| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 833,198 | T→C | 12.5% | D552D (GAT→GAC) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 833,198 | 0 | T | C | 12.5% | 169.1 / 15.2 | 64 | D552D (GAT→GAC) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/28); new base C (3/5); total (31/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.04e-01 | |||||||||||
CTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCTGGG > minE/833131‑833268 | cTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATg < 1:3213866/71‑1 (MQ=255) tAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAAc > 1:30764/1‑70 (MQ=255) aaaaCGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTa > 1:4029251/1‑71 (MQ=255) aaaCGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGaa > 1:418991/1‑67 (MQ=255) aaaCGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCCGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGata > 1:711676/1‑63 (MQ=255) aaCGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATc < 1:1195329/71‑1 (MQ=255) aCGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCg > 1:2684304/1‑71 (MQ=255) cACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTgg < 1:1031779/71‑1 (MQ=255) cGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTc > 1:3584905/1‑71 (MQ=255) gTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTg < 1:1479669/71‑1 (MQ=255) cGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGAt > 1:3966255/1‑71 (MQ=255) gctCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATc < 1:1547010/69‑1 (MQ=255) ctCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCa < 1:3507793/70‑1 (MQ=255) cGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCaa > 1:1957518/1‑70 (MQ=255) cGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCaa > 1:743291/1‑70 (MQ=255) cGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCaa < 1:838513/70‑1 (MQ=255) cGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTa > 1:1993408/1‑55 (MQ=255) gatgatTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCaa < 1:3581984/69‑1 (MQ=255) gatTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCAATATGc > 1:957155/1‑71 (MQ=255) ttATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGaa > 1:1225912/1‑46 (MQ=255) ttATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGa > 1:4110667/1‑60 (MQ=255) tATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATc > 1:3151537/1‑50 (MQ=255) aTCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTc > 1:3046272/1‑55 (MQ=255) aTCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGAt > 1:2868683/1‑71 (MQ=255) gtcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTgg < 1:2633458/50‑1 (MQ=255) gtcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGt < 1:3842512/51‑1 (MQ=255) tcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTg < 1:1881647/48‑1 (MQ=255) tcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTg < 1:2505111/48‑1 (MQ=255) tcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTg < 1:1120413/48‑1 (MQ=255) tcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGt < 1:382336/50‑1 (MQ=255) tcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGt < 1:3373450/50‑1 (MQ=255) tcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTc > 1:3716220/1‑71 (MQ=255) cgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTc > 1:598088/1‑50 (MQ=255) cgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCt > 1:2940499/1‑51 (MQ=255) ggTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGt > 1:2095725/1‑48 (MQ=255) ggTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCt > 1:103783/1‑50 (MQ=255) gCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCaa < 1:2675433/53‑1 (MQ=255) gCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCg > 1:3018486/1‑70 (MQ=255) cGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTg < 1:1163247/47‑1 (MQ=255) cGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTg < 1:4102981/47‑1 (MQ=255) gCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTggg < 1:3460443/40‑2 (MQ=255) gCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGt < 1:539666/40‑1 (MQ=255) ttaaCCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCAATATGCTGATCTTCTg < 1:2124134/59‑1 (MQ=255) taaCCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATc < 1:750418/42‑1 (MQ=255) aaCCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGt < 1:4112180/36‑1 (MQ=255) aaCCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCt > 1:3871801/1‑38 (MQ=255) aaCCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCt < 1:2514496/64‑1 (MQ=255) aaCCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCaata > 1:2231859/1‑44 (MQ=12) aCCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGt < 1:860394/71‑1 (MQ=255) cTGGTATCACCTCGATTTGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTc < 1:1862111/68‑1 (MQ=255) cTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCaga < 1:945602/71‑1 (MQ=255) tGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCa < 1:648578/37‑1 (MQ=255) tGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCa < 1:977748/37‑1 (MQ=255) tGGTATCACCTAGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCagag > 1:4014660/1‑71 (MQ=255) gTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGAtttt > 1:2034287/1‑48 (MQ=255) gTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCagag < 1:3434237/69‑1 (MQ=255) gTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCg < 1:509547/71‑1 (MQ=255) gTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTATGATCAACATGCTGAtttt > 1:2822667/1‑48 (MQ=255) tATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCaa < 1:3568320/35‑1 (MQ=255) aCCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTgtgt > 1:1628008/1‑55 (MQ=255) aCCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGggc < 1:315065/71‑1 (MQ=255) aCCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGggc > 1:684835/1‑71 (MQ=255) cTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTc > 1:1870835/1‑42 (MQ=255) cTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGggcgg > 1:4045942/1‑71 (MQ=255) cGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCt > 1:3053443/1‑71 (MQ=255) tatGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCg < 1:348373/59‑1 (MQ=255) tatGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCTggg > 1:3839502/1‑71 (MQ=255) | CTGATAAAACGCACGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCTGGG > minE/833131‑833268 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |