| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 834,902 | G→C | 5.4% | L1120F (TTG→TTC) ‡ | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 834,902 | 0 | G | C | 5.4% | 233.8 / 2.9 | 74 | L1120F (TTG→TTC) ‡ | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/41); new base C (2/2); total (31/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
GTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGT > minE/834832‑834971 | gTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTg < 1:505733/71‑1 (MQ=255) tccactccacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTg > 1:3812474/1‑68 (MQ=255) tccactccacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGt > 1:486175/1‑71 (MQ=255) tccactccacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGt > 1:1947341/1‑71 (MQ=255) cactccacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTg > 1:3802534/1‑70 (MQ=255) cacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGcc > 1:866594/1‑70 (MQ=255) cacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCg < 1:3358622/71‑1 (MQ=255) cacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCg < 1:1240628/71‑1 (MQ=255) tACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGa > 1:3599625/1‑68 (MQ=255) aCAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTg < 1:1017866/56‑1 (MQ=255) aCAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAg > 1:962867/1‑58 (MQ=255) aCAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGAt > 1:2385300/1‑68 (MQ=255) aCAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGAt > 1:3711519/1‑68 (MQ=255) cAGCGACAACCTGCTTATGCTGACTTTAGGGCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTg < 1:1988637/55‑1 (MQ=255) cAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGcc > 1:2318957/1‑70 (MQ=255) cAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCa < 1:2774346/71‑1 (MQ=255) aGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCaa < 1:3696262/71‑1 (MQ=255) cGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCg > 1:2926976/1‑62 (MQ=255) cGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGa > 1:2655032/1‑63 (MQ=255) cGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAg < 1:4030723/71‑1 (MQ=255) cGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAg < 1:2487281/71‑1 (MQ=255) gACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGGGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAg < 1:604000/70‑1 (MQ=255) aaCCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAg < 1:3606377/55‑1 (MQ=255) aaCCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAg < 1:469580/55‑1 (MQ=255) aaCCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAg < 1:2403981/55‑1 (MQ=255) aaCCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCt > 1:55885/1‑71 (MQ=255) aCCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCg < 1:3455466/57‑1 (MQ=255) ccTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTgg > 1:939944/1‑71 (MQ=255) ctgctgATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAg < 1:2734271/47‑1 (MQ=255) ctgctgATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGa > 1:2843166/1‑56 (MQ=255) tgctgatgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGa > 1:3347640/1‑55 (MQ=255) ctgatgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGt < 1:2698323/69‑1 (MQ=255) gatgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATg < 1:1250112/53‑1 (MQ=255) gatgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATg < 1:2865477/53‑1 (MQ=255) gatgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCg > 1:3245974/1‑71 (MQ=255) atgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGaa < 1:1205756/45‑1 (MQ=255) atgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGaa < 1:2957182/45‑1 (MQ=255) atgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATc < 1:2356704/69‑1 (MQ=255) atgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATc < 1:660302/69‑1 (MQ=255) tgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAg > 1:3993724/1‑40 (MQ=255) tgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGcc < 1:1935477/71‑1 (MQ=255) tgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGcc > 1:3241079/1‑71 (MQ=255) tgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGcc > 1:1517154/1‑71 (MQ=255) tgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGcc > 1:94788/1‑71 (MQ=255) tgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGc > 1:3506100/1‑70 (MQ=255) gctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGcc > 1:3800049/1‑70 (MQ=255) ctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGc > 1:1744017/1‑68 (MQ=255) ctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGa > 1:3017471/1‑71 (MQ=255) ctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGa > 1:101767/1‑71 (MQ=255) tgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAg < 1:332618/54‑1 (MQ=255) tgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAg < 1:532098/54‑1 (MQ=255) aCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGAt < 1:1084031/69‑1 (MQ=255) aCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGAt < 1:2235862/69‑1 (MQ=255) aCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGAt < 1:2692664/69‑1 (MQ=255) aCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATaa < 1:2160717/71‑1 (MQ=255) cTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAAc < 1:792321/71‑1 (MQ=255) tCGCGGTGGACCGATTGTCTGGATCAGCGAAACAGATGCCCGAGAACTGACCATTGTCGATAACGACTggg > 1:4009463/1‑70 (MQ=255) cgcgGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTg > 1:1646543/1‑48 (MQ=255) cggtggtccggtggtcTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTg < 1:3708212/71‑1 (MQ=255) cggtggtccggtggtcTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTg < 1:1986199/71‑1 (MQ=255) gtggtccggtggtcTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAg < 1:2596766/39‑1 (MQ=255) gtggtccggtggtcTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGAt < 1:719589/56‑1 (MQ=255) gtggtccggtggtcTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGAt < 1:1035404/56‑1 (MQ=255) tggtccggtggtcTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCa < 1:2245918/35‑1 (MQ=255) ccggtggtcTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGaa > 1:652050/1‑66 (MQ=255) tgtcTGGATCAGGGAAACAGATGCCCGAGAACTGACCATTGTCGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAAcg > 1:1531574/2‑70 (MQ=255) gtcTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAg < 1:2990809/71‑1 (MQ=255) tcTGGATCAGCGAAACAGATGCCCGAGAACTGACCATTGTCGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAAcgcc < 1:1700512/71‑4 (MQ=255) tcTGGATCAGCGAAACAGATGCCCGAGAACTGACCATTGTCGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAAcgcc < 1:1218425/71‑4 (MQ=255) tGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATc < 1:2242557/36‑1 (MQ=255) tGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACg < 1:2513791/46‑1 (MQ=255) tGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTgg < 1:240110/51‑1 (MQ=255) tGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTg < 1:3865997/55‑1 (MQ=255) gTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGc < 1:3940459/36‑1 (MQ=255) gTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGaa > 1:3610945/1‑55 (MQ=255) gTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCC‑ATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAAc < 1:1318900/69‑1 (MQ=255) ttGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCg < 1:701745/37‑1 (MQ=255) tGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGt > 1:3302810/1‑71 (MQ=255) gAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGAt > 1:3626790/1‑37 (MQ=255) gAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGt < 1:993559/70‑1 (MQ=255) | GTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGT > minE/834832‑834971 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |