| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 833,213 | T→G | 11.3% | G557G (GGT→GGG) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 833,213 | 0 | T | G | 11.3% | 132.7 / 17.5 | 62 | G557G (GGT→GGG) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/27); new base G (2/5); total (30/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
CGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCTGGGCGCACTATG > minE/833144‑833277 | cGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTc > 1:3584905/1‑71 (MQ=255) gTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTg < 1:1479669/71‑1 (MQ=255) cGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGAt > 1:3966255/1‑71 (MQ=255) gctCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATc < 1:1547010/69‑1 (MQ=255) ctCGATGATTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCa < 1:3507793/70‑1 (MQ=255) cGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCaa > 1:743291/1‑70 (MQ=255) cGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCaa < 1:838513/70‑1 (MQ=255) cGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCaa > 1:1957518/1‑70 (MQ=255) gatgatTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCaa < 1:3581984/69‑1 (MQ=255) gatTATCCTCGGCGCAGGTGTTAACCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCAATATGc > 1:957155/1‑71 (MQ=255) ttATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGa > 1:4110667/1‑60 (MQ=255) aTCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTc > 1:3046272/1‑55 (MQ=255) aTCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGAt > 1:2868683/1‑71 (MQ=255) gtcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGt < 1:3842512/51‑1 (MQ=255) tcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGt < 1:382336/50‑1 (MQ=255) tcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGt < 1:3373450/50‑1 (MQ=255) tcgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTc > 1:3716220/1‑71 (MQ=255) cgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTc > 1:598088/1‑50 (MQ=255) cgGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCt > 1:2940499/1‑51 (MQ=255) ggTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGt > 1:2095725/1‑48 (MQ=255) ggTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCt > 1:103783/1‑50 (MQ=255) gCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCaa < 1:2675433/53‑1 (MQ=255) gCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCg > 1:3018486/1‑70 (MQ=255) cGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTg < 1:1163247/47‑1 (MQ=255) cGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTg < 1:4102981/47‑1 (MQ=255) gCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGt < 1:539666/40‑1 (MQ=255) ttaaCCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCAATATGCTGATCTTCTg < 1:2124134/59‑1 (MQ=255) taaCCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATc < 1:750418/42‑1 (MQ=255) aaCCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGt < 1:4112180/36‑1 (MQ=255) aaCCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCt > 1:3871801/1‑38 (MQ=255) aaCCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCt < 1:2514496/64‑1 (MQ=255) aaCCACTGGTATCACATGGACATGAACTACCGCGGGATGATCaata > 1:2231859/1‑44 (MQ=12) aCCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGt < 1:860394/71‑1 (MQ=255) cTGGTATCACCTCGATTTGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTc < 1:1862111/68‑1 (MQ=255) cTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCaga < 1:945602/71‑1 (MQ=255) tGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCa < 1:648578/37‑1 (MQ=255) tGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCa < 1:977748/37‑1 (MQ=255) tGGTATCACCTAGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCagag > 1:4014660/1‑71 (MQ=255) gTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGAtttt > 1:2034287/1‑48 (MQ=255) gTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCagag < 1:3434237/69‑1 (MQ=255) gTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCg < 1:509547/71‑1 (MQ=255) gTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTATGATCAACATGCTGAtttt > 1:2822667/1‑48 (MQ=255) tATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCaa < 1:3568320/35‑1 (MQ=255) aCCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTgtgt > 1:1628008/1‑55 (MQ=255) aCCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGggc > 1:684835/1‑71 (MQ=255) aCCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGggc < 1:315065/71‑1 (MQ=255) cTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTc > 1:1870835/1‑42 (MQ=255) cTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGggcgg > 1:4045942/1‑71 (MQ=255) cGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCt > 1:3053443/1‑71 (MQ=255) tatGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCg < 1:348373/59‑1 (MQ=255) tatGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCTggg > 1:3839502/1‑71 (MQ=255) tGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCt < 1:980404/36‑1 (MQ=255) tGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCTGGgcg < 1:3991403/71‑1 (MQ=255) tGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCTGGgcg < 1:1466397/71‑1 (MQ=255) cTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCgg < 1:3909963/36‑1 (MQ=255) cTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGt < 1:3546475/46‑1 (MQ=255) cTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCag < 1:3397444/49‑1 (MQ=255) cTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCTg > 1:2107738/1‑63 (MQ=255) cTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCTGGGCGCAc > 1:2678059/1‑70 (MQ=255) tATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCTggg < 1:1948615/64‑1 (MQ=255) tCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCtgtg < 1:3384509/38‑1 (MQ=255) tCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCggg > 1:2073244/1‑52 (MQ=255) tCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCTGGGCGCACTATg < 1:2088908/71‑1 (MQ=255) tCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCTGGGCGCACTATg < 1:801615/71‑1 (MQ=255) tCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCTGGGCGCACTATg < 1:843544/71‑1 (MQ=255) tCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCTGGGCGCACTATg > 1:1648506/1‑71 (MQ=255) gTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCggg > 1:1695867/1‑50 (MQ=255) gTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCTGGGCGCACTATg > 1:1082347/1‑69 (MQ=255) | CGGTCGTTCGATGATTATCGTCGGTGCGGGGCTGAACCACTGGTATCACCTCGATATGAACTATCGTGGTCTGATCAACATGCTGATTTTCTGCGGCTGTGTCGGTCAGAGCGGGGGCGGCTGGGCGCACTATG > minE/833144‑833277 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |