| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,014,989 | G→T | 11.9% | R360R (CGC→CGA) ‡ | fumA ← | aerobic Class I fumarate hydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,014,989 | 0 | G | T | 11.9% | 157.8 / 6.2 | 50 | R360R (CGC→CGA) ‡ | fumA | aerobic Class I fumarate hydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/17); new base T (4/2); total (31/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.73e-01 | |||||||||||
TAAGCGTGTAGAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGT > minE/1014920‑1015058 | tAAGCGTGTAGAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAAcgc < 1:161114/71‑1 (MQ=255) aaGCGTGTAGAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAAcgcg > 1:219754/1‑71 (MQ=255) aGCGTGTAGAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACgcgc < 1:2803762/71‑1 (MQ=255) gtgtAGAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCAcc > 1:780386/1‑71 (MQ=255) tAGAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCt > 1:3112831/1‑71 (MQ=255) cGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCt < 1:2180474/71‑1 (MQ=255) gATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTtct < 1:2101188/71‑1 (MQ=255) cTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCg > 1:1738502/1‑56 (MQ=255) cTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCg > 1:1089664/1‑71 (MQ=255) cTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCg > 1:1534982/1‑71 (MQ=255) tGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGc > 1:1858761/1‑71 (MQ=255) gCGAAAGCTGGGCGAGGATCTCTTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGcc > 1:3034778/1‑70 (MQ=255) cGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGc < 1:1757436/69‑1 (MQ=255) gACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCttt > 1:704309/1‑71 (MQ=255) aaCTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTgcg > 1:591585/1‑71 (MQ=255) cTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAAGGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTgcg > 1:2612827/1‑69 (MQ=255) tgtgCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCtt > 1:193981/1‑64 (MQ=255) gAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTgcgc < 1:3066474/64‑1 (MQ=255) gATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTGAACGCGCACCGCTTCGCCt < 1:2470173/46‑1 (MQ=255) aTCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTccc < 1:1930734/51‑1 (MQ=255) tctcTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCt > 1:3132604/1‑44 (MQ=255) ctctTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAg < 1:2703865/60‑1 (MQ=255) ctctTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTc > 1:818005/1‑66 (MQ=255) tctTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAg < 1:1604314/59‑1 (MQ=255) ctTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAgtt > 1:1701736/1‑58 (MQ=255) ctTTCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAgtt > 1:4069418/1‑58 (MQ=255) ctTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTcc > 1:546026/1‑46 (MQ=255) ctTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGat > 1:2833588/1‑70 (MQ=255) tttCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGctc > 1:3367253/1‑60 (MQ=255) tttCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCgg < 1:2316345/66‑1 (MQ=255) tCATCGGGCGGTTAAGGTCAACTTTCACCGCTTCGCCTTCACCGGCCTGGCGCAgtt > 1:1688759/1‑55 (MQ=255) tCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGatata < 1:2174847/70‑1 (MQ=255) tCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGata < 1:4284/68‑1 (MQ=255) cATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATAtt > 1:1361354/1‑71 (MQ=255) aTCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATAttt < 1:4089249/71‑1 (MQ=255) cGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGc > 1:1349687/1‑71 (MQ=255) ggACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGcc > 1:3936515/1‑71 (MQ=255) gACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCt > 1:328254/1‑71 (MQ=255) aCGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTg > 1:612937/1‑71 (MQ=255) cGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTcc > 1:2893468/1‑54 (MQ=255) gTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTgcg < 1:658069/42‑1 (MQ=255) gTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGAt < 1:1378592/71‑1 (MQ=255) ttAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGAtt < 1:1909983/71‑1 (MQ=255) tAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGatat > 1:3177009/1‑57 (MQ=255) tAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTa > 1:899932/1‑71 (MQ=255) tAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTa > 1:2330732/1‑71 (MQ=255) aaGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTa < 1:141893/70‑1 (MQ=255) aGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTg < 1:2378082/36‑1 (MQ=255) aGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCa > 1:237372/1‑40 (MQ=255) gTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGatata > 1:1888592/1‑54 (MQ=255) cAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTc > 1:2154091/1‑70 (MQ=255) aaCGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGcc < 1:2509229/57‑1 (MQ=255) aaCGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGAt < 1:1811078/62‑1 (MQ=255) cgcgCACCGCTTCGCCTTCTCCAGCTTTTAGCCGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGt > 1:68083/1‑71 (MQ=255) gcgcACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGatata < 1:1960902/48‑1 (MQ=255) | TAAGCGTGTAGAAACGGGATACTGCGACAACTGTGCGAGGATCTCTTTCATCGGACGGTTAAGGTCAACGCGCACCGCTTCGCCTTCTCCCGCTTTGCGCAGCTCTTCCGGGATATATTTGCCTGGATTATGTTCCAGT > minE/1014920‑1015058 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |