| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 983,505 | T→C | 7.5% | intergenic (+417/‑151) | ydfC → / → dicB | hypothetical protein/cell division inhibition protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 983,505 | 0 | T | C | 7.5% | 143.4 / 4.0 | 53 | intergenic (+417/‑151) | ydfC/dicB | hypothetical protein/cell division inhibition protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/27); new base C (2/2); total (24/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.79e-01 | |||||||||||
GTGACGTTTGGCGGTATCAGTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAGTGTTATGGGTGGATTCTCTGTA > minE/983435‑983573 | gTGACGTTTGGCGGTATCAGTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTGAATTTTTTGAtgt < 1:533366/71‑1 (MQ=255) aCGTTTGGCGGTATCAGTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATgtgg < 1:2343127/70‑1 (MQ=255) cGTTTGGCGGTATCAGTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATgtggtg < 1:3682666/71‑1 (MQ=255) cGTTTGGCGGTATCAGTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATgtggtg < 1:645514/71‑1 (MQ=255) gCGGTATCAGTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGc < 1:2406878/70‑1 (MQ=255) cGGTATCAGTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCgg > 1:17793/1‑71 (MQ=255) gTATCAGTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCt > 1:1987976/1‑71 (MQ=255) tCAGTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGAtgt > 1:742760/1‑55 (MQ=255) tCAGTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAg < 1:95382/71‑1 (MQ=255) aGTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAgcg > 1:2904344/1‑71 (MQ=255) aGTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAgcg > 1:2227991/1‑71 (MQ=255) aGTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAgcg > 1:2281547/1‑71 (MQ=255) gTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAgcg > 1:2251844/1‑70 (MQ=255) ttACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCAcg > 1:3183618/1‑71 (MQ=255) ttACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCAc > 1:43327/1‑70 (MQ=255) aCTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCAcgcg > 1:1537940/1‑71 (MQ=255) cTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCgg < 1:3075788/71‑1 (MQ=255) tGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAg > 1:379674/1‑71 (MQ=255) gCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGAtgtg < 1:2423893/37‑1 (MQ=255) ctctGCCGCCCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTaaa < 1:658497/70‑1 (MQ=255) ctctGCCGCCCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTaa < 1:113389/69‑1 (MQ=255) tccgccCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATgcggtg < 1:3335561/34‑1 (MQ=37) tccgccCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATgcggtg < 1:4101435/34‑1 (MQ=37) tccgccCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATGCGGTGAATGCGGCTAAGCGCACGTGGCACAGTTaa < 1:3493443/64‑1 (MQ=255) ccgccCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATGCGGTGAATGCGGCTAAGCGCACGTGGCACAGTTaaaa > 1:384635/1‑66 (MQ=255) acgccCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCa < 1:465188/68‑1 (MQ=255) ccTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACa < 1:408585/71‑1 (MQ=255) cTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCt < 1:3100489/38‑1 (MQ=255) tttttAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATG‑GGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAgtg > 1:2012697/1‑71 (MQ=255) ttttAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGa > 1:4086177/1‑38 (MQ=255) tttAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCaaaaa > 1:3642300/1‑65 (MQ=255) tttAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAAc > 1:3151584/1‑66 (MQ=255) tttAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAgtgt > 1:2781859/1‑71 (MQ=255) tttAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAgtgt > 1:607471/1‑71 (MQ=255) tttAAAGTGAATTTTGTGATGCGGTGAATGCGGCTAAg > 1:2121617/1‑38 (MQ=37) ttAAAGTGAATTTTGTGATGTTGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAgtgt < 1:1161354/70‑1 (MQ=255) ttAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAgtgt < 1:2751701/70‑1 (MQ=255) ttAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAgtgt < 1:2581099/70‑1 (MQ=255) tAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAgtg > 1:2070445/1‑68 (MQ=255) tAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAGTGtt < 1:1701579/70‑1 (MQ=255) aaGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAGTGTTATg < 1:3967835/71‑1 (MQ=255) aaGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAGTGTTATg < 1:976182/71‑1 (MQ=255) aGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAgtg < 1:3023675/65‑1 (MQ=255) aGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAgtg < 1:2507924/65‑1 (MQ=255) aGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAGTGTTATgg < 1:8437/71‑1 (MQ=255) aGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAGTGTTATgg < 1:770418/71‑1 (MQ=255) aGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAGTGTTATgg < 1:677079/71‑1 (MQ=255) tGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAGTGtt > 1:516118/1‑65 (MQ=255) aaTTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAGTGTTa > 1:3583389/1‑64 (MQ=255) aaTTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAGTGTTATGGGt > 1:4050365/1‑69 (MQ=255) aaTTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAGTGTTATGGGTgg < 1:1350159/71‑1 (MQ=255) aaTTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAGTGTTATGGGTgg < 1:2653607/71‑1 (MQ=255) ttttGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAGTGTTATg < 1:3241742/64‑1 (MQ=255) ttttGTGATGCGGTGAATGCGGCTAAGCGCACGTGGCACAGtt < 1:1038910/43‑1 (MQ=25) ttGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAgtgt > 1:2526648/1‑58 (MQ=255) ttGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAGTGTTa > 1:4126348/1‑60 (MQ=255) ttGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAGTGTTATGGGTGGAtt < 1:2542313/70‑1 (MQ=255) ttGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAGTGTTATGGGTGGAtt < 1:3719229/70‑1 (MQ=255) tgtgATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAGTGTTATGGGTGGAtt < 1:16869/69‑1 (MQ=255) gtgATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGGTAAAACCAAAAACAGTGTTATgg < 1:2059018/61‑1 (MQ=255) aTGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAgtgt < 1:1419860/53‑1 (MQ=255) tgtgGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAgtgt < 1:3006605/52‑1 (MQ=255) tgtgGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAgtgt < 1:3725052/52‑1 (MQ=255) tgtgGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAGTGTTAt < 1:2999652/55‑1 (MQ=255) tgtgGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAGTGTTATGGGTGGa < 1:1055505/62‑1 (MQ=255) tgtgGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAGTGTTATGGGTGGATTCTCTGTa < 1:3172932/71‑1 (MQ=255) tggtgAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAGTGTTAt < 1:2358109/53‑1 (MQ=255) tggtgAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAGTGTTATtgg < 1:3526566/56‑1 (MQ=255) | GTGACGTTTGGCGGTATCAGTTTTACTCCGTGACTGCTCTGCCGCCCTTTTTAAAGTGAATTTTGTGATGTGGTGAATGCGGCTGAGCGCACGCGGAACAGTTAAAACCAAAAACAGTGTTATGGGTGGATTCTCTGTA > minE/983435‑983573 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |