAATCAAATCAAGATTAAACAGCCACgccgcc > 1:1057780/1‑70 (MQ=255) tCGGTAGAGCCGACGATAGCGCCGATTAATAAGCCTTCAATCAAATCAAGATTAAACAGCCACACCGCcat < 1:2491134/71‑1 (MQ=255) ggTAGAGCCGACGATAGCGCCGATTAATAAGCCTTCAATCAAATCAAGATTAAACAGCCACGCCGCcatca > 1:379942/1‑71 (MQ=255) ggTAGAGCCGACGATAGCGCCGATTAATAAGCCTTCAATCAAATCAAGATTAAACAGCCACGCCGCcatca > 1:2240760/1‑71 (MQ=255) agagCCGACGATAGCGCCGATTAATAAGCCTTCAATCAAATCAAGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGc > 1:52282/1‑71 (MQ=255) gCCGACGATAGCGCCGATTAATAAGCCTTCAATCAAATCAAGATTAAACAGCCACACCGCCATCATGCCgg > 1:2047391/1‑71 (MQ=255) cgaTAGCGCCGATTAATAAGCCTTCAATCAAATCAAGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTaaa > 1:2105720/1‑71 (MQ=255) cgaTAGCGCCGATTAATAAGCCTTCAATCAAATCAAGATTAAACAGCCACACCGCCATCATGCCGGTTaaa > 1:1758601/1‑71 (MQ=255) gaTAGCGCCGATTAATAAGCCTTCAATCAAATCAAGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAAc < 1:2645430/71‑1 (MQ=255) aGCGCCGATTAATAAGCCTTCAATCAAATCAAGATTAAACAGCCACGCCGCcatca > 1:2737581/1‑56 (MQ=255) gcgcCGATTAATAAGCCTTCAATCAAATCAAGATTAAACAGCCACACCGCCATCATGCCGGTTAAACCag < 1:3263460/70‑1 (MQ=255) ttAATAAGCCTTCAATCAAATCAAGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACAag < 1:1828653/63‑1 (MQ=255) taataaGCCTTCAATCAAATCAAGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTaaa > 1:2265748/1‑58 (MQ=255) taataaGCCTTCAATCAAATCAAGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCaga > 1:1262017/1‑63 (MQ=255) taataaGCCTTCAATCAAATCAAGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCa < 1:3026674/61‑1 (MQ=255) taataaGCCTTCAATCAAATCAAGATTAAACAGCCACACCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGAt > 1:3069535/1‑69 (MQ=255) aGCCTTCAATCAAATCAAGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCa > 1:2392288/1‑69 (MQ=255) cTTCAATCAAATCAAGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGcc > 1:3705736/1‑70 (MQ=255) tcaatcaaATCAAGATTAAACAGCCACGCCGCcatca > 1:2130970/1‑37 (MQ=255) caatcaaATCAAGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGc > 1:748538/1‑71 (MQ=255) tcaaatcaaGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCa > 1:393398/1‑60 (MQ=255) caaatcaaGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCag > 1:1545372/1‑47 (MQ=255) aaatcaaGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCagag > 1:3512989/1‑48 (MQ=255) aaatcaaGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAg < 1:4102984/56‑1 (MQ=255) aaatcaaGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGTCGc > 1:711704/1‑71 (MQ=255) atcaaGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGTc > 1:1853813/1‑67 (MQ=255) atcaaGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGTCGc > 1:1655905/1‑69 (MQ=255) atcaaGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGTCGc > 1:3039671/1‑69 (MQ=255) tcaaGATTAAACAGCCACACCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGTCGCCAg > 1:3785204/1‑71 (MQ=255) caaGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGa < 1:3608212/48‑1 (MQ=255) caaGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGTCGCCAg > 1:3451533/1‑70 (MQ=255) aaGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCaga > 1:1500370/1‑42 (MQ=255) aaGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCag < 1:1011590/41‑1 (MQ=255) aaGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCag < 1:106649/41‑1 (MQ=255) aGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGTCGCCAGCGa < 1:2867934/71‑1 (MQ=255) gATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGTCGCCAGCGAc < 1:2120725/71‑1 (MQ=255) aTTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGTCGCCAGCGa > 1:749989/1‑69 (MQ=255) aTTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGTCGCCAGCGACa < 1:1891392/71‑1 (MQ=255) ttAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCa < 1:1189260/36‑1 (MQ=255) ttAAACAGCCACACCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGTCGCCAGCGACAg > 1:1462262/1‑71 (MQ=255) tAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCag < 1:3276133/36‑1 (MQ=255) tAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGt < 1:3143158/40‑1 (MQ=255) tAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGTCGCCAGCGa > 1:3066066/1‑67 (MQ=255) aaCAGCCACACCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGTCGCCAGCGACAGTGc > 1:513931/1‑71 (MQ=255) aCAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGt > 1:700304/1‑55 (MQ=255) cAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGTCGCCAGCGACAGTGCCg > 1:855896/1‑71 (MQ=255) cAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGTCGCCAGCGACAGTGCCg > 1:815861/1‑71 (MQ=255) gCCACACCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGTCGCCAGCGa < 1:3608918/61‑1 (MQ=255) cACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGTCGCCAGCGACAGTGCCGGTcc < 1:4117082/71‑1 (MQ=255) cACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGTCGCCAGCGACAGTGCCGGTcc > 1:1835726/1‑71 (MQ=255) aCGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGTCGCCAGCGACAGTGCCGGTCCt < 1:3476802/71‑1 (MQ=255) cgccgcCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGTCGCCAGCGACAGTGCCGGTCCTa < 1:829063/71‑1 (MQ=255) gccgccATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGTCGCCAGCGACAGTGCCGGTCCTaa < 1:2441396/71‑1 (MQ=255) | ATCGGTAGAGCCGACGATAGCGCCGATTAATAAGCCTTCAATCAAATCAAGATTAAACAGCCACGCCGCCATCATGCCGGTTAAACCAGAGGTGATAAGCACGCCCAGCGTCGCCAGCGACAGTGCCGGTCCTAA > minE/793887‑794021 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |