| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 836,353 | G→T | 11.1% | P357P (CCG→CCT) | narH → | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 836,353 | 0 | G | T | 11.1% | 112.0 / 2.0 | 36 | P357P (CCG→CCT) | narH | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/14); new base T (2/2); total (20/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
ATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACG > minE/836285‑836420 | atggaatggaAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTgccgcc < 1:3299052/71‑1 (MQ=255) gaatggaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGCTGGTCTGGTACGTGCCGCctct > 1:312905/1‑71 (MQ=255) gaatggaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCctct > 1:1394244/1‑71 (MQ=255) tggaaAGTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCct < 1:3051941/66‑1 (MQ=255) aCTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGt > 1:1250512/1‑65 (MQ=255) tGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTcc < 1:131169/67‑1 (MQ=255) ctaccgttgcACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAg < 1:119849/66‑1 (MQ=255) ctaccgttgcACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTc > 1:3446171/4‑71 (MQ=255) ccgttgcACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTcct < 1:3321228/70‑3 (MQ=255) aTCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGt > 1:3156697/1‑48 (MQ=255) cGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGa > 1:2144561/1‑67 (MQ=255) cGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcgcg > 1:2219229/1‑71 (MQ=255) aaTATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGt < 1:2874373/71‑1 (MQ=255) tatCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTgcagca > 1:11336/1‑60 (MQ=255) atCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcgc < 1:1494690/64‑1 (MQ=255) tCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGa > 1:2768524/1‑44 (MQ=255) tCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTgcag > 1:2857568/1‑56 (MQ=255) cacTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTATCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTggg > 1:2298547/1‑70 (MQ=255) ccGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGc < 1:1381427/69‑1 (MQ=255) ccGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGc < 1:2233552/69‑1 (MQ=255) ccGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGc < 1:73079/69‑1 (MQ=255) aTGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTggg < 1:3177573/62‑1 (MQ=255) tGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAg > 1:814273/1‑56 (MQ=255) tGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAg > 1:3446004/1‑56 (MQ=255) tGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAg < 1:590852/56‑1 (MQ=255) tGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACgg > 1:1374253/1‑70 (MQ=255) gTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCAt < 1:2019052/71‑1 (MQ=255) gTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGc > 1:2208433/1‑50 (MQ=255) gTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGc < 1:289357/71‑1 (MQ=255) tACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGAAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGc > 1:1473524/1‑70 (MQ=255) aCGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTgcagca > 1:2815108/1‑35 (MQ=255) cGTGCCGCGTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGc < 1:1241607/68‑1 (MQ=255) cGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGc > 1:2864623/1‑68 (MQ=255) cGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGc < 1:218364/68‑1 (MQ=255) cGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGc < 1:3647706/68‑1 (MQ=255) tGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGAc > 1:2248738/1‑71 (MQ=255) tGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGAc > 1:496125/1‑71 (MQ=255) gccgccTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACg > 1:442853/1‑71 (MQ=255) | ATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACG > minE/836285‑836420 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |