| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 834,703 | A→C | 6.0% | D1054A (GAT→GCT) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 834,703 | 0 | A | C | 6.0% | 215.9 / 6.9 | 81 | D1054A (GAT→GCT) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/39); new base C (2/3); total (39/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATAGGC > minE/834637‑834770 | aGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTc < 1:2607396/71‑1 (MQ=255) aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa < 1:2740569/71‑1 (MQ=255) tCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa > 1:664217/1‑70 (MQ=255) ccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGaaa < 1:115876/70‑1 (MQ=255) cATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGc > 1:3786913/1‑71 (MQ=255) aTGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAtt > 1:621877/1‑59 (MQ=255) gCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctg < 1:3169164/70‑1 (MQ=255) gTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCg < 1:1333000/57‑1 (MQ=255) tACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgc < 1:296592/68‑1 (MQ=255) cGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGtt > 1:2927155/1‑71 (MQ=255) cGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGtt > 1:3038211/1‑71 (MQ=255) cGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGtt > 1:3431161/1‑71 (MQ=255) gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCtggtggct > 1:376794/1‑68 (MQ=255) gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGctt < 1:2395589/71‑1 (MQ=255) gCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGttt < 1:1204715/71‑1 (MQ=255) ctctctGGTCGTCATCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGTTGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGtt > 1:3081832/1‑69 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTa > 1:3618344/1‑71 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTa < 1:171778/71‑1 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTa > 1:1420501/1‑71 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTa > 1:3258132/1‑71 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTCGttt > 1:1739815/1‑70 (MQ=255) tctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAg < 1:1841674/56‑1 (MQ=255) tctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAg < 1:3556461/56‑1 (MQ=255) tctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTAt < 1:2968038/69‑1 (MQ=255) tctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTAt < 1:1090916/69‑1 (MQ=255) ctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGt > 1:1377955/1‑71 (MQ=255) tGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATc < 1:3732729/68‑1 (MQ=255) tGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCg < 1:1502069/69‑1 (MQ=255) tGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTc > 1:492068/1‑71 (MQ=255) gtcAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgcc > 1:4025184/1‑70 (MQ=255) tcAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTa < 1:58550/60‑1 (MQ=255) tcAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGa < 1:2264337/71‑1 (MQ=255) ccagcagCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGctt < 1:3229760/58‑1 (MQ=255) cAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTc > 1:841922/1‑64 (MQ=255) agcagcTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATc < 1:2108357/71‑1 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATc < 1:3856566/71‑1 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATc > 1:3508892/1‑71 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATc < 1:4009340/71‑1 (MQ=255) gCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATGGTCCGCCGa < 1:3037794/68‑1 (MQ=255) gCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCg < 1:3482321/71‑1 (MQ=255) gCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCAGCCGATc > 1:2217536/1‑70 (MQ=255) cAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATc > 1:316846/1‑58 (MQ=255) aCTGTATCAGGTTCACCAGTGGATGCGTGATTTCg < 1:3084257/35‑1 (MQ=255) aCTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa > 1:312066/1‑39 (MQ=255) aCTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGaca < 1:464190/71‑1 (MQ=255) cTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGacac > 1:273610/1‑71 (MQ=255) tATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCg > 1:652261/1‑71 (MQ=255) tCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGaaa > 1:3048256/1‑35 (MQ=255) tCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGaaa > 1:1109321/1‑35 (MQ=255) aGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGACACCCGtagc > 1:453748/1‑68 (MQ=255) aGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGGCGATc > 1:1671089/1‑59 (MQ=255) aGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCg > 1:2655381/1‑71 (MQ=255) aGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCg > 1:3456817/1‑71 (MQ=255) gATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACAcc > 1:299418/1‑63 (MQ=255) gATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTACGCCGATCGACACCCGTTCGGt > 1:2383942/1‑71 (MQ=255) aTCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGa < 1:3650481/54‑1 (MQ=255) aTCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATc < 1:1905640/56‑1 (MQ=255) tCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGa < 1:2022762/71‑1 (MQ=255) cACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGa > 1:2732159/1‑56 (MQ=255) aCCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTTCTGGTTTa < 1:2231752/40‑1 (MQ=255) ccAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAaag < 1:2330414/71‑1 (MQ=255) ccAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAaag < 1:2265906/71‑1 (MQ=255) ccAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAaag < 1:2152615/71‑1 (MQ=255) ccAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAaag < 1:250474/71‑1 (MQ=255) ccAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAaag < 1:1223672/71‑1 (MQ=255) cAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAaag > 1:213404/1‑70 (MQ=255) aGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAaagaa < 1:16699/71‑1 (MQ=255) aGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAaag > 1:237556/1‑69 (MQ=255) tGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAaagaa < 1:868614/69‑1 (MQ=255) tGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAaagaa < 1:2846727/69‑1 (MQ=255) tGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGt < 1:328070/71‑1 (MQ=255) ggATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGt > 1:2261317/1‑70 (MQ=255) gATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTg < 1:2605489/70‑1 (MQ=255) gATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGa > 1:2791737/1‑71 (MQ=255) tGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAaag < 1:3540568/63‑1 (MQ=255) tGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAaag < 1:3400282/63‑1 (MQ=255) cGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAaagaag > 1:2586522/1‑64 (MQ=255) gTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGac > 1:688953/1‑44 (MQ=255) gTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGa > 1:350786/1‑66 (MQ=255) tGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAaaga > 1:2728625/1‑60 (MQ=255) tGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGt < 1:1488973/63‑1 (MQ=255) aTTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGtt > 1:3001608/1‑48 (MQ=255) aTTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGaa > 1:2571037/1‑55 (MQ=255) aTTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATAGGc > 1:2230307/1‑68 (MQ=255) aTTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATAGGc > 1:2185946/1‑68 (MQ=255) | AGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGAAAGAAGTGATAGGC > minE/834637‑834770 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |