| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 53,515 | G→A | 14.1% | P425S (CCT→TCT) | imp ← | exported protein required for envelope biosynthesis and integrity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 53,515 | 0 | G | A | 14.1% | 207.2 / 22.6 | 78 | P425S (CCT→TCT) | imp | exported protein required for envelope biosynthesis and integrity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (37/30); new base A (4/7); total (41/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 | |||||||||||
TTGATGCTGCCCCAGTTATTAGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCAAACGGACCAACAT > minE/53445‑53583 | ttGATGCTGCCCCACTTATTAGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAgg < 1:494116/71‑1 (MQ=255) gATGCTGCCCCAGTTATTAGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCa > 1:3655751/1‑71 (MQ=255) gATGCTGCCCCAGTTATTAGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCa > 1:1777816/1‑71 (MQ=255) gATGCTGCCCCAGTTATTAGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGACa > 1:714772/1‑71 (MQ=255) tgctgcCCCAGTTATTAGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATg > 1:3426263/1‑71 (MQ=255) gctgcCCCAGTTATTAGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCa > 1:947537/1‑68 (MQ=255) tgcCCCAGTTATTAGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATgtc < 1:99404/70‑1 (MQ=255) gcCCCAGTTATTAGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATgtcgt > 1:855738/1‑71 (MQ=255) ccAGTTATTAGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGc > 1:72654/1‑61 (MQ=255) gTTATTAGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTg > 1:3396313/1‑70 (MQ=255) gTTATTAGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGACATGTCGTCTCTgg > 1:3172069/1‑71 (MQ=255) tattaGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGgtg > 1:286557/1‑71 (MQ=255) tattaGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGgtg > 1:2432499/1‑71 (MQ=255) attaGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCAt > 1:3261323/1‑57 (MQ=255) attaGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCAt > 1:2645327/1‑57 (MQ=255) attaGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCAt > 1:3121894/1‑57 (MQ=255) attaGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCAt > 1:3084994/1‑57 (MQ=255) attaGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGgtgt > 1:625163/1‑71 (MQ=255) ttaGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAgg < 1:3250178/53‑1 (MQ=255) ttaGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGgtgt > 1:1991566/1‑70 (MQ=255) taGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACAAGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGtt < 1:2341335/70‑1 (MQ=255) agagagCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAgg < 1:1521729/51‑1 (MQ=255) gagagCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTATGGTGTTaa > 1:3326479/1‑70 (MQ=255) agagCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACa < 1:281175/71‑1 (MQ=255) ggCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTg < 1:2262127/71‑1 (MQ=255) aaaTTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGACATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCAc > 1:3398919/1‑71 (MQ=255) aaTTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACt < 1:347846/71‑1 (MQ=255) aaTTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGACATGTCGTCTCTGGTGTTAACa < 1:3663895/62‑1 (MQ=255) aaTTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGGTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAAc < 1:1570910/61‑1 (MQ=255) aTTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCAt < 1:1002258/42‑1 (MQ=255) aTTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCAt < 1:3412005/42‑1 (MQ=255) 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cAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCt > 1:1563564/1‑39 (MQ=255) cAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCaaa > 1:3983619/1‑61 (MQ=255) aGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCAAACGGa > 1:961322/1‑64 (MQ=255) aGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCAAACGGACCAAcat > 1:1181744/1‑71 (MQ=255) aGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCAAACGGACCAAc < 1:3024239/69‑1 (MQ=255) | TTGATGCTGCCCCAGTTATTAGAGAGCGGCAAATTGATGGTCGGTTCCAGGTGAACACGGGTTGCTTCAGGCATGTCGTCTCTGGTGTTAACAAAGTGCACTGCCTGGCCGTAAATACGCGTATCAAACGGACCAACAT > minE/53445‑53583 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |