| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 876,300 | G→A | 27.9% | G506S (GGT→AGT) | acnA → | aconitate hydratase 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 876,300 | 0 | G | A | 27.9% | 69.2 / 28.0 | 43 | G506S (GGT→AGT) | acnA | aconitate hydratase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/20); new base A (9/3); total (20/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.87e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGCGAAACTGACACCGTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGT > minE/876230‑876370 | aGCGAAACTGACACCGTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGTATACGGTTGTACCACCTGTATTg < 1:2173299/71‑1 (MQ=255) cGATACTGACACCGTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTAGt < 1:2549353/71‑1 (MQ=255) cGAAACTGACACCGTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGt < 1:191944/71‑1 (MQ=255) aaaCTGACACCGTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTAGTaa > 1:2188396/1‑71 (MQ=255) aCTGACACCGTATCTCGAGGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAAct > 1:434586/1‑71 (MQ=255) aCTGACACCGTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAAc > 1:2020226/1‑70 (MQ=255) acacCGTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAAc < 1:894271/66‑1 (MQ=255) acacCGTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTgg < 1:871491/71‑1 (MQ=255) acCGTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTaa < 1:572833/63‑1 (MQ=255) acCGTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTaa < 1:2409073/63‑1 (MQ=255) ccGTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGcc < 1:2378549/71‑1 (MQ=255) gTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATATGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGc > 1:3444381/1‑71 (MQ=255) gTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTAGTAACTCTGGGCCGc > 1:726100/1‑71 (MQ=255) gTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTAGTAACTCTGGGCCGc > 1:2441125/1‑71 (MQ=255) tATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGt < 1:1533838/57‑1 (MQ=255) aTCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTAGTAACTCTGGGCCGCTg > 1:2947308/1‑71 (MQ=255) acgaACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGAt < 1:3260409/71‑1 (MQ=255) gaACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTAGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATcc > 1:1676332/1‑71 (MQ=255) aaCTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCt < 1:900285/71‑1 (MQ=255) cTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTAt > 1:3344077/1‑71 (MQ=255) cTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTAt > 1:2915583/1‑71 (MQ=255) cTGAGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTAt > 1:3441833/1‑71 (MQ=255) tttAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTaa < 1:2351133/41‑1 (MQ=255) tAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTAGTAACTCTGGGCCGc > 1:1232921/1‑50 (MQ=255) aaCCTTGTGGGATACTGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGccc > 1:3697175/1‑54 (MQ=255) aaCCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGccc > 1:3686278/1‑54 (MQ=255) aCCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAActc < 1:2366772/40‑1 (MQ=255) aCCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAActc < 1:2090246/40‑1 (MQ=255) aCCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAActc < 1:1507639/40‑1 (MQ=255) aCCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTAGTAACTCTGGGCCg > 1:4038017/1‑47 (MQ=255) cTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTAGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGa < 1:796982/62‑1 (MQ=255) tgtgGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAActc < 1:1512539/36‑1 (MQ=255) gtgGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGc < 1:929234/46‑1 (MQ=255) gtgGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGc < 1:239217/46‑1 (MQ=255) gtgGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATc > 1:2214050/1‑52 (MQ=255) ggATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCaaaa < 1:3144306/70‑1 (MQ=255) gATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCaaaaaa < 1:1461358/71‑1 (MQ=255) cGGTTGTACCACCTGTATTAGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCg < 1:754867/71‑1 (MQ=255) tGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGAtt > 1:2486539/1‑70 (MQ=255) tGTACCACCTGTATTAGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGAtt > 1:3725698/1‑70 (MQ=255) tACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTaa < 1:3586867/71‑1 (MQ=255) tACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTa < 1:1748563/70‑1 (MQ=255) tACCACCTGTATTAGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGaaa > 1:813560/1‑47 (MQ=255) ttGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTa > 1:2538541/1‑59 (MQ=255) ggTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTcggtgcggt > 1:3570779/1‑71 (MQ=255) | AGCGAAACTGACACCGTATCTCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGT > minE/876230‑876370 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |