| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 833,168 | T→C | 12.3% | G542G (GGT→GGC) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 833,168 | 0 | T | C | 12.3% | 149.6 / 11.2 | 57 | G542G (GGT→GGC) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/20); new base C (3/4); total (33/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATTCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTC > minE/833099‑833234 | tattCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTg > 1:1451057/1‑71 (MQ=255) ttCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGc > 1:1362712/1‑70 (MQ=255) ttCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGc < 1:232745/70‑1 (MQ=255) ccATCGCCCGTGAATTTGCCGATACCGCCCATAAAACGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCaggt < 1:2457639/70‑2 (MQ=255) gCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGaa > 1:4020747/1‑71 (MQ=255) gCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGaa > 1:4025038/1‑71 (MQ=255) aaTTTGCCGATACCGCCCATAAAACGCATGGGCGCTCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTgg > 1:2400404/1‑71 (MQ=255) aaTTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACTGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCTGGGCTGAACCACTgg < 1:2529984/71‑1 (MQ=255) tttGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGt > 1:533650/1‑70 (MQ=255) tttGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTa < 1:4128758/71‑1 (MQ=255) tGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCg > 1:1586546/1‑52 (MQ=255) ccGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCAc > 1:3109312/1‑71 (MQ=255) cGATAACGCTGATATAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGt < 1:1647403/46‑1 (MQ=255) cGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGt < 1:1147417/46‑1 (MQ=255) aTAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGc > 1:2471808/1‑46 (MQ=255) aTAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTc < 1:325252/71‑1 (MQ=255) cTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATg < 1:3213866/71‑1 (MQ=255) tAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAAc > 1:30764/1‑70 (MQ=255) aaaaCGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTa > 1:4029251/1‑71 (MQ=255) aaaCGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGaa > 1:418991/1‑67 (MQ=255) aaaCGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCCGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGata > 1:711676/1‑63 (MQ=255) aaCGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATc < 1:1195329/71‑1 (MQ=255) aCGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCa > 1:4017881/1‑44 (MQ=255) aCGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACt > 1:2229296/1‑46 (MQ=255) aCGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCg > 1:2684304/1‑71 (MQ=255) gCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTc < 1:2365217/55‑1 (MQ=255) cACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTgg < 1:1031779/71‑1 (MQ=255) cGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTc > 1:3584905/1‑71 (MQ=255) ggTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGa < 1:2747546/53‑1 (MQ=255) gTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGa < 1:3022604/52‑1 (MQ=255) gTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTg < 1:1479669/71‑1 (MQ=255) cGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGAt > 1:3966255/1‑71 (MQ=255) gctCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATc < 1:1547010/69‑1 (MQ=255) gTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGTTATCACCTCGa < 1:2060640/49‑1 (MQ=255) ctCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCa < 1:3507793/70‑1 (MQ=255) cGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCaa > 1:743291/1‑70 (MQ=255) cGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCaa < 1:838513/70‑1 (MQ=255) cGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCaa > 1:1957518/1‑70 (MQ=255) cGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTa > 1:1993408/1‑55 (MQ=255) agatgatTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTa > 1:2614957/2‑37 (MQ=255) gatgatTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCaa < 1:3581984/69‑1 (MQ=255) gatTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCAATATGc > 1:957155/1‑71 (MQ=255) ttATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGaa > 1:1225912/1‑46 (MQ=255) ttATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGa > 1:4110667/1‑60 (MQ=255) tATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATc > 1:3151537/1‑50 (MQ=255) aTCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTc > 1:3046272/1‑55 (MQ=255) aTCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGAt > 1:2868683/1‑71 (MQ=255) gtcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTgg < 1:2633458/50‑1 (MQ=255) gtcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGt < 1:3842512/51‑1 (MQ=255) tcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTg < 1:2505111/48‑1 (MQ=255) tcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTg < 1:1881647/48‑1 (MQ=255) tcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTg < 1:1120413/48‑1 (MQ=255) tcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGt < 1:382336/50‑1 (MQ=255) tcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGt < 1:3373450/50‑1 (MQ=255) tcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTc > 1:3716220/1‑71 (MQ=255) cgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTc > 1:598088/1‑50 (MQ=255) cgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCt > 1:2940499/1‑51 (MQ=255) ggTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGt > 1:2095725/1‑48 (MQ=255) ggTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCt > 1:103783/1‑50 (MQ=255) | TATTCGCATCGCCCGTGAATTTGCCGATAACGCTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTC > minE/833099‑833234 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |