| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 832,115 | A→G | 7.0% | P191P (CCA→CCG) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 832,115 | 0 | A | G | 7.0% | 161.6 / 3.9 | 57 | P191P (CCA→CCG) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/22); new base G (2/2); total (33/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
CTGATCGCCGCATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACT > minE/832047‑832181 | cTGATCGCCGCATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAAt > 1:676978/1‑71 (MQ=255) aTCGCCGCATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTcc > 1:3972932/1‑71 (MQ=255) gccgcATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGc < 1:3349131/71‑1 (MQ=255) ccgcATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCa < 1:3948961/71‑1 (MQ=255) tCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCaa > 1:1465581/1‑67 (MQ=255) tCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTc > 1:483044/1‑71 (MQ=255) cTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTc < 1:1805004/70‑1 (MQ=255) tAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGa > 1:2173058/1‑71 (MQ=255) tAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGa > 1:1755868/1‑71 (MQ=255) aCGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATg > 1:479996/1‑71 (MQ=255) cGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATgg < 1:2944115/71‑1 (MQ=255) tttACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGtt > 1:3686150/1‑71 (MQ=255) tACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGttt < 1:130029/70‑1 (MQ=255) cacCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCgg > 1:636605/1‑53 (MQ=255) cacCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATg > 1:2676481/1‑58 (MQ=255) cacCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCt < 1:640374/70‑1 (MQ=255) cacCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCt < 1:1578860/70‑1 (MQ=255) ccATCAAAACCTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTAc < 1:1314850/71‑1 (MQ=255) aTCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGc < 1:1493212/71‑1 (MQ=255) tCAAAACCTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGt < 1:2299396/61‑1 (MQ=255) cAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCAt > 1:1310227/1‑71 (MQ=255) aaaaaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCaa > 1:3475153/1‑49 (MQ=255) aaaaaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATc > 1:694688/1‑71 (MQ=255) aaaaaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATc > 1:1724244/1‑71 (MQ=255) aaaaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGc < 1:3257603/46‑1 (MQ=255) aaaaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCg < 1:2911752/71‑1 (MQ=255) aaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCa > 1:2944416/1‑36 (MQ=255) aaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCg > 1:4105704/1‑42 (MQ=255) aaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCg > 1:689351/1‑42 (MQ=255) aCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATgg > 1:4104735/1‑54 (MQ=255) cTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTg < 1:1575124/71‑1 (MQ=255) gCCCGTACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGc > 1:2774026/1‑71 (MQ=255) cccGGACCGTGTTGCTGGTTTC‑CCCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGt > 1:1361467/1‑63 (MQ=255) cGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAt > 1:221494/1‑71 (MQ=255) aCCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtctc < 1:537180/71‑1 (MQ=255) aCCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtct > 1:1812175/1‑70 (MQ=255) ccGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtctct > 1:2979674/1‑71 (MQ=255) cGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACg < 1:2179863/49‑1 (MQ=255) tgtTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGa > 1:969154/1‑35 (MQ=255) tgtTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGc > 1:3946193/1‑71 (MQ=255) gtTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGtt < 1:4013773/39‑1 (MQ=255) gtTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGtt < 1:84032/39‑1 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTa > 1:1173899/1‑43 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCt > 1:459835/1‑70 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCt > 1:3406514/1‑70 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCt < 1:1586102/70‑1 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCt > 1:3746947/1‑70 (MQ=255) tGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCt < 1:2733639/66‑1 (MQ=255) ggTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCt < 1:2113566/36‑1 (MQ=255) gTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCt < 1:1784274/54‑1 (MQ=255) tttCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACTCTATCTCTCGCTGATTGGCg < 1:4012040/71‑1 (MQ=255) ttCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTa > 1:577285/1‑35 (MQ=255) tctcGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCgg > 1:1282069/1‑70 (MQ=255) gCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTgct > 1:1212902/1‑58 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGa > 1:570453/1‑59 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGa > 1:590717/1‑59 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTa < 1:3483918/68‑1 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACt < 1:471673/70‑1 (MQ=255) | CTGATCGCCGCATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACT > minE/832047‑832181 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |