| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 834,689 | C→T | 10.0% | H1049H (CAC→CAT) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 834,689 | 0 | C | T | 10.0% | 239.0 / 13.4 | 80 | H1049H (CAC→CAT) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/36); new base T (3/5); total (39/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01 | |||||||||||
GTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAG > minE/834619‑834759 | gTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc < 1:441215/71‑1 (MQ=255)gTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc < 1:454433/71‑1 (MQ=255) ttACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAcc < 1:2115458/71‑1 (MQ=255) ttACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATAAGGATCAcc < 1:2147240/71‑1 (MQ=255) tACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc > 1:786533/1‑69 (MQ=255) tACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc > 1:4120813/1‑69 (MQ=255) acacCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAg > 1:272026/1‑71 (MQ=255) acacCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAg > 1:670615/1‑71 (MQ=255) acCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGGAACTGTATCAGGATCACCAGTg < 1:1025442/71‑1 (MQ=255) acCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTg < 1:3505227/71‑1 (MQ=255) acCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTg < 1:3576880/71‑1 (MQ=255) acCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTg > 1:3068521/1‑71 (MQ=255) ccAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTg < 1:3910876/70‑1 (MQ=255) aaCGTTGACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGa > 1:538444/1‑70 (MQ=255) aaCGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGAt > 1:1990523/1‑71 (MQ=255) ttCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTg < 1:1730817/64‑1 (MQ=255) tCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTg < 1:3558390/63‑1 (MQ=255) gAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCa < 1:1271156/56‑1 (MQ=255) aGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTc < 1:2607396/71‑1 (MQ=255) aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa < 1:2740569/71‑1 (MQ=255) tCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa > 1:664217/1‑70 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGt > 1:2933068/1‑58 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGt > 1:1653097/1‑58 (MQ=255) ccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGaaa < 1:115876/70‑1 (MQ=255) cATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGc > 1:3786913/1‑71 (MQ=255) aTGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTg < 1:3582098/48‑1 (MQ=255) aTGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGt < 1:760596/55‑1 (MQ=255) aTGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGt < 1:2906819/55‑1 (MQ=255) aTGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAtt > 1:621877/1‑59 (MQ=255) gCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctg < 1:3169164/70‑1 (MQ=255) gTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCg < 1:1333000/57‑1 (MQ=255) tACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAcc < 1:3442447/38‑1 (MQ=255) tACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGt < 1:624552/49‑1 (MQ=255) tACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgc < 1:296592/68‑1 (MQ=255) cGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGtt > 1:2927155/1‑71 (MQ=255) cGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGtt > 1:3038211/1‑71 (MQ=255) cGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGtt > 1:3431161/1‑71 (MQ=255) gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCtggtggct > 1:376794/1‑68 (MQ=255) gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGctt < 1:2395589/71‑1 (MQ=255) gCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGa > 1:2888102/1‑41 (MQ=255) gCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGttt < 1:1204715/71‑1 (MQ=255) ctctctGGTCGTCATCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGTTGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGtt > 1:3081832/1‑69 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTa > 1:3258132/1‑71 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTa < 1:171778/71‑1 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTa > 1:3618344/1‑71 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTa > 1:1420501/1‑71 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTCGttt > 1:1739815/1‑70 (MQ=255) tctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTg < 1:1971055/35‑1 (MQ=255) tctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAg < 1:1841674/56‑1 (MQ=255) tctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAg < 1:3556461/56‑1 (MQ=255) tctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTAt < 1:2968038/69‑1 (MQ=255) tctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTAt < 1:1090916/69‑1 (MQ=255) ctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGt > 1:1377955/1‑71 (MQ=255) tGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATc < 1:3732729/68‑1 (MQ=255) tGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCg < 1:1502069/69‑1 (MQ=255) tGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTc > 1:492068/1‑71 (MQ=255) gtcAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgcc > 1:4025184/1‑70 (MQ=255) tcAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTa < 1:58550/60‑1 (MQ=255) tcAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGa < 1:2264337/71‑1 (MQ=255) ccagcagCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGctt < 1:3229760/58‑1 (MQ=255) cAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTc > 1:841922/1‑64 (MQ=255) agcagcTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATc < 1:2108357/71‑1 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATc > 1:3508892/1‑71 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATc < 1:3856566/71‑1 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATc < 1:4009340/71‑1 (MQ=255) gCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATGGTCCGCCGa < 1:3037794/68‑1 (MQ=255) gCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCg < 1:3482321/71‑1 (MQ=255) gCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCAGCCGATc > 1:2217536/1‑70 (MQ=255) cAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATc > 1:316846/1‑58 (MQ=255) aCTGTATCAGGTTCACCAGTGGATGCGTGATTTCg < 1:3084257/35‑1 (MQ=255) aCTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa > 1:312066/1‑39 (MQ=255) aCTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGaca < 1:464190/71‑1 (MQ=255) cTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGacac > 1:273610/1‑71 (MQ=255) tATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCg > 1:652261/1‑71 (MQ=255) tCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGaaa > 1:1109321/1‑35 (MQ=255) tCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGaaa > 1:3048256/1‑35 (MQ=255) aGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGACACCCGtagc > 1:453748/1‑68 (MQ=255) aGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGGCGATc > 1:1671089/1‑59 (MQ=255) aGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCg > 1:3456817/1‑71 (MQ=255) aGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCg > 1:2655381/1‑71 (MQ=255) gATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACAcc > 1:299418/1‑63 (MQ=255) gATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTACGCCGATCGACACCCGTTCGGt > 1:2383942/1‑71 (MQ=255) aTCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGa < 1:3650481/54‑1 (MQ=255) aTCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATc < 1:1905640/56‑1 (MQ=255) tCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGa < 1:2022762/71‑1 (MQ=255) cACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGa > 1:2732159/1‑56 (MQ=255) aCCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTTCTGGTTTa < 1:2231752/40‑1 (MQ=255) ccAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAaag < 1:2265906/71‑1 (MQ=255) ccAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAaag < 1:2152615/71‑1 (MQ=255) ccAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAaag < 1:2330414/71‑1 (MQ=255) ccAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAaag < 1:1223672/71‑1 (MQ=255) ccAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAaag < 1:250474/71‑1 (MQ=255) | GTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAG > minE/834619‑834759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |