| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 834,928 | G→C | 7.0% | G1129A (GGT→GCT) ‡ | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 834,928 | 0 | G | C | 7.0% | 175.2 / 3.2 | 57 | G1129A (GGT→GCT) ‡ | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/33); new base C (2/2); total (22/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
CTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGC > minE/834861‑834998 | ctgatgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGt < 1:2698323/69‑1 (MQ=255) gatgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCg > 1:3245974/1‑71 (MQ=255) atgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATc < 1:2356704/69‑1 (MQ=255) atgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATc < 1:660302/69‑1 (MQ=255) tgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGcc > 1:94788/1‑71 (MQ=255) tgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGcc < 1:1935477/71‑1 (MQ=255) tgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGcc > 1:3241079/1‑71 (MQ=255) tgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGcc > 1:1517154/1‑71 (MQ=255) tgctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGc > 1:3506100/1‑70 (MQ=255) gctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGcc > 1:3800049/1‑70 (MQ=255) ctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGc > 1:1744017/1‑68 (MQ=255) ctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGa > 1:3017471/1‑71 (MQ=255) ctgaCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGa > 1:101767/1‑71 (MQ=255) aCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGAt < 1:1084031/69‑1 (MQ=255) aCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGAt < 1:2235862/69‑1 (MQ=255) aCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGAt < 1:2692664/69‑1 (MQ=255) aCTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATaa < 1:2160717/71‑1 (MQ=255) cTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAAc < 1:792321/71‑1 (MQ=255) tCGCGGTGGACCGATTGTCTGGATCAGCGAAACAGATGCCCGAGAACTGACCATTGTCGATAACGACTggg > 1:4009463/1‑70 (MQ=255) cggtggtccggtggtcTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTg < 1:3708212/71‑1 (MQ=255) cggtggtccggtggtcTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTg < 1:1986199/71‑1 (MQ=255) gtggtccggtggtcTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGAt < 1:1035404/56‑1 (MQ=255) gtggtccggtggtcTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGAt < 1:719589/56‑1 (MQ=255) ccggtggtcTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGaa > 1:652050/1‑66 (MQ=255) tgtcTGGATCAGGGAAACAGATGCCCGAGAACTGACCATTGTCGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAAcg > 1:1531574/2‑70 (MQ=255) gtcTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAg < 1:2990809/71‑1 (MQ=255) tcTGGATCAGCGAAACAGATGCCCGAGAACTGACCATTGTCGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAAcgcc < 1:1218425/71‑4 (MQ=255) tcTGGATCAGCGAAACAGATGCCCGAGAACTGACCATTGTCGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAAcgcc < 1:1700512/71‑4 (MQ=255) tGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATc < 1:2242557/36‑1 (MQ=255) tGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACg < 1:2513791/46‑1 (MQ=255) tGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTgg < 1:240110/51‑1 (MQ=255) tGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTg < 1:3865997/55‑1 (MQ=255) gTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGc < 1:3940459/36‑1 (MQ=255) gTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGaa > 1:3610945/1‑55 (MQ=255) gTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCC‑ATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAAc < 1:1318900/69‑1 (MQ=255) ttGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCg < 1:701745/37‑1 (MQ=255) tGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGt > 1:3302810/1‑71 (MQ=255) gAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGAt > 1:3626790/1‑37 (MQ=255) gAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGt < 1:993559/70‑1 (MQ=255) gTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGc > 1:2477386/1‑70 (MQ=255) tGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCaa < 1:594398/57‑1 (MQ=255) acgCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGctct < 1:3687096/68‑1 (MQ=255) aaGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGc < 1:2599645/59‑1 (MQ=255) aaGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGctct < 1:2021943/70‑1 (MQ=255) aGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGa < 1:2385670/36‑1 (MQ=255) gCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGAc > 1:1357909/1‑36 (MQ=255) gCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGct < 1:1768966/66‑1 (MQ=255) aTGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGctct < 1:3229268/64‑1 (MQ=255) aTGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGctct < 1:4003014/64‑1 (MQ=255) aTGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGcc < 1:414273/71‑1 (MQ=255) gCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCg > 1:3341898/1‑71 (MQ=255) cAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTg < 1:4058024/71‑1 (MQ=255) aaaGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGAc > 1:1402149/1‑62 (MQ=255) aaGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCg < 1:1399246/71‑1 (MQ=255) aGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCgg > 1:2740558/1‑71 (MQ=255) aGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCgg > 1:1542023/1‑71 (MQ=255) cTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGt > 1:1915694/1‑71 (MQ=255) ggTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTcag > 1:3381045/1‑71 (MQ=255) gTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTcagc < 1:1522694/71‑1 (MQ=255) | CTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGC > minE/834861‑834998 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |