| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 834,662 | T→G | 11.0% | S1040S (TCT→TCG) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 834,662 | 0 | T | G | 11.0% | 162.7 / 20.0 | 73 | S1040S (TCT→TCG) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/38); new base G (5/3); total (32/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
AGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTC > minE/834593‑834732 | aGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTg < 1:981661/71‑1 (MQ=255) gATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTgg < 1:3062528/71‑1 (MQ=255) gATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTgg < 1:2816892/71‑1 (MQ=255) gATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTgg < 1:2564465/71‑1 (MQ=255) gATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTgg < 1:147719/71‑1 (MQ=255) tGAACACGTTTCTTACAACCCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgtc > 1:3910468/1‑71 (MQ=255) aaCACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgtcgt < 1:3338650/71‑1 (MQ=255) aaCACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgtcgt > 1:1312727/1‑71 (MQ=255) tCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACt > 1:1033494/1‑71 (MQ=255) tCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACt > 1:1602219/1‑71 (MQ=255) tACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTgg < 1:37391/56‑1 (MQ=255) aCAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGt < 1:2808065/69‑1 (MQ=255) aCAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGt < 1:3511710/69‑1 (MQ=255) aCAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTa < 1:2108158/70‑1 (MQ=255) aCGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAg > 1:430498/1‑71 (MQ=255) aCGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAg > 1:2179343/1‑71 (MQ=255) aCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCaa > 1:172358/1‑62 (MQ=255) aCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCaa > 1:3689754/1‑62 (MQ=255) aCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAg < 1:3209890/71‑1 (MQ=255) cGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCaa < 1:1037343/58‑1 (MQ=255) cGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATc < 1:226872/71‑1 (MQ=255) gTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc < 1:454433/71‑1 (MQ=255) gTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc < 1:441215/71‑1 (MQ=255) ttACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAcc < 1:2115458/71‑1 (MQ=255) ttACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATAAGGATCAcc < 1:2147240/71‑1 (MQ=255) atACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCatc > 1:2216851/2‑69 (MQ=255) tACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCa > 1:2353341/1‑50 (MQ=255) tACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCa > 1:27537/1‑50 (MQ=255) tACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCa > 1:631924/1‑68 (MQ=255) tACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc > 1:4120813/1‑69 (MQ=255) tACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc > 1:786533/1‑69 (MQ=255) acacCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGa < 1:3736207/64‑1 (MQ=255) acacCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAg > 1:670615/1‑71 (MQ=255) acacCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAg > 1:272026/1‑71 (MQ=255) cacCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAgg < 1:504026/62‑1 (MQ=255) acCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGGAACTGTATCAGGATCACCAGTg < 1:1025442/71‑1 (MQ=255) acCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCa < 1:3904627/50‑1 (MQ=255) acCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTg < 1:3576880/71‑1 (MQ=255) acCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTg < 1:3505227/71‑1 (MQ=255) acCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTg > 1:3068521/1‑71 (MQ=255) ccAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTg < 1:3910876/70‑1 (MQ=255) aaCGTTGACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGa > 1:538444/1‑70 (MQ=255) aaCGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGAt > 1:1990523/1‑71 (MQ=255) cGTTCACGAGCTGATCCCATGGGGTACGCTCTCTGGTCGGCAGc < 1:3624101/44‑1 (MQ=255) ttCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTg < 1:1730817/64‑1 (MQ=255) ttCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCaa > 1:314352/1‑44 (MQ=255) ttCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCaa > 1:2833849/1‑44 (MQ=255) tCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTg < 1:3558390/63‑1 (MQ=255) tCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTa > 1:2609143/1‑48 (MQ=255) gAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCa < 1:1271156/56‑1 (MQ=255) aGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTc < 1:2607396/71‑1 (MQ=255) aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa < 1:2740569/71‑1 (MQ=255) tCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa > 1:664217/1‑70 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGt > 1:1653097/1‑58 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGt > 1:2933068/1‑58 (MQ=255) ccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGaaa < 1:115876/70‑1 (MQ=255) cATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGc > 1:3786913/1‑71 (MQ=255) aTGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTg < 1:3582098/48‑1 (MQ=255) aTGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGt < 1:2906819/55‑1 (MQ=255) aTGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGt < 1:760596/55‑1 (MQ=255) aTGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAtt > 1:621877/1‑59 (MQ=255) gCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctg < 1:3169164/70‑1 (MQ=255) gTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCg < 1:1333000/57‑1 (MQ=255) tACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAcc < 1:3442447/38‑1 (MQ=255) tACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGt < 1:624552/49‑1 (MQ=255) tACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgc < 1:296592/68‑1 (MQ=255) cGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGtt > 1:3431161/1‑71 (MQ=255) cGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGtt > 1:2927155/1‑71 (MQ=255) cGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGtt > 1:3038211/1‑71 (MQ=255) gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCtggtggct > 1:376794/1‑68 (MQ=255) gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGctt < 1:2395589/71‑1 (MQ=255) gCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGa > 1:2888102/1‑41 (MQ=255) gCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGttt < 1:1204715/71‑1 (MQ=255) ctctctGGTCGTCATCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGTTGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGtt > 1:3081832/1‑69 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTa > 1:3618344/1‑71 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTa < 1:171778/71‑1 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTa > 1:3258132/1‑71 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTa > 1:1420501/1‑71 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTCGttt > 1:1739815/1‑70 (MQ=255) tctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTg < 1:1971055/35‑1 (MQ=255) tctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAg < 1:1841674/56‑1 (MQ=255) tctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAg < 1:3556461/56‑1 (MQ=255) tctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTAt < 1:1090916/69‑1 (MQ=255) tctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTAt < 1:2968038/69‑1 (MQ=255) ctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGt > 1:1377955/1‑71 (MQ=255) tGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATc < 1:3732729/68‑1 (MQ=255) tGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCg < 1:1502069/69‑1 (MQ=255) tGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTc > 1:492068/1‑71 (MQ=255) | AGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTC > minE/834593‑834732 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |