| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 832,148 | G→C | 6.1% | S202S (TCG→TCC) ‡ | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 832,148 | 0 | G | C | 6.1% | 202.7 / 2.9 | 65 | S202S (TCG→TCC) ‡ | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/34); new base C (2/2); total (29/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.79e-01 | |||||||||||
AAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTC > minE/832078‑832218 | aaaaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCg < 1:2911752/71‑1 (MQ=255) cTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTg < 1:1575124/71‑1 (MQ=255) gCCCGTACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGc > 1:2774026/1‑71 (MQ=255) cccGGACCGTGTTGCTGGTTTC‑CCCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGt > 1:1361467/1‑63 (MQ=255) cGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAt > 1:221494/1‑71 (MQ=255) aCCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtctc < 1:537180/71‑1 (MQ=255) aCCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtct > 1:1812175/1‑70 (MQ=255) ccGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtctct > 1:2979674/1‑71 (MQ=255) tgtTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGc > 1:3946193/1‑71 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCt > 1:3746947/1‑70 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCt < 1:1586102/70‑1 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCt > 1:459835/1‑70 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCt > 1:3406514/1‑70 (MQ=255) tGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCt < 1:2733639/66‑1 (MQ=255) gTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCt < 1:1784274/54‑1 (MQ=255) tttCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACTCTATCTCTCGCTGATTGGCg < 1:4012040/71‑1 (MQ=255) tctcGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCgg > 1:1282069/1‑70 (MQ=255) gCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTgct > 1:1212902/1‑58 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGa > 1:590717/1‑59 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGa > 1:570453/1‑59 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTa < 1:3483918/68‑1 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACt < 1:471673/70‑1 (MQ=255) aTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt < 1:3176962/71‑1 (MQ=255) ttCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTg < 1:4108291/36‑1 (MQ=255) ttCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCt < 1:1805796/52‑1 (MQ=255) tCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCgg > 1:3544688/1‑60 (MQ=255) ccGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTaa < 1:407164/70‑1 (MQ=255) ccGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTaa < 1:1000774/70‑1 (MQ=255) ccGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTaa < 1:4095222/70‑1 (MQ=255) ccGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTaa < 1:1498431/70‑1 (MQ=255) ggCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTTCACGCt < 1:3525044/38‑1 (MQ=255) cAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTa > 1:3461843/1‑57 (MQ=255) cAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTc < 1:3395428/71‑1 (MQ=255) aaTGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCt < 1:1805607/71‑1 (MQ=255) aTGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCt < 1:3450453/44‑1 (MQ=255) tGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTAc < 1:2054079/71‑1 (MQ=255) tGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTAc < 1:1677780/71‑1 (MQ=255) tGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTAc < 1:1468191/71‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtct < 1:1254508/36‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCgg > 1:269240/1‑51 (MQ=255) tCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTaa < 1:1209788/61‑1 (MQ=255) tCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGa > 1:1810687/1‑71 (MQ=255) tCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGa > 1:2714946/1‑71 (MQ=255) tCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACATGCTTAAGCTTCTACGa > 1:2844402/1‑71 (MQ=255) cGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTTCTTGGCGGCACCTGTTTAAGTTTc < 1:1857182/65‑1 (MQ=255) cGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGAc > 1:1667866/1‑71 (MQ=255) tGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTgg > 1:1195525/1‑71 (MQ=255) ggTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTAAGTTTc < 1:1603052/61‑1 (MQ=255) ggTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCgg > 1:540171/1‑45 (MQ=255) gTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTg < 1:3454078/36‑1 (MQ=255) gTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTg < 1:2334187/36‑1 (MQ=255) gTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTa > 1:3624862/1‑71 (MQ=255) tttCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTAc > 1:3111587/1‑71 (MQ=255) ttCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGa > 1:108775/1‑35 (MQ=255) ttCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCgg > 1:1441310/1‑42 (MQ=255) tCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACt > 1:2482458/1‑70 (MQ=255) tCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTg > 1:2111103/1‑71 (MQ=255) cTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTg > 1:1470241/1‑46 (MQ=255) cTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTg < 1:93326/70‑1 (MQ=255) gCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTAc < 1:2627211/54‑1 (MQ=255) gCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACtt < 1:3078385/71‑1 (MQ=255) gCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACtt < 1:185304/71‑1 (MQ=255) aTCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGc < 1:526869/71‑1 (MQ=255) aTCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGc < 1:12984/71‑1 (MQ=255) tCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTgg < 1:3933207/57‑1 (MQ=255) tCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcc < 1:1493655/71‑1 (MQ=255) gggTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCt < 1:1145119/44‑1 (MQ=255) gggTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcctc < 1:3756295/71‑1 (MQ=255) gggTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcctc > 1:1206582/1‑71 (MQ=255) | AAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTC > minE/832078‑832218 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |